1966年“運動”爆發(fā)后，時任鐵道部部長的呂正操受到了沖擊。林彪拋出陰險的“桃園三結(jié)義”，誣陷彭真、林楓、呂正操為“反林彪小集團(tuán)”，還污蔑呂正操1946年在東北時追隨彭真，反對自己，要他向中央“還賬”。呂正操沒有辦法，只好連篇累牘地寫檢查交代問題。

1966年8月，紅衛(wèi)兵開始免費革命大串連，作為國家主要交通工具的鐵路，客運量頓時狂飚式暴增：8月18日至11月25日，毛澤東先后8次接見紅衛(wèi)兵和各地師生。據(jù)《新中國鐵路50年》統(tǒng)計：這一時期，全國鐵路共運送了5600多萬人，人均行程568公里；僅9、10月間，全路加開師生專列6996列，其中發(fā)往北京5493列。

全國鐵路正常的運輸秩序完全被打亂，大批物資積壓。呂正操一面挨批判，一面頂著重壓，采取果斷措施，他在非常狀態(tài)下力穩(wěn)失控，保證了紅衛(wèi)兵小將和革命師生的串連活動，保證了國家建設(shè)重點物資的運輸。

毛澤東在“運動”初期就說要保呂正操，林彪雖然表面上答應(yīng)了，但他背地里卻伙同江青、陳伯達(dá)、康生搞陰謀，煽動不明真相的群眾批斗呂正操，對呂正操的迫害不斷升級。

1967年7月12日，呂正操“束手就擒”，被非法關(guān)押在京郊通縣，由北京衛(wèi)戍區(qū)警衛(wèi)三師“監(jiān)護(hù)”，他生命中第一次、也是唯一一次失去了人身自由。

呂正操和彭德懷

呂正操被關(guān)押初期，精神很壓抑，經(jīng)常晚上睡不著覺，他認(rèn)為自己打鬼子出生入死，建鐵路廢寢忘食，不說有多大貢獻(xiàn)，但盡心盡力，一片赤誠，黨對自己也很信任，現(xiàn)在卻被打成牛鬼蛇神，戴上“叛黨”“反黨”的帽子，遭受非人凌辱摧殘，真是“念天地之悠悠，獨愴然而涕下”。

隨著迫害不斷升級，呂正操跳出凝重痛苦的反省，重新認(rèn)識所遭受的迫害，他察覺其中非同尋常：陰謀出自林彪、江青、康生之流那里。呂正操相信真理終將戰(zhàn)勝邪惡，笑在最后的才是勝利者。他后來回憶說：

在里面挨打，是常事，我也還手，也打。但他們?nèi)硕?，年輕。他們想折騰我，找人在我房里看著我，逼問我黑后臺，我說：“滾出去！”我最厲害了，天天跟看管我的人吵架，跟他們斗得最厲害！

呂正操入獄后，他的妻子劉沙也被關(guān)進(jìn)了監(jiān)獄。直到1970年2月，劉沙才被解除監(jiān)禁，送往河南信陽八機(jī)部“五七干?！惫苤苿趧?，繼續(xù)實行“政治隔離”。

呂正操和家人

1972年3月，劉沙因病從干?；乇本┲委煟换氐奖本?，就給毛澤東寫信，請求看望呂正操，毛澤東批示：可以探視。

4月26日，劉沙和兒女們來到衛(wèi)戍區(qū)，見到了被關(guān)押近5年的呂正操。此時的呂正操瘦得很厲害，臉如菜色，原來敏銳、智慧的眼睛也凹下去了，剛毅中深藏著疲憊和潛隱的痛苦。

呂正操的大女兒呂彤巖后來回憶說：“我們?nèi)タ锤赣H，大家都默契地不說傷心事，或講講在北大荒農(nóng)場出的洋相、當(dāng)?shù)仫L(fēng)土人情；或說說社會上的新鮮事、趣事；或談?wù)勛x了什么革命書籍。父親雖身陷囹圄，但依舊專心讀書，靜觀其變，他反復(fù)閱讀馬、恩、列、斯、毛等允許看的書籍和報刊，更客觀地琢磨一些問題，從報刊的細(xì)微變化中獲取信息。人縱然被禁錮，但思想可以自由飛翔?！?/p>

呂正操

1973年秋，劉沙被“解放”了，她相信這就是好的轉(zhuǎn)機(jī)，于是又給毛澤東寫了封信，為丈夫申訴。

1974年7月，毛澤東在武漢提出：要把呂正操、楊成武、余立金等人放出來，讓他們出席慶?！鞍艘弧苯ㄜ姽?jié)的盛大招待會，名單見報。這是林彪事件后，中央采取的一種“解放干部”的方式。

7月31日下午，周恩來抱病接見了得以恢復(fù)自由的呂正操等幾位軍隊干部。呂正操沒說多少話，只是表示：“感謝毛主席、黨中央，總算把我的問題弄清楚了?！?/p>

當(dāng)時也在場的張春橋卻陰陽怪氣地對呂正操說：“你在‘運動’初期還是有錯誤的嘛！”

張春橋

呂正操馬上頂了回去：“做工作哪能沒有錯的？過去工作有錯，今后再讓我工作，也還會有錯的！”

當(dāng)晚7點，政治局全體成員又接見了呂正操等人。周恩來緊緊握著呂正操的手，語重心長地說：“過去的事情就過去了，不要在意嘍！”

呂正操看到周恩來面容消瘦，含著淚問候他的健康，周恩來安慰道：“最近做了個小手術(shù)，病已經(jīng)好了?！眳握龠@才得知，周恩來剛做了膀胱癌的手術(shù)。

此時江青走過來對呂正操說：“你的事，主席早就批了，一直拖到現(xiàn)在，我有責(zé)任?！?/p>

呂正操知道江青是要顯示自己的權(quán)勢，他不卑不亢地說：“早出來晚出來都沒關(guān)系，我還有些書沒看完呢！”

晚年的呂正操