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Relation Therapeutics用AI顛覆傳統(tǒng)藥物研發(fā)

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Relation Therapeutics要做的,就是精準識別疾病亞型,讓療法匹配真正適合的患者。


文|錢麗娜

ID | BMR2004

人工智能在全球很多領(lǐng)域都產(chǎn)生了驚人影響,可是在藥物研發(fā)領(lǐng)域卻無重大進展。Relation Therapeutics意在通過全新的技術(shù)和方法,縮短尋找生物學靶點的時間。Relation Therapeutics的方向是研發(fā)能 “理解生物學” 的技術(shù),其理念是:只有真正理解生物學原理,才能在藥物研發(fā)領(lǐng)域有出色表現(xiàn)。所以團隊既做計算層面的工作,比如人工智能,也做濕實驗室層面的研究,比如單細胞技術(shù)、基因編輯技術(shù),并試圖將這兩個領(lǐng)域結(jié)合起來,既要獲取數(shù)據(jù),也要有解讀數(shù)據(jù)、理解生物學的技術(shù)能力。

01

既然找不到滿意的,不如自己來做

本杰明(Benjamin Swerner)是 Relation Therapeutics公司首席運營官及聯(lián)合創(chuàng)始人,這是一家2021年成立于英國的科創(chuàng)企業(yè)。本杰明的專業(yè)背景是神經(jīng)科學,主要研究大腦如何運作、如何通過數(shù)學模型理解世界,有點像人工智能,但沒有 “人工” ,單純聚焦 “智能” 本身的研究。

在漫長的學術(shù)研究周期中,他萌生了通過創(chuàng)辦公司讓學術(shù)研究產(chǎn)生影響力的想法。他先后在兩家風險投資基金工作了5年,重點關(guān)注人工智能與藥物研發(fā)的交叉領(lǐng)域。但事實是,人工智能雖然在全球很多領(lǐng)域都產(chǎn)生了驚人影響,可在藥物研發(fā)領(lǐng)域的進展卻沒那么理想,這個領(lǐng)域成本極高、耗時極長?!凹热徽也坏綕M意的項目,不如自己來做?!庇谑窃?021年,他和另外兩個伙伴創(chuàng)辦了Relation Therapeutics,不到5年,公司已經(jīng)從3人發(fā)展到120人,融資總額近1億美元,與英偉達、葛蘭素史克均建立了重要合作關(guān)系。

眾所周知,制藥公司研究一個靶點,可能需要花10年、20年甚至更長時間,比如用于治療肥胖的GLP-1(胰高血糖素樣肽- 1),禮來和諾和諾德從2000年就開始研究,直到2023年,相關(guān)藥物才真正送到患者手中。而生物科技領(lǐng)域目前最燒錢的環(huán)節(jié)就是晚期臨床實驗。最常見的原因是對疾病的生物學機制理解錯誤,簡單說就是找錯了“靶點”。要么是靶點沒有治療效果,要么是存在安全性問題,雖然能起效,但可能對患者造成致命風險,這兩種情況都不可行。

在生物學靶點研究上,傳統(tǒng)方式往往是線性推進的,通常只在細胞、小鼠甚至猴子身上做實驗,但Relation Therapeutics認為,藥物的最終目標是治療人類患者。團隊在征求患者同意后獲取人體組織樣本,將骨組織、髖關(guān)節(jié)和膝關(guān)節(jié)組織樣本帶回實驗室進行測序,從而擁有了龐大的人體系統(tǒng)獨家數(shù)據(jù)。團隊還研發(fā)了多項具有自主知識產(chǎn)權(quán)的模型,用于解讀、生成更多關(guān)鍵數(shù)據(jù),從而對疾病的驅(qū)動因素有了完全不同的視角。

“通過分析人體組織,計算機能直接識別出真正導致疾病的原因,這正是實現(xiàn)突破的關(guān)鍵。我們先用這些技術(shù)更透徹地理解疾病,之后研發(fā)藥物的成功率自然就會高很多。我們看重的是成功率,而不是追求更快或成本更低,這就是我們顛覆傳統(tǒng)流程的核心邏輯?!北窘苊髡f。

當進入臨床實驗階段時,Relation Therapeutics也沒有采用傳統(tǒng)方式,把所有被醫(yī)生診斷為骨質(zhì)疏松癥的患者都納入實驗,相反,會再次分析患者的細胞生物標志物和基因組,判斷這款療法是否適合這組患者?!昂芏嗉膊∑鋵嵤且粋€病名下面藏著多種亞型。人類很擅長把疾病歸為一個大類,卻很難區(qū)分它的亞型。而Relation Therapeutics要做的,就是精準識別這些疾病亞型,讓療法匹配真正適合的患者。公司取名 ‘Relation Therapeutics’(關(guān)系療法),原因就在于我們正在用計算機去挖掘不同數(shù)據(jù)之間的‘關(guān)系’,這是其他人沒做到的事?!北窘苊髡f。

02

“單細胞研究”的價值

在英國,很多疾病的定義能追溯到19世紀維多利亞時代。當時的醫(yī)生都是根據(jù)患者的癥狀來定義疾病,比如“咳嗽”“胳膊疼”“腿疼”。但生物學不同,生物學里沒有“哮喘”這個概念,只有“肺部某類細胞無法正常工作”這個事實。

Relation Therapeutics從“細胞”入手,因為這才是定義疾病的正確方式,不是基于醫(yī)生的經(jīng)驗,而是基于生物學本質(zhì)。細胞是生命的基本單位,人體的運作機制本質(zhì)上是在細胞層面實現(xiàn)的。細胞可以是單個存在,也可以形成細胞群,還能與其他細胞群相互作用,這就好比蓋房子,細胞就是搭建房子的“磚塊”。

Relation Therapeutics不關(guān)心前輩在醫(yī)學院學到的傳統(tǒng)知識,而是想讓計算機去發(fā)現(xiàn)那些人類從未察覺的、根本性的生物學規(guī)律。這是個漫長的過程。受DeepMind研發(fā)的AlphaGo的啟發(fā),本杰明認為,人類學習圍棋時,會師從師父,代代相傳,但人工智能對這套傳統(tǒng)思路不感興趣,它只會從圍棋的基本規(guī)則和底層邏輯開始學習,它走出的棋步,是人類從未想到過的。生物學研究也是同理?!拔覀冴P(guān)注的那些疾病,問題其實都出在細胞上:可能是‘磚塊’壞了,也可能是‘磚塊’無法正常工作,所以我們從單細胞入手。一個關(guān)鍵因素是,能解讀細胞的技術(shù),最近才逐漸成熟。如果10年前創(chuàng)辦Relation Therapeutics,根本不可能做到,因為能深入細胞內(nèi)部、觀察基因組情況及基因表達的技術(shù),其實是近六七年才出現(xiàn)的?!?/p>

一個細胞就是一個龐大的世界。本杰明打比方說:這就好比在看一套叢書——每本書是一卷,每一卷里有不同章節(jié),每個章節(jié)下有句子,句子又由詞語構(gòu)成。但生物學和語言的不同之處在于,用英語交流時,說出一句話后,會影響后面幾句話,比如說“我膝蓋疼,昨天出去的時候天很冷,踢足球時把膝蓋弄傷了”,這里“膝蓋”和“足球”的關(guān)聯(lián),幾句話內(nèi)就能理清,但在生物學中,這種關(guān)聯(lián)可能要跨越幾十萬甚至幾百萬個“句子”(注:此處“句子”指代生物分子間的關(guān)聯(lián)單元)才能體現(xiàn)。所以Relation Therapeutics的核心技術(shù)之一,就是弄清楚“距離很遠”的基因之間如何產(chǎn)生關(guān)聯(lián),不只是“下一句話”里的關(guān)聯(lián),可能是“下一本書”甚至“另一套叢書”里的基因,它們可能相互影響、相互作用,這正是需要破解的難題。

知道細胞哪里出了問題后,還需要能調(diào)控細胞,讓它恢復健康狀態(tài)。

目前Relation Therapeutics已經(jīng)擁有了全球最大的骨組織單細胞圖譜,今年還將建成全球最大的皮膚組織單細胞圖譜?;谶@些圖譜,團隊正在研發(fā)一系列從未有人探索過更從未有人成功開發(fā)的新型治療方案,最終目標是為當下難以治愈的疾病找到療法?!爱斎?,這仍需要時間—— 可能要5—7年,但我們正走在這條路上,朝著這個方向推進?!北窘苊髡f。

03

科技生物公司還是生物科技公司

Relation Therapeutics的競爭壁壘就在于技術(shù)和數(shù)據(jù)這兩大核心。除了擁有全球最大的骨組織數(shù)據(jù)集和皮膚組織數(shù)據(jù)集,同時還持有大量與數(shù)據(jù)相關(guān)的知識產(chǎn)權(quán)。對骨組織或皮膚組織進行測序的操作難度非常大,這本身就是一道門檻。

在技術(shù)層面,Relation Therapeutics團隊里有很多來自DeepMind等頂尖機構(gòu)的優(yōu)秀機器學習科學家,他們搭建的人工智能系統(tǒng)能精準解讀這些復雜的生物數(shù)據(jù)。而真正的護城河,其實是數(shù)據(jù)與技術(shù)之間的聯(lián)動,這種結(jié)合是獨一無二的。

目前行業(yè)里用人工智能做藥物研發(fā)的公司不算多,少有公司同時還具備深厚的藥物研發(fā)經(jīng)驗。公司聯(lián)合創(chuàng)始人阿瑟·戴維(Arthur David)在其30年職業(yè)生涯中成功將11款藥物推向市場,涵蓋抗感染藥物等多個領(lǐng)域,無論是大型制藥公司還是小型生物科技企業(yè)的運作模式,他都非常熟悉。這種經(jīng)驗在藥物研發(fā)中至關(guān)重要。畢竟研發(fā)過程需要靠譜的執(zhí)行能力?!拔覀兣c合作伙伴溝通時經(jīng)常說‘我們擅長人工智能,擅長數(shù)據(jù)處理,更擅長藥物研發(fā)’ ,這種組合優(yōu)勢是非常罕見的?!?/p>

Relation Therapeutics更愿意把自己稱為“科技生物公司”,本杰明認為,公司本質(zhì)上是一家藥物研發(fā)公司,最終產(chǎn)品是藥物和療法,但核心競爭力,是人工智能和數(shù)據(jù)技術(shù),這是脫穎而出的關(guān)鍵。

目前公司的120名員工中,一半是人工智能科學家和研究員,他們主要負責編程;另一半是濕實驗室科學家,在實驗室里操作移液管、處理實驗樣本和專利相關(guān)工作。

Relation Therapeutics有個非常特別的地方,濕實驗室團隊和計算團隊的辦公區(qū)域就在隔壁,中間只隔了一面玻璃墻,他們可以直接揮手打招呼,這在行業(yè)里很罕見。大多數(shù)生物科技公司和制藥公司,計算團隊在一個城市,濕實驗室團隊卻在另一座城市,但Relation Therapeutics就在隔壁協(xié)同工作。這種布局稱為“實驗室閉環(huán)”模式:先在實驗室生成數(shù)據(jù),計算團隊解讀數(shù)據(jù)后,再將結(jié)論反饋給濕實驗室,指導下一步實驗。這個閉環(huán)系統(tǒng)對得出準確的研究結(jié)論必不可少,沒有這個閉環(huán),就很難在研發(fā)中占據(jù)優(yōu)勢。

這種“實驗室閉環(huán)”模式可以迅速遷移至其他治療領(lǐng)域。只要有合適的數(shù)據(jù),就能立即轉(zhuǎn)向新的研究課題,并快速生成結(jié)果。進入新領(lǐng)域的成本高低主要取決于目標領(lǐng)域的數(shù)據(jù)是否已存在,如果數(shù)據(jù)需要自己生成,可能要花費數(shù)千萬美元。但是從過往項目中積累的經(jīng)驗和知識是可以復用的,比如“如何生成數(shù)據(jù)的技術(shù)經(jīng)驗”完全可以復制,但數(shù)據(jù)本身具有組織特異性,比如骨組織的數(shù)據(jù)經(jīng)驗可以復用,但如果要從骨組織研究轉(zhuǎn)向皮膚組織,就需要全新的數(shù)據(jù)。本杰明說:”我們傾向于自主生成大量數(shù)據(jù),也希望能在幾周內(nèi)啟動新的臨床實驗。不過關(guān)鍵在于,公司需要聚焦幾個核心領(lǐng)域來創(chuàng)造價值?!袄碚撋?,只要是涉及復雜遺傳學機制的慢性疾病,該方法都能發(fā)揮優(yōu)勢,但腫瘤領(lǐng)域團隊涉及較少,因為腫瘤更多與體細胞突變相關(guān),而Relation Therapeutics聚焦非腫瘤領(lǐng)域,比如免疫學疾病、代謝類疾病等隨時間進展的慢性疾病。

04

可否成為全產(chǎn)業(yè)鏈生物制藥企業(yè)?

在自身發(fā)展的定位中,Relation Therapeutics定位于“平臺型公司”以及“資產(chǎn)導向型公司”,即會自主研發(fā)藥物并推向市場,團隊的雄心是希望成為全產(chǎn)業(yè)鏈生物制藥企業(yè)。要實現(xiàn)這一點,既需要平臺技術(shù),也需要自主研發(fā)藥物資產(chǎn)。

Relation Therapeutics將發(fā)展分為三個階段:第一階段是搭建技術(shù)平臺,目前已完成;第二階段是自主研發(fā)藥物,目前正在與葛蘭素史克這樣的企業(yè)合作;第三階段是推進自主藥物進入臨床實驗,將于未來幾年啟動。

Relation Therapeutics開發(fā)的研發(fā)模型與ChatGPT等模型的區(qū)別在于,后者以互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)作為訓練數(shù)據(jù),但在生物學領(lǐng)域,沒有這樣的互聯(lián)網(wǎng)級基礎(chǔ)數(shù)據(jù)集,必須自己生成數(shù)據(jù)。這就是 Relation Therapeutics的特點:既要生成數(shù)據(jù),又要搭建模型來解讀這些數(shù)據(jù)。

從成本角度,這種研發(fā)新藥的模式目前對成本并不是最在意,關(guān)鍵是“做對”,為患者找到安全的治療方案?!熬退阄覀兊难邪l(fā)成本和行業(yè)平均水平一樣,都是10億美元,但如果能讓成功率翻倍,對社會的價值遠比省下1億美元要大得多?!北窘苊髡f。

研發(fā)新藥的速度會因此而更快,因為方向會更精準,但具體到單個項目,耗時可能和其他研發(fā)項目差不多。Relation Therapeutics的商業(yè)模式還有一個特別之處,主要負責發(fā)現(xiàn)疾病的生物學機制,但不自己做化學合成工作,而是與擅長此項工作的機構(gòu)合作。另外,也會根據(jù)自己發(fā)現(xiàn)的生物學機制,引進授權(quán)藥物。一旦發(fā)現(xiàn)某公司的某個藥物恰好適合治療研究的某種疾病,那就會希望和這家公司合作。

基于上述研究,目前Relation Therapeutics的藥物都處于研發(fā)階段,一部分是與葛蘭素史克合作研發(fā),一部分是自主研發(fā)。當前已推進的研發(fā)項目覆蓋骨質(zhì)疏松癥、骨關(guān)節(jié)炎、皮膚纖維化、肺纖維化,接著還會有皮膚疾病相關(guān)項目,2026年還會啟動一個代謝類疾病項目。

“我們很幸運,有像 ‘創(chuàng)始人論壇’(Founders Forum)這樣的投資合作伙伴,正在為我們引薦一些非常優(yōu)質(zhì)的關(guān)鍵聯(lián)系人。另外,我們也希望和研究型大學建立合作,看看能有什么新的發(fā)現(xiàn),通過學術(shù)研究和商業(yè)合作這兩個渠道推進?!北窘苊魅缡钦f。

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