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Sci Adv丨董晨團(tuán)隊(duì)揭示RORgt在免疫細(xì)胞表達(dá)的關(guān)鍵調(diào)控機(jī)制

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在黏膜免疫穩(wěn)態(tài)的維持以及炎癥性疾病的發(fā)生發(fā)展過程中,三型免疫細(xì)胞( type 17 immune cells ) 發(fā)揮著至關(guān)重要的作用 。 這一細(xì)胞群體既包括 表達(dá) CD4 的 適應(yīng)性免疫細(xì)胞中的 Th17 細(xì)胞和 RORγt? Treg 細(xì)胞,也包括固有免疫系統(tǒng)中的 ILC3 以及 RORγt? γδT 細(xì)胞。盡管這些細(xì)胞在發(fā)育來源和功能屬性上存在顯著差異,但它們均依賴同一個(gè)核心轉(zhuǎn)錄因子 ——RORγt 來決定其命運(yùn)和功能程序。

保守非編碼序列( conserved noncoding sequences ,CNS)通常作為順式元件,在調(diào)控基因時(shí)空特異性表達(dá)中發(fā)揮關(guān)鍵作用。 董晨實(shí)驗(yàn)室 既往研究已對(duì) RORγt 在 Th17 細(xì)胞中的順式調(diào)控機(jī)制進(jìn)行了較為深入的解析,然而在固有三型免疫細(xì)胞中, RORγt 的順式調(diào)控網(wǎng)絡(luò)仍知之甚少。此外, RORγt 在適應(yīng)性與固有三型免疫細(xì)胞中是否依賴不同的順式調(diào)控機(jī)制實(shí)現(xiàn)差異化表達(dá),也缺乏系統(tǒng)研究。

2026 年 2 月 26 日,西湖大學(xué) 醫(yī)學(xué)院董晨團(tuán)隊(duì) 在 Science Advances 雜志發(fā)表了題 為

The conserved noncoding sequence CNS11 is a master control region for
Rorc
transcription in type 17 immune cells
的研究論文。該研究系統(tǒng)鑒定并功能解析了Rorc基因位點(diǎn)的一個(gè)保守非編碼序列CNS11,揭示其作為一個(gè)核心順式調(diào)控區(qū)域,通過整合多種轉(zhuǎn)錄因子信號(hào),在不同三型免疫細(xì)胞中以差異化方式調(diào)控RORγt的表達(dá),從而決定這些細(xì)胞的分化、維持及功能,為理解三型免疫細(xì)胞命運(yùn)決定的分子機(jī)制提供了新的見解。


在本研究中,研究團(tuán)隊(duì)首先對(duì) Rorc 基因座的保守非編碼序列進(jìn)行了系統(tǒng)分析,并結(jié)合多種 固有免疫細(xì)胞的 ATAC-seq 數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn) CNS11 在 ILC3 中呈現(xiàn)出高度開放的染色質(zhì)狀態(tài)。為直接驗(yàn)證 CNS11 的功能,研究人員構(gòu)建了 CNS11 敲除小鼠模型,并對(duì)其進(jìn)行了系統(tǒng)性的表型分析。

令人 驚訝 的是, CNS11 的缺失導(dǎo)致小鼠所有 二級(jí) 淋巴器官完全缺失。進(jìn)一步分析顯示,腸道中 ILC3 細(xì)胞幾乎完全消失;與此同時(shí), Th17 、 RORγt? Treg 、 RORγt? γδT 細(xì)胞以及 RORγt? 抗原呈遞細(xì)胞( APC )也接近完全缺失。這些結(jié)果表明, CNS11 是維持三型免疫細(xì)胞譜系完整性不可或缺的關(guān)鍵順式調(diào)控元件。

盡管 CNS11 對(duì)多種三型免疫細(xì)胞中 RORγt 的表達(dá)均至關(guān)重要,但進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),其發(fā)揮作用的方式卻并不相同。 在 Th17 細(xì)胞中, CNS11 的缺失并不 顯著 影響其初始分化過程;然而在體內(nèi)環(huán)境中, 缺失 CNS 11 的 Th17 細(xì)胞難以長(zhǎng)期維持 RORγt 的穩(wěn)定表達(dá),最終導(dǎo)致功能逐漸喪失。相比之下, 在 ILC3 的發(fā)育過程中, CNS11 在前體階段即保持高度開放狀態(tài),其缺失會(huì)直接導(dǎo)致 RORγt 無法被有效誘導(dǎo),從而在命運(yùn)決定的早期階段即阻斷 ILC3 的生成。該結(jié)果揭示, CNS11 在適應(yīng)性免疫細(xì)胞中主要承擔(dān)維持 RORγt 表達(dá)的功能,而在固有三型免疫細(xì)胞中則更偏向于啟動(dòng) RORγt 的表達(dá)程序。

為闡明 CNS11 實(shí)現(xiàn)差異化調(diào)控的分子機(jī)制,研究團(tuán)隊(duì)開展了深入的機(jī)制研究。通過 DNA pull-down 、雙熒光素酶報(bào)告實(shí)驗(yàn)、 CUT&Tag 以及體內(nèi)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)突變等多種技術(shù)手段,作者發(fā)現(xiàn) CNS11 是一個(gè)能夠整合多種轉(zhuǎn)錄因子信號(hào)的調(diào)控平臺(tái)。研究表明, RORγt 本身可直接結(jié)合 CNS11 ,形成正反饋調(diào)控回路,這是所有三型免疫細(xì)胞共同依賴的基礎(chǔ)機(jī)制。在此基礎(chǔ)上,不同細(xì)胞類型通過引入不同的 “ 協(xié)同因子 ” ,賦予 CNS11 細(xì)胞類型特異性的調(diào)控功能:在 ILC3 中, RUNX3 與 RORγt 協(xié)同結(jié)合 CNS11 并控制 其發(fā)育 過程 ;而在 RORγt? γδT 和 RORγt? Treg 細(xì)胞中,轉(zhuǎn)錄因子 c-MAF 是 CNS11 發(fā)揮功能的關(guān)鍵調(diào)控因子。

為進(jìn)一步驗(yàn)證 RUNX3 在 ILC3 發(fā)育中的作用,研究團(tuán)隊(duì)構(gòu)建了 RUNX3 條件性敲除小鼠模型。研究結(jié)果顯示, RUNX3 的缺失顯著損害 ILC3 的發(fā)育,并導(dǎo)致固有三型免疫細(xì)胞中 RORγt 的表達(dá)水平明顯下降。值得注意的是,研究還發(fā)現(xiàn) RUNX3 缺失同樣顯著影響 RORγt? APC 的發(fā)育和功能,提示 RUNX3 在 固有 三型免疫 細(xì)胞 中具有更為廣泛的調(diào)控作用。

綜上所述,該研究系統(tǒng)論證了CNS11作為Rorc基因核心順式調(diào)控元件的關(guān)鍵作用,揭示了固有與適應(yīng)性免疫細(xì)胞如何通過共享同一順式元件、卻采用不同轉(zhuǎn)錄因子組合,實(shí)現(xiàn)對(duì)同一關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子的差異化調(diào)控。這一發(fā)現(xiàn)不僅加深了對(duì)三型免疫細(xì)胞發(fā)育與功能調(diào)控機(jī)制的理解,也為未來差異化靶向不同三型免疫細(xì)胞提供了新的理論依據(jù)和潛在策略。

清華大學(xué) 免疫所 博士生張昊為該論文第一作者,西湖大學(xué) 醫(yī)學(xué)院 董晨教授和 清華大學(xué) 免疫所 王小虎 副 研究員 為本文的通訊作者。


https://www.science.org/doi/epdf/10.1126/sciadv.adz6964

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