復(fù)旦大學(xué)王鵬飛團(tuán)隊(duì)一直致力于探索病毒感染、變異和免疫保護(hù)機(jī)制，圍繞病毒免疫逃逸的防控瓶頸開展研究，在病毒對(duì)宿主和疫苗的免疫逃逸、抗病毒中和抗體及藥物新靶點(diǎn)等方面取得了一系列重要學(xué)術(shù)成果。國(guó)際上率先報(bào)道新冠從早期Alpha、Beta到Omicron各種主要變異毒株對(duì)單克隆抗體和多克隆血清的免疫逃逸特征，鑒定出刺突蛋白上導(dǎo)致免疫逃逸的關(guān)鍵氨基酸突變位點(diǎn)，從分子層面揭示了這些毒株的免疫逃逸機(jī)制（Nature2021, 593, 130–135，第一作者；Cell Host & Microbe2022, 30(8):1077-1083.e4，Cell Discovery2022, 8(1):110；Cell Discovery2023, 9(1):64，Cell Host & Microbe2024, 32:25-34.e5，Signal Transduction and Targeted Therapy2024;9(1):123，均為最后通訊作者)。

王鵬飛/趙曉宇團(tuán)隊(duì)與復(fù)旦大學(xué)孫蕾團(tuán)隊(duì)、香港大學(xué)朱軒團(tuán)隊(duì)等長(zhǎng)期合作，先前（2024年10月）已于《自然通訊》（Nature Communications）上發(fā)表了題為“Lineage-specific pathogenicity, immune evasion, and virological features of SARS-CoV-2 BA.2.86/JN.1 and EG.5.1/HK.3”的研究，揭示了JN.1病毒如何迅速崛起成為全球主流毒株的機(jī)理。

近日，該團(tuán)隊(duì)又在Nature Communications發(fā)表兩項(xiàng)最新研究：

一、SARS-CoV-2 KP.3.1.1如何通過積累關(guān)鍵突變位點(diǎn)獲得競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)？

2025年12月11日，朱軒/王鵬飛/孫蕾/何茂洲/趙曉宇在《自然通訊》上發(fā)表研究成果——“Pathogenicity, virological features, and immune evasion of SARS-CoV-2 JN.1-derived variants including JN.1.7, KP.2, KP.3, and KP.3.1.1”。該研究不僅詳細(xì)比較了不同SARS-CoV-2 JN.1子代病毒的病理學(xué)特征，并且深入探究了KP.3.1.1毒株如何通過關(guān)鍵突變位點(diǎn)獲得競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)，從而成為2024年下半年的全球主流毒株的機(jī)制，為進(jìn)一步理解冠狀病毒致病性的分子機(jī)制以及冠狀病毒演化過程提供了重要的實(shí)驗(yàn)依據(jù)。

繼SARS-CoV-2 JN.1之后，其子代毒株相繼出現(xiàn)并通過積累氨基酸突變獲得傳播優(yōu)勢(shì)，在這項(xiàng)研究中，研究者聚焦于包括JN.1.7，KP.2，KP.3和KP.3.1.1在內(nèi)的關(guān)鍵毒株，嘗試探究這些毒株獲得優(yōu)勢(shì)的分子機(jī)制。通過比較其子代的基因組序列，研究者發(fā)現(xiàn)相較于相似度最高的KP.3毒株，KP.3.1.1毒株僅在刺突蛋白的S31位點(diǎn)和NSP10蛋白的S33位點(diǎn)攜帶氨基酸缺失或突變。研究者通過使用中和抗體、新冠病毒突破感染病人免疫血清和新冠病毒免疫倉(cāng)鼠血清評(píng)估JN.1子代病毒的免疫逃逸能力，發(fā)現(xiàn)KP.3.1.1毒株的刺突蛋白具有最強(qiáng)的免疫逃逸能力。通過進(jìn)一步的結(jié)構(gòu)分析，證實(shí)S31位點(diǎn)缺失通過產(chǎn)生全新的N30位點(diǎn)糖基化修飾增強(qiáng)KP.3.1.1刺突蛋白的免疫逃逸能力。通過病毒轉(zhuǎn)導(dǎo)實(shí)驗(yàn)，研究者證實(shí)攜帶有KP.3.1.1刺突蛋白的病毒相較于攜帶JN.1或KP.3刺突蛋白的病毒在細(xì)胞中的轉(zhuǎn)導(dǎo)能力有十分顯著的提升，凸顯了S31位點(diǎn)缺失作為關(guān)鍵的免疫逃逸及感染能力雙增強(qiáng)突變位點(diǎn)的重要價(jià)值！S31位點(diǎn)缺失顯著增強(qiáng)了KP.3.1.1刺突蛋白的感染能力，但在復(fù)制實(shí)驗(yàn)中沒有觀察到KP.3.1.1復(fù)制能力的增強(qiáng)，進(jìn)而研究者發(fā)現(xiàn)NSP10 S33C對(duì)平衡病毒復(fù)制能力和致病水平的重要作用。

結(jié)合本研究的發(fā)現(xiàn)，研究者解釋了SARS-CoV-2 KP.3.1.1通過積累關(guān)鍵氨基酸突變從而獲得現(xiàn)有致病能力、免疫逃逸能力和基本病毒學(xué)特征，并成為世界主流毒株的分子機(jī)制。研究強(qiáng)調(diào)了刺突蛋白中免疫逃逸及感染能力雙增強(qiáng)突變的重要價(jià)值，以及病毒通過刺突蛋白內(nèi)外氨基酸突變共同塑造病毒總體特性的復(fù)雜機(jī)制。

香港大學(xué)史佳璐/復(fù)旦大學(xué)趙曉宇青年研究員/復(fù)旦大學(xué)金曉輝/復(fù)旦大學(xué)李嘉言/香港大學(xué)劉妧晨/香港大學(xué)劉歡/貝灣生物科技有限公司胡葉凡博士為該成果的第一作者。香港大學(xué)朱軒教授、復(fù)旦大學(xué)王鵬飛教授、復(fù)旦大學(xué)孫蕾教授、國(guó)科大杭州高等研究院何茂州教授、復(fù)旦大學(xué)趙曉宇青年研究員為該文章的共同通訊作者。

文章鏈接：https://www.nature.com/articles/s41467-025-66018-x

二、鑒定冠狀病毒廣譜中和抗體關(guān)鍵靶點(diǎn)

針對(duì)病毒復(fù)雜又高頻的變異，發(fā)現(xiàn)保守表位開發(fā)高效廣譜中和抗體十分關(guān)鍵。先前（2025年3月），王鵬飛/孫蕾/朱軒等團(tuán)隊(duì)在《Communications Biology》上發(fā)表兩個(gè)具有廣譜強(qiáng)效中和活性的抗體CYFN1006-1和CYFN1006-2，對(duì)包括新冠變異株KP.3.1.1及SARS-CoV-1在內(nèi)的多種冠狀病毒均表現(xiàn)出強(qiáng)效中和活性。

2025年11月26日，王喬/朱軒/王鵬飛/孫蕾等在《自然通訊》發(fā)表了另一項(xiàng)成果——“Orphan broadly RBD-binding antibodies annotate three remaining conserved RBD epitopes along SARS-CoV-2 evolution”。該研究首次通過創(chuàng)新的單B細(xì)胞篩選策略，從自然感染及突破感染人群中鑒定出稀有但極具價(jià)值的廣譜抗體，這些抗體可跨譜系識(shí)別SARS-CoV-1、EG.5.1、BA.2.86、JN.1、KP.2/3等多種新冠新興變異株，并在動(dòng)物模型中展現(xiàn)真實(shí)保護(hù)效果。進(jìn)一步的高分辨率結(jié)構(gòu)分析顯示，這些孤兒抗體精準(zhǔn)靶向RBD上三個(gè)高度保守且互不重疊的關(guān)鍵表位，而且這些區(qū)域在全球數(shù)千萬病毒序列中幾乎未發(fā)生突變，構(gòu)成病毒難以改變的“結(jié)構(gòu)要害”。該研究表明，這三大表位是病毒最難逃逸的核心弱點(diǎn)，為廣譜抗體藥物與下一代疫苗開發(fā)提供黃金靶點(diǎn)，也為應(yīng)對(duì)未來新變異株提供重要戰(zhàn)略方向；隨著病毒持續(xù)演化，抓住其“不可變的弱點(diǎn)”將成為未來免疫干預(yù)的關(guān)鍵路徑。

文章鏈接：https://www.nature.com/articles/s41467-025-65596-0

王鵬飛課題組長(zhǎng)期招聘博士后，有意者請(qǐng)將應(yīng)聘材料通過電子郵件發(fā)至pengfei_wang@fudan.edu.cn郵箱。