近日，中國農(nóng)業(yè)科學院公布了2025年度重大科學發(fā)現(xiàn)。其中，中國農(nóng)科院基因組所“馬鈴薯基因組學啟發(fā)物種起源研究與設(shè)計育種”入選中國農(nóng)業(yè)科學院2025年度重大科學發(fā)現(xiàn)。

該成果從基因組學層面系統(tǒng)解析了馬鈴薯單倍型圖泛基因組、雜交起源機理與抗病基因進化規(guī)律，闡明了創(chuàng)新性狀塊莖形成機制，并進一步提出抗性基因理性設(shè)計與理想單倍型育種策略。

2025年1月23日，中國農(nóng)業(yè)科學院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所（嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學與技術(shù)廣東省實驗室深圳分中心）黃三文團隊在《自然（Nature）》期刊上發(fā)表題為“Leveraging a phased pangenome for haplotype design of hybrid potato”的研究成果。該研究構(gòu)建了首個完整解析馬鈴薯單倍型的泛基因組，首次系統(tǒng)揭示了無性繁殖植物的基因組特征，并在此基礎(chǔ)上提出了理想單倍型育種新策略，通過組合不同品系的基因組片段，可以最大限度減少自交系中的有害突變，為高效培育雜交馬鈴薯提供了全新思路。

2025年7月31日，中國農(nóng)業(yè)科學院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所（嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學與技術(shù)廣東省實驗室深圳分中心）黃三文團隊聯(lián)合中外科研團隊在《細胞（Cell）》期刊上發(fā)表題為“Ancient hybridization underlies tuberization and radiation of the potato lineage”的研究成果。該研究首次揭示了馬鈴薯組的雜交起源、薯塊形成和輻射分化，研究發(fā)現(xiàn)，馬鈴薯組起源于900萬年前番茄組和類馬鈴薯組的一次古雜交事件，雜交產(chǎn)生了新器官（薯塊）。該研究是“優(yōu)薯計劃”的又一重大突破，為馬鈴薯遺傳育種提供了全新的理論視角。

2025年10月30日，中國農(nóng)業(yè)科學院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所（嶺南現(xiàn)代農(nóng)業(yè)科學與技術(shù)廣東省實驗室深圳分中心）黃三文團隊與南京農(nóng)業(yè)大學植物保護學院/農(nóng)林生物安全全國重點實驗室董莎萌團隊合作，在《自然（Nature）》期刊上發(fā)表題為“Plug-in Strategy for Resistance Engineering Inspired by Potato NLRome”的研究成果，為解決這一全球性難題提供了一個新方案。該研究構(gòu)建了馬鈴薯抗病基因資源庫，揭示了識別和輔助兩類抗病基因在序列和功能上的分化特征，并闡明了它們與具有不同進化潛力的病原菌之間的協(xié)同演化規(guī)律。利用比較和演化基因組學，研究團隊挖掘出三個新抗晚疫病基因，并在對其抗病機理的深入解析基礎(chǔ)上提出了“Plug-in（插件式）”抗病育種新策略，為培育持久抗病的馬鈴薯品種開辟了全新路徑。