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Cancer Cell??|?整合大規(guī)模結(jié)直腸癌單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜揭示中性粒細(xì)胞表型及空間組織結(jié)構(gòu)

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撰文 | 楚雨蕁

結(jié)直腸癌是全球最常見的胃腸道惡性腫瘤 , 死亡率位居世界第二 ,尤其是 轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌的靶向治療發(fā)展較為有限 , 絕大多數(shù)結(jié)直腸癌對免疫檢查點(diǎn)抑制劑治療表現(xiàn)耐藥 【1】 。 單細(xì)胞RNA測序技術(shù)的出現(xiàn)為解析癌癥異質(zhì)性開辟了新途徑 , 中性粒細(xì)胞在結(jié)直腸癌瘤內(nèi)及間質(zhì)區(qū)域高度富集 , 與CD8 + T細(xì)胞存在空間共定位,具有促瘤與抗瘤的雙重功能,并能在免疫治療作用下獲得抗腫瘤表型 【2】 。 但 基于10x Genomics平臺的結(jié)直腸癌類似研究 普遍 存在中性粒細(xì)胞 數(shù)據(jù) 缺失 的現(xiàn)象 【3-4】 ,因此,對結(jié)直腸癌患者中性粒細(xì)胞的深入表征 將為結(jié)直腸癌治療耐藥背景下 髓系-淋 系 細(xì)胞間相互作用提供全新見解。

近日,來自奧地利因斯布魯克醫(yī)科大學(xué) Zlatko Trajanoski 團(tuán)隊(duì)在 Cancer Cell 雜志上發(fā)表了文章 Single-cell integration and multi-modal profiling reveals phenotypes and spatial organization of neutrophils in colorectal cancer , 通過整合來自650名患者、1,670份樣本的76個結(jié)直腸癌單細(xì)胞RNA測序數(shù)據(jù)集,共涉及427萬個細(xì)胞, 并補(bǔ)充和納入 低mRNA含量的免疫細(xì)胞的單細(xì)胞數(shù)據(jù)以及包含370萬個細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜和70萬個細(xì)胞蛋白質(zhì)組圖譜的多模態(tài)空間單細(xì)胞腫瘤微環(huán)境數(shù)據(jù) , 構(gòu)建了一個大規(guī)模結(jié)直腸癌單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜。基于這一大數(shù)據(jù)資源,確定了免疫表型特征,鑒定髓系 細(xì)胞 表達(dá) 模式 ,并對中性粒細(xì)胞(包括其空間微環(huán)境定量特征)進(jìn)行了系統(tǒng)表征。


首先, 研究者們 以61種主要細(xì)胞類型/狀態(tài) 描繪 結(jié)直腸癌腫瘤微環(huán)境的高分辨率圖譜,揭示了不同的細(xì)胞類型組成模式?;谀[瘤微環(huán)境的單細(xì)胞組成, 研究者們進(jìn)一步對 腫瘤 進(jìn)行精細(xì) 分類,將患者分為四種腫瘤免疫表型:免疫荒漠型 ( immune deserted ) 、髓系細(xì)胞主導(dǎo)型 ( myeloid ) 、B細(xì)胞主導(dǎo)型 ( B cell ) 和T細(xì)胞主導(dǎo)型 ( T cell ) 。此外, 研究者們通過non-negative matrix factorization (NMF) 鑒定出髓系基因 共 表達(dá) 程序,該程序 涵蓋 對 細(xì)胞周期、上皮細(xì)胞相互作用、代謝活動以及環(huán)境信號響應(yīng),例如熱休克/未折疊蛋白反應(yīng)、干擾素反應(yīng)與缺氧應(yīng)答 水平的衡量 。 所鑒定的 四種免疫調(diào)節(jié)程序 博愛闊 :免疫抑制反應(yīng) ( immunosuppressive response ) 、炎癥反應(yīng) (inflammatory response) ,以及B細(xì)胞/漿細(xì)胞相互作用 (the consensus programs B cell/plasma cell interaction) 和T細(xì)胞相互作用 (T cell interaction) 的 基因共表達(dá) 程序。這些免疫調(diào)節(jié)程序揭示了腫瘤微環(huán)境中先天性與適應(yīng)性免疫細(xì)胞間復(fù)雜的相互作用網(wǎng)絡(luò)。中性粒細(xì)胞的 基因共表達(dá) 程序以 IL1A 和 IL1B 等炎癥基因,以及 OLR1 、 VEGFA 、 PLAU 等腫瘤相關(guān)中性粒細(xì)胞標(biāo)志物為特征, 值得注意的是,中性粒細(xì)胞高度異質(zhì)性和 T細(xì)胞相互作程序 的高度富集 ,進(jìn)一步支持了中性粒細(xì)胞 可能作為一個兩副“面孔”的靶點(diǎn) 在腫瘤促進(jìn)與抑制中 具有 雙重作用 的觀點(diǎn) 。 考慮到三級淋巴結(jié)構(gòu)的重要性, 研究者們也 分析 了 B細(xì)胞 亞群,可以 通過靶向B細(xì)胞開辟有前景的治療途徑。

其次, 研究者 對結(jié)直腸癌患者不同區(qū)室中的中性粒細(xì)胞亞群進(jìn)行了表征,并發(fā)現(xiàn)了具有顯著免疫治療意義的HLA-DRA + 腫瘤相關(guān)中性粒細(xì)胞表型,該表型具有抗原呈遞特征,且與更好的生存結(jié)局相關(guān)。 不僅如此,研究者們 揭示了血液中短壽命中性粒細(xì)胞群體與結(jié)直腸癌組織中長壽命中性粒細(xì)胞群體的異質(zhì)性, 提示結(jié)直腸癌組織 慢性炎癥微環(huán)境的特征。 進(jìn)一步 利用 結(jié)直腸癌 患者來源 的 類器官, 研究者們 提供了基因型與免疫表型關(guān)聯(lián)的證據(jù), 揭示 KRAS突變腫瘤能將中性粒細(xì)胞極化為促腫瘤表型。

研究者們聯(lián)合 單細(xì)胞空間轉(zhuǎn)錄組分析揭示了細(xì)胞通過不同細(xì)胞組成構(gòu)建功能性細(xì)胞微環(huán)境。其中特別值得關(guān)注的是一個中性粒細(xì)胞富集的微環(huán)境, 結(jié)果提示 中性粒細(xì)胞通過IL-1信號通路與成纖維細(xì)胞相互作用 ,然而 這類髓系 細(xì)胞主導(dǎo)型 結(jié)構(gòu)形成的驅(qū)動因素尚不明確,值得在結(jié)直腸癌及其他實(shí)體瘤背景下開展進(jìn)一步研究。

最后,通過結(jié)直腸癌原位小鼠模型, 研究者們 發(fā)現(xiàn)腫瘤來源信號可調(diào)控骨髓中的中性粒細(xì)胞,提示腫瘤誘導(dǎo)的粒細(xì)胞生成作用。此外, 研究者們發(fā)現(xiàn) Siglec-F + 中性粒細(xì)胞 在小鼠結(jié)直腸癌浸潤比例高而在外周循環(huán)中很少 。因此,通過對骨髓和/或腫瘤微環(huán)境進(jìn)行靶向干預(yù),有望利用中性粒細(xì)胞重編程實(shí)現(xiàn)更有效的癌癥治療。


綜上, 本研究 整合了 大規(guī)模結(jié)直腸癌單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組 數(shù)據(jù),并構(gòu)建單細(xì)胞分辨率結(jié)直腸癌圖譜( 可通過cell-x-gene平臺 https://crc.icbi.at 進(jìn)行交互式探索),這一高分辨率結(jié)直腸癌圖譜的開發(fā)利用,有望為開發(fā)針對免疫檢查點(diǎn)抑制劑應(yīng)答不足的結(jié)直腸癌患者的聯(lián)合療法奠定基礎(chǔ)。

https://doi.org/10.1016/j.ccell.2025.12.003

制版人: 十一

參考文獻(xiàn)

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