近日，中山大學博士生李孟燃和中國科學院香港創(chuàng)新研究院臧澤林博士及合作者打造出一種名為 CHMR 的 AI 系統(tǒng)，堪比一位擁有細胞之眼的 AI 化學家，能讓藥物研發(fā)變得更精準和更安全。

經(jīng)過在 9 個大型公開數(shù)據(jù)集、累計 728 項藥物屬性預測任務上的嚴格測試，CHMR 大獲全勝。

在預測藥物活性和藥物毒性等分類任務上，平均性能比此前最先進的 AI 方法高出 3.6%。在預測藥物在體內(nèi)的溶解性和代謝率等回歸任務上，平均誤差降低了 17.2%。在數(shù)據(jù)嚴重缺失的一些現(xiàn)實場景之下，CHMR 的表現(xiàn)依然穩(wěn)健可靠。

圖 | 李孟燃（來源：李孟燃）

李孟燃告訴 DeepTech：“我同時考慮了多模態(tài)（細胞、基因）數(shù)據(jù)的缺失性問題，并且將分子、細胞、基因之間的層級關系耦合到一個模型框架中進行建模。將這兩方面結(jié)合起來做，可能是我們率先嘗試的?！?/p>

眾所周知，藥物是人類對抗疾病的重要武器。但是，研發(fā)新藥就像大海撈針，傳統(tǒng)方法主要依靠分析藥物的化學結(jié)構比如原子如何連接、分子形狀如何來預測它是否有用和是否安全。然而，藥物真正地發(fā)揮作用，是在它進入我們身體與細胞相遇之后。

藥物分子就像一把鑰匙，能夠打開細胞上的特定的靶點，從而引發(fā)一系列的連鎖反應：細胞的外形可能改變，內(nèi)部的基因活動也會改變。這些細胞的反應，才是決定藥效和毒副作用的關鍵。

可惜的是，在實驗中要想獲取每種藥物對于所有細胞和所有基因的影響數(shù)據(jù)，極其昂貴和困難。人們常常只有藥物結(jié)構的完整數(shù)據(jù)，而關于它如何影響細胞的反應報告確實殘缺不全。

這就好比你作為老板要招聘一名新人，你只知道候選人的身高體重也就是結(jié)構信息，卻不知道他的學歷如何、經(jīng)驗如何也就是不知道他的能力信息，那么你很難判斷他是否適合成為你的員工。

（來源：https://arxiv.org/abs/2511.21120）

面對細胞反映數(shù)據(jù)確實這個普遍難題，CHMR 展現(xiàn)出了較強的智能。它的核心思想是：融合多維度信息，模仿生物世界的層次關系進行推理。

它的第一招是使用朋友圈來補全信息。CHMR 非常明白這樣一個道理：即那些結(jié)構相似的藥物，其細胞反應可能也是相似的。當一個藥物的某些細胞實驗數(shù)據(jù)缺失的時候，它會去查找這個藥物在化學結(jié)構上的鄰居也就是相似分子，通過參考鄰居們已有的細胞數(shù)據(jù)，它可以像玩填字游戲一樣，科學地推測出缺失的信息，這比簡單地使用零或隨機值填充要準確得多。

它的第二招是使用對齊化學與生物的語言?；瘜W結(jié)構比如分子圖和細胞反應比如基因表達數(shù)據(jù)，是兩種完全不同的語言。CHMR 就像是一位精通雙語的翻譯，它可以將這兩種信息映射到同一個語義空間里，確?！皻⑺腊┘毎乃幬铩边@個含義，在化學結(jié)構和細胞反應兩種表達中得到同意的理解和關聯(lián)。

它的第三招是通過構建知識樹來理解層次關系。CHMR 能夠意識到，從藥物化學結(jié)構的最底層，到細胞形態(tài)變化的中間層，再到基因活動改變的最頂層，存在一個天然的生物層次關系。CHMR 在 AI 大腦里構建了一棵決策樹，樹的淺層根節(jié)點代表著廣泛的化學特征，隨著走向深層枝葉，所代表的信息越來越具體，比如特定的細胞反應模型或者基因通路。通過這棵樹，CHMR 能夠系統(tǒng)地組織知識，理解藥物作用從微觀化學到宏觀生物效應的完整鏈條。

它的第四招是在關系網(wǎng)中實現(xiàn)自我完善。CHMR 還引入了一個包含分子、細胞、基因的龐大知識圖譜，圖譜中的連線代表它們之間已知的相互作用，比如某種藥物已知能夠調(diào)控某個基因。CHMR 會在這個圖譜里進行隨機游走，學習節(jié)點之間的影響關系，從而更好地重建和理解確實的信息。

（來源：https://arxiv.org/abs/2511.21120）

這讓 CHMR 主要能被用于加速安全型新藥的誕生、成為老藥新用的探測器、成為個性化醫(yī)療的助推器以及成為探索生物奧秘的新工具。

對于制藥公司來說，其可以利用 CHMR 在早期就從海量候選分子之中，更準確地篩選出那些有效且低毒的優(yōu)秀分子，大幅地節(jié)省實驗時間和成本，讓藥物更早來到患者身邊。

對于科學家來說，其可以利用 CHMR 來挖掘現(xiàn)有藥物未知的生物效應，助力發(fā)現(xiàn)一些已經(jīng)上市的藥物在治療新型疾病上的潛力即發(fā)現(xiàn)藥物重定位的潛力，例如一種舊藥可能意外地能夠有效治療另一種罕見病。

對于生物學家來說，其能將 CHMR 作為一款強大的計算顯微鏡，系統(tǒng)性地探索“化學擾動-細胞表型-基因表達”之間的復雜網(wǎng)絡關系，助力揭示更多生命活動的底層規(guī)律。

參考資料：

相關論文https://arxiv.org/abs/2511.21120