傳統(tǒng)觀念里，志賀氏菌（Shigella）是通過污染食物或水傳播的腸道病原體。現(xiàn)代公共衛(wèi)生卻發(fā)現(xiàn)：在男男性行為者（MSM）群體中，Shigella sonnei 可作為性傳播感染（STI）傳播渠道。英國公共衛(wèi)生機(jī)構(gòu)通過流行病學(xué)與全基因組測序聯(lián)合跟蹤發(fā)現(xiàn)，一種攜帶 blaCTX-M-15的耐藥菌株，正通過性接觸快速在 MSM 群體中擴(kuò)散。

近日，來自英國劍橋大學(xué)的研究團(tuán)隊提供了其傳播軌跡、基因演化與公共衛(wèi)生應(yīng)對的全景解讀。該研究題為”Epidemiologic and Genomic Investigation of Sexually Transmitted Shigella sonnei, England“。

流行背景：2023年新增117例，耐藥形勢驟變

從2019年8月開始，一組基因型（SNP linkage cluster t10.1814）的Shigella sonnei就在英國現(xiàn)身。到2023年，該菌株導(dǎo)致117例性感染病例，在患者樣本中檢出blaCTX-M-15，這是一種表征第三代頭孢抗性的質(zhì)?；?。

之前，該耐藥位點常見于旅居人群，這次則是在本土通過性傳播網(wǎng)絡(luò)出現(xiàn)，意味著抗性傳播進(jìn)入了新的生態(tài)空間。

研究設(shè)計：流行+基因軌跡雙重追蹤

1.病例甄別

納入患者：2023年英格蘭境內(nèi)、S. sonnei 陽性、屬于 t10.1814 SNP 群體、樣本采集時間為2023年內(nèi)的117例。采集樣本多來自倫敦及其他城市。

2.流行病學(xué)信息收集

分析患者的年齡、性別、性行為、旅行史、用藥情況等（MSM 為主），從而推斷傳播途徑。

3.全基因組測序（WGS）分析

檢測菌株間 SNP 差異，用于構(gòu)建譜系圖；鑒定質(zhì)粒中耐藥基因，觀察 blaCTX-M-15是否為新型插入。

4.比較基因組分析

將現(xiàn)有菌株與2019年至今的數(shù)據(jù)進(jìn)行對比，確認(rèn)耐藥基因質(zhì)粒是否由外來整合進(jìn)入群體。

主要結(jié)果：性傳播網(wǎng)絡(luò)里耐藥基因突襲

從2016年到2023年，英國的志賀氏菌（Shigella sonnei）診斷病例總數(shù)發(fā)生了顯著變化。病例數(shù)量在2016至2018年間持續(xù)上升，2019年略有下降；之后在2020至2021年明顯減少，這與新冠疫情引起的社交限制和旅行減少有關(guān)。但從2022年起，病例數(shù)又開始迅速增長，并在2023年超過了疫情前的水平。

在此期間，推定為男男性行為者（MSM）人群中的病例占比也顯著上升。2016年，這一群體約占26%的病例，而到了2023年上升到了46%。與2016–2022年平均水平相比，2023年推定MSM群體中的病例增長了82%，遠(yuǎn)高于非MSM群體的增長（僅為31%）。這表明志賀氏菌的傳播已在該人群中重新活躍。

對收集到的Shigella sonnei分離株進(jìn)行全基因組測序后發(fā)現(xiàn)，攜帶blaCTX-M-15基因的菌株數(shù)量顯著增加。在2016–2022年間，這類菌株僅占全部分離株的10%，而到了2023年，這一比例上升到33%。與此相反的是，攜帶blaCTX-M-15基因的菌株比例在2023年下降了。

在推定MSM群體中，這種變化更加明顯。攜帶blaCTX-M-15的菌株比例從2016–2022年的17%增加到2023年的38%。相對地，blaCTX-M-15的比例從47%降至27%。這意味著2023年在MSM人群中新出現(xiàn)的多數(shù)Shigella菌株都攜帶了blaCTX-M-15，提示一個新的耐藥譜系正在取代舊的主流菌株。

2016–2023年間，英國對性傳播Shigella sonnei的流行病學(xué)和基因組研究發(fā)現(xiàn)，125株攜帶blaCTX-M-15基因變體的S. sonnei聚集于t10.1814單核苷酸多態(tài)性（SNP）聚類中，主要來源于未報告旅行史的成年男性，即推定的MSM。該克隆群于2019年首次出現(xiàn)，但2023年病例激增，占比94%。其中90%菌株攜帶blaCTX-M-15基因，94%對氟喹諾酮耐藥，88%攜帶阿奇霉素耐藥基因，86%為XDR（廣泛耐藥）菌株。t10.1814與另一個常見耐藥克隆t10.377同屬t25:1大類群，但在系統(tǒng)發(fā)育樹上處于不同分支，提示兩者獨立進(jìn)化。

與旅行相關(guān)的其他blaCTX-M-15耐藥克隆主要來自前往巴基斯坦或突尼斯的病例，而t10.1814則以本地傳播為主。這表明英國MSM人群中blaCTX-M-15型XDR S. sonnei正在本地擴(kuò)散，需加強(qiáng)監(jiān)測與公共衛(wèi)生干預(yù)。

在對英國2016–2023年間MSM人群中傳播的Shigella sonnei進(jìn)行的研究中，發(fā)現(xiàn)t10.1814簇中攜帶blaCTX-M-15的質(zhì)粒均為IncFII型，大小為77.6–149.0 kb。含blaCTX-M-27的前體菌株質(zhì)粒更大，但兩者基因組成高度相似，僅blaCTX-M整合子區(qū)域存在差異。與t10.377的IncFII質(zhì)粒相比，結(jié)構(gòu)基本一致，僅在可變區(qū)有輕微差異。另有一株t10.2404簇菌株將blaCTX-M-15整合入染色體，質(zhì)粒丟失，整合位點為tRNA-Phe附近的噬菌體殘留序列。

總結(jié)

本文的結(jié)果強(qiáng)調(diào)了基因組監(jiān)測在檢測性傳播志賀氏菌病爆發(fā)方面的持續(xù)效用，以及抗生素管理對志賀氏菌病日益增長的重要性。此外，通過對數(shù)據(jù)進(jìn)行詳細(xì)分析，可以闡明抗生素耐藥性日益增加的菌株中抗生素耐藥性的復(fù)雜來源和傳播途徑。研究人員反復(fù)看到攜帶針對關(guān)鍵抗生素類別耐藥性的接合質(zhì)粒在不同傳播網(wǎng)絡(luò)中循環(huán)的志賀氏菌菌株之間動員。

這種質(zhì)粒動員強(qiáng)調(diào)了將志賀氏菌作為一種緊急抗生素威脅來處理的需求，符合世界衛(wèi)生組織2024年優(yōu)先病原體清單，并強(qiáng)調(diào)需要創(chuàng)造創(chuàng)新解決方案來減緩網(wǎng)絡(luò)中的性傳播，在這種網(wǎng)絡(luò)中，大量使用抗生素會導(dǎo)致 XDR 菌株的出現(xiàn)。

https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/31/7/24-1584_article

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