基因突變引起的遺傳性肝病是兒童肝病的重要病因，臨床上可表現(xiàn)為膽汁淤積、轉氨酶升高、肝纖維化、脂肪肝等多種各種各樣的表型。明確致病基因及其突變對于疾病診斷、治療決策，以及預防新患者出生具有重要意義。然而，當前臨床廣泛應用的外顯子組測序（ whole exom e sequencing, WES ）診斷率通常僅約 30% ，仍有大量疑似遺傳性肝病患者無法獲得明確的遺傳學診斷 ， 尤其 在 許多患者中不能發(fā)現(xiàn)符合遺傳模式的致病性變異，或者發(fā)現(xiàn)的變異不能明確致病性。

造成這一局限的重要原因在于，許多致病變異位于基因的非編碼區(qū)域，或通過影響 RNA 剪接、表達調控等機制發(fā)揮作用，而這些變化常難以通過 DNA 測序，包括外顯子組測序，直接識別和解釋。因此，如何進一步提高遺傳性肝病的分子診斷率，成為該領域亟待解決的關鍵問題。

復旦大學附屬兒科醫(yī)院肝病科長期致力于遺傳性肝病的診斷、治療和致病機制研究。王建設教授團隊曾在國際上首先鑒定 MYO5B 、 USP53 、 ZFYVE19 突變相關肝內膽汁淤積癥和 RINT1 突變引起的發(fā)熱相關反復肝功能衰竭，他們的研究使國際孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫（ OMIM ） 新增了多個疾病條目，極大地促進了全球兒童遺傳性肝病診斷水平的提升。

近日，復旦大學附屬兒科醫(yī)院肝病科王建設教授團隊聯(lián)合復旦大學附屬兒科醫(yī)院、生物醫(yī)學研究院邢清和教授團隊，在Hepatology期刊發(fā)表題為Liver transcriptome sequencing contributes to the molecular diagnosis of genetic liver diseases的研究論文。該研究系統(tǒng)評估了肝組織RNA測序在遺傳性肝病診斷中的應用價值，尤其針對不能發(fā)現(xiàn)符合遺傳模式的致病性變異，或者發(fā)現(xiàn)的變異不能明確致病性的情況，為進一步提高分子診斷率提供了重要依據(jù)。

研究納入 147 例疑似遺傳性肝病患者，在既往 DNA 測序基礎上開展肝組織 RNA 測序分析。結果顯示，在 91 例經(jīng) DNA 測序未能確診的患者中， RNA 測序新增明確診斷 17 例， 診斷率提高 18.68% ；在具有明確臨床表型或候選變異的患者中，診斷率提高進一步 提升至 45.45% 。

研究發(fā)現(xiàn)， RNA 測序對診斷的貢獻主要來源于 異常剪接 （ aberrant splicing, AS ）和 等位基因特異性表達 （ allele-specific expression, ASE ）分析，而 單純表達水平異常對診斷的貢獻較為有限 。這提示， RNA 層面的功能異常是遺傳變異致病的重要機制。

值得注意的是，研究系統(tǒng)揭示了隱源性剪接變異的分布特征，發(fā)現(xiàn)大量致病相關變異集中在外顯子 - 內含子邊界上下游約 50bp 區(qū)域。這類變異在 DNA 層面往往難以識別或解釋，但在 RNA 測序中可直接表現(xiàn)為異常剪接事件，從而為變異致病性的判斷提供關鍵證據(jù)。

此外， RNA 測序還可通過分析等位基因表達不平衡，判斷變異是否位于不同等位基因，從而輔助常染色體隱性遺傳疾病的診斷。在缺乏家系樣本的情況下，該方法為確定復合雜合狀態(tài)提供了重要手段。

在群體層面，本研究通過轉錄組聚類分析發(fā)現(xiàn)， 不同類型遺傳性肝病患者可形成具有特征性的分子分型 。低 GGT 膽汁淤積患者在轉錄組層面呈現(xiàn)明顯聚類特征，不同亞群對應不同生物學機制。這一發(fā)現(xiàn)提示，轉錄組特征不僅有助于疾病診斷，還可為患者分層及致病機制研究提供重要線索。

總體而言，該研究表明， RNA 測序能夠彌補 DNA 測序在功能解釋方面的不足，是遺傳性肝病分子診斷的重要補充手段 ， 同時提出了一套結合個體和群體兩個層面的診斷策略，一定程度上彌補了傳統(tǒng)基因檢測的診斷空白。該研究為推動 RNA-seq 進入罕見病常規(guī)臨床診斷流程提供了強有力的循證醫(yī)學證據(jù)。

論文第一作者為復旦大學附屬兒科醫(yī)院肝病科成業(yè)博士后、李忠蝶醫(yī)師、 2024 級博士生關志洪。共同通訊作者為復旦大學附屬兒科醫(yī)院王建設教授和邢清和教授。

原文鏈接：https://doi.org/10.1097/hep.0000000000001747

制版人：十一

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1. Cheng Y, Li ZD, Guan ZH, Wang L, Qiu YL, Fang WY, Zhao J, Zhang K, Li JQ, Xing QH, Wang JS. Liver transcriptome sequencing contributes to the molecular diagnosis of genetic liver diseases.Hepatology.2026 Mar 19. doi : 10.1097/HEP.0000000000001747

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