1521年，麥哲倫在第一次環(huán)球航行中發(fā)現(xiàn)菲律賓群島，上岸后發(fā)現(xiàn)島民仍處于極度落后的部落文明期，于是當(dāng)眾進(jìn)行了一次武器展示，就宣布群島歸屬西班牙國王，要求各個(gè)部落酋長皈依基督教并稱臣納貢。

這個(gè)時(shí)候的麥哲倫，怎么都不會想到自己會死在菲律賓。

迫于熱武器的壓力，各島酋長都選擇了低頭，唯獨(dú)麥克坦島酋長拒絕，麥哲倫就帶著六十名士兵親自絞殺酋長，結(jié)果遭到長矛、羽箭和石頭的反擊，麥哲倫惱羞成怒下令放火燒毀土著房屋，卻不料更加激怒了土著們的反抗。

在混戰(zhàn)中，一支毒箭射穿了麥哲倫的小腿，土著們隨后亂刀砍死了麥哲倫。

麥哲倫的意外喪命，只是短暫推遲了西班牙殖民菲律賓，40年后，比麥哲倫更殘暴的西班牙航海家黎牙實(shí)比，帶來了更多士兵和更先進(jìn)的火器，為避免重蹈麥哲倫的覆轍，西班牙殖民者短短三年就擄走5000名反抗的土著，全部發(fā)配各地淪為奴隸。

1571年，西班牙成立東印度殖民地，首都設(shè)在馬尼拉，首次推行“分而治之”的治理模式：愿意皈依基督教的土著可留在原地，不愿意的遷往內(nèi)陸山區(qū)，反對者一律拉去造船或墾荒。

而此時(shí)的中國正值明朝掃寇，有個(gè)名叫林鳳的海寇首領(lǐng)，祖籍潮州饒平，巔峰期擁有兩廣海域最強(qiáng)大的海盜船隊(duì)，大小船只近百艘、海盜成員上萬，南澳群島的老巢被戚繼光搗毀后，林鳳率眾遠(yuǎn)遁臺島休養(yǎng)生息，不料大明胡守仁窮追不舍，恰好聽聞呂宋島被洋人侵占，林鳳想趁洋人防御松懈、守軍陣腳未穩(wěn)之際，先發(fā)奪島并生根立足，于是帶著五千部眾和工匠、婦女、糧種等等，浩浩蕩蕩揮師下南洋。

然而，林鳳的海盜部眾雖然人數(shù)夠多，但裝備卻一言難盡，數(shù)百名先鋒隊(duì)手持長矛、彎刀和匕首（火繩槍不到20把），在沖往總督府的路上就被守軍發(fā)現(xiàn)，雖然斬殺了守軍將領(lǐng)，卻也暴露了行蹤，導(dǎo)致西班牙駐軍迅速回防，林鳳船隊(duì)不得不敗退邦阿西南島，被困4個(gè)月后，林鳳趁夜突圍，從此銷聲匿跡。

林鳳和他的部眾最后去了哪里，至今都沒有定論，但與林鳳有關(guān)的民間傳言卻層出不窮，甚至連菲律賓前總統(tǒng)馬科斯都曾經(jīng)自稱是林鳳后裔。

自林鳳之后，西班牙殖民者對華人的戒備心大大提高，1591年以“貿(mào)易壟斷”為由禁止銷售中國絲綢和棉花，進(jìn)而擴(kuò)大到茶葉、陶瓷、糧油等等品類，并限制華人擁有土地和活動自由，導(dǎo)致菲律賓華人的日子越來越不好過。

為了系統(tǒng)管理，西班牙殖民者將華人分為“已皈依”和“未皈依”，“未皈依”的華人全部被禁足在“城寨”里生活，而“已皈依”的華人可以與土著聯(lián)姻，很快就催生了一大批華菲混血兒，例如第一任菲律賓總統(tǒng)阿奎納多、“菲律賓三父”之一的蒂尼奧、菲律賓革命軍總司令安東尼奧盧納，以及菲律賓民族英雄博尼法西奧等等，全部是華菲混血兒。

到了美國殖民期，雖然有各種各樣的《排華法案》誕生，但當(dāng)時(shí)的中國清朝積貧積弱，在“太平天國”和“義和團(tuán)”期間，福建沿海仍然有數(shù)十萬難民被迫下南洋求生，二戰(zhàn)期間美軍設(shè)立的第一、第二“菲律賓步兵團(tuán)”，主要就是由這批福建人的后代組成，而早期抵達(dá)菲律賓的華人則被編入駐菲美軍，為解放菲律賓立下汗馬功勞。

2013年，菲律賓參議院首次公布的《人口種族調(diào)查報(bào)告》中，華人已超過135萬，具有華裔血統(tǒng)的菲律賓人約2280萬，相當(dāng)于菲律賓總?cè)丝诘?5%都有中國血統(tǒng)，如以民族計(jì)算，比菲律賓人口最多的塔加洛族還要多。

由于98.7%的華菲都來自中國福建（泉州75%、漳州23%、廈門2%），盡管大部分是第四、第五代菲律賓公民，但他們中的相當(dāng)一部分人（約74.%）仍以閩南語為母語，以華菲為主體的馬尼拉、碧瑤、維甘等城市最為常見，因此又被稱為是菲律賓的“人民語言”。

日常生活方面，這些華菲不僅保留了相對傳統(tǒng)的中國習(xí)俗，同時(shí)也影響了大部分菲律賓土著，其中有佛教、道教等宗教文化，也有節(jié)慶時(shí)舞龍舞獅、穿紅衣、大掃除、團(tuán)圓飯、吃年糕等等民間習(xí)俗，飲食方面更突出，豆花、蒸糕、春卷、毛蛋等等，無一不是中國民間特色小吃。