明崇禎十一年（1638年），清兵為繞過寧錦防線，多爾袞、岳托(滿語意為“呆癡人”“傻公子”，代善長子)奉皇太極令，率十余萬清軍鑿開長城邊墻，分兩路突破北京密云墻子嶺、河北遷西青山口，突入中原內(nèi)地。左翼是睿親王多爾袞、貝勒豪格；右翼是揚(yáng)武大將軍岳托、貝勒杜度。次年正月，清兵兩路會師于通州，分兵八路沿太行山與運(yùn)河南下，覆蓋河北、山東兩省，重點(diǎn)劫掠京畿與山東腹地，很快攻至濟(jì)南。

戰(zhàn)前，明朝兵部尚書、督師楊嗣昌錯(cuò)誤判斷，認(rèn)定清軍必然從德州攻入山東，將明朝主力調(diào)往德州。濟(jì)南城僅余500余名老弱士兵和700名萊州援兵，總計(jì)1200余人，由巡按御史宋學(xué)朱、山東左布政使張秉文等率領(lǐng)，困守孤城。

滿清自皇太極登基后，發(fā)現(xiàn)無法打破明朝堅(jiān)固的防守，決定繞道蒙古突襲內(nèi)地。從崇禎二年（1629年）至崇禎十五年（1642年），滿清共六次大規(guī)模入塞，繞過明朝關(guān)寧錦防線，從長城關(guān)隘突入華北腹地劫掠，旨在削弱明朝經(jīng)濟(jì)、瓦解抵抗意志。

這一次的搶掠最為慘烈，深入明朝腹地極遠(yuǎn)，繞過德州直達(dá)濟(jì)南，是清軍南下劫掠的頂峰。據(jù)說，打敗明軍五十七次，攻陷一府三州五十五縣二關(guān)，殺明總督兩名、守備以上將吏百余人。生俘德王朱由樞、郡王朱慈顴、奉國將軍朱慈賞、監(jiān)軍太監(jiān)馮允許等。光白銀就搶走了200多萬兩，黃金數(shù)萬斤，擄掠人口46萬，牲畜17萬頭。幾乎把山東搶了個(gè)精光。史稱“戊寅虜變”。

此次入塞明廷損失之大幾乎把崇禎給嚇破了膽，他調(diào)集重兵固守北京，未及時(shí)支援山東，導(dǎo)致濟(jì)南孤立無援。名將盧象升率部在巨鹿阻擊清軍，率五千孤軍迎戰(zhàn)，因糧餉斷絕、監(jiān)軍高起潛拒援，最終全軍覆沒，盧象升身中四箭三刀殉國；孫傳庭受命馳援，但懾于清軍威勢未敢出擊，戰(zhàn)后被崇禎下獄；兗州作為山東南部政治軍事中心也被多爾袞攻克，魯王殉國；住在珍珠泉大院的德王朱由樞被滿清捕至東北不知所蹤；山東總兵魯宗文、薊遼總督吳阿衡等百余名將吏戰(zhàn)死。

清軍自1638年冬至1639年正月圍困濟(jì)南，兵臨城下時(shí)，正值崇禎十一年十二月二十三小年夜。明軍與民眾在巡按御史宋學(xué)朱指揮下頑強(qiáng)抵抗。宋學(xué)朱“不解帶、不交睫、頭發(fā)盡白”，日夜督戰(zhàn)；參政、孝感人鄧謙率軍民架炮轟擊清軍，直至“矢盡石窮”后殉國。這場戰(zhàn)役，按滿文檔的記錄，清軍投入了“滿洲四個(gè)旗和蒙古四個(gè)旗”，也就是說，把整個(gè)滿蒙集團(tuán)一半的兵力都投入了。僅消滅明軍“步兵2000人”。滿清用整個(gè)滿蒙集團(tuán)一半軍隊(duì)，打區(qū)區(qū)1200個(gè)老弱明軍。居然花了60多天。

崇禎十二年正月初二（1639年1月22日），濟(jì)南城破。清軍入城后實(shí)施報(bào)復(fù)性屠戮，焚毀全城，屠殺軍民逾10萬人。幸存者記載：“道路積尸，穢臭逼人，湖井充塞，衢巷枕藉”。清軍“三日不封刀”，街道血流成渠，護(hù)城河“水赤不流”。山東巡按御史宋學(xué)朱、山東左布政使張秉文、濟(jì)南兵備道按察司周之訓(xùn)、濟(jì)南知府茍好善、鹽運(yùn)使唐世熊、同知陳虞胤、通判熊獻(xiàn)、歷城知縣韓承宣、提學(xué)副使翁鴻業(yè)、推官陸燦以及全城官員和守兵全部殉國；文學(xué)家劉敕兄弟不屈被殺；西關(guān)回民戰(zhàn)死200余人；負(fù)責(zé)守城巡邏的352名秀才全員陣亡。乾隆《歷城縣志》中記載死于守城戰(zhàn)的鄉(xiāng)紳，有名有姓的便有44人（含宗室4人）。

其中死得慘的有：

山東巡按宋學(xué)朱尸骨無存，被滿清架在城樓長桿上一把火給燒成了灰；

山東督糧道副使、參政、湖北孝感人鄧謙，用手架著大炮在城頭轟擊清兵，還一邊用勁弓斬射多人，體力不支被俘后，被清兵砍成數(shù)段而亡。鄧氏一家在濟(jì)南者，慘死的多達(dá)46人，幸運(yùn)的是鄧謙的妻子胡氏跳井未死。次子鄧天申被清兵擄走，半途逃回，得以和母親團(tuán)聚；

周之訓(xùn)與三個(gè)妻妾守著北門，同時(shí)殉國；

張秉文被殺，其妻妾投了大明湖殉國殉夫，家里的丫鬟全跳了湖；

韓承宣城破時(shí)仆役勸他換衣服逃跑，他拒絕了并且把縣大印綁在胳膊上繼續(xù)持劍作戰(zhàn)，被清兵一箭射中頭部而死，戰(zhàn)后收尸體的是看見他胳膊上的縣大印才知道縣官老爺戰(zhàn)死在街道上。

“大兵數(shù)十萬薄城，城外西北隅，憑水為濠，險(xiǎn)固易守，獨(dú)東南一望平沃。（學(xué)朱）與兵使周之訓(xùn)親守南門，身犯矢石，大兵不得上。每釀酒城頭，夜分握手語，欷歔達(dá)旦。己卯正月初二早，大兵攻西北城甚急，云梯擁上，學(xué)朱率卒躍馬循城而西，沖鋒救援，刃中于面，被執(zhí)不屈，乃懸城樓之竿殺之。須臾縱火焚樓，尸遂燼，之訓(xùn)亦死之?！薄髂┣宄跤?jì)六奇《明季北略》

濟(jì)南的婦女們?yōu)槊庠饬枞?，投大明湖自盡者數(shù)萬人，投井、自縊者不計(jì)其數(shù)?！睹鲗?shí)錄·崇禎實(shí)錄》：山東巡按御史郭景昌事后“瘞濟(jì)南城中積尸十三萬余”，實(shí)際死亡或達(dá)數(shù)十萬。《歷城縣志》：清軍“焚殺官兵紳弁數(shù)十萬人，踞城十有四日乃去”，稱此慘狀為“千百年來未有”。蒲松齡是山東淄川人，他的名篇《聊齋志異·鬼隸》中側(cè)面記載“北兵大至，屠濟(jì)南，扛尸百萬”；《韓方》、《林氏》篇也有“今日殃人者，皆郡城北兵所殺之鬼”、“會北兵入境被俘去”。作為親歷者，明崇禎時(shí)兵部尚書楊嗣昌之子楊山松所撰《孤兒吁天錄》中記載，滿清在濟(jì)南進(jìn)行了大規(guī)模屠殺，“死者九萬四千二百七十二軀”。

濟(jì)南人口從明末約37萬銳減至清初不足12萬（乾隆年間數(shù)據(jù)），城市功能幾近癱瘓。清軍焚城加劇中原生態(tài)惡化，黃河下游河道淤塞，頻繁泛濫。

是為“濟(jì)南之屠”，至今濟(jì)南還有“雙忠祠街”、“雙忠泉”等地名，即為紀(jì)念“戊寅虜變”（因在年頭歲尾，又稱“己卯之變”）中組織抵抗并殉國的宋學(xué)朱、韓承宣。殉國的山東布政使張秉文被另立祠祭祀，但沒保存下來。

這次濟(jì)南大屠殺是滿清入塞侵明以來最大的戰(zhàn)果，也是唯一攻占的省會城市。時(shí)間長達(dá)半年，深入到了山東地區(qū)，側(cè)面反應(yīng)明朝北部的邊防實(shí)力到了怎么樣的地步，其軍事力量的衰敗是肉眼可見的。史載：戊辰，清兵盡出塞，計(jì)深入二千里，歷五閱月，破七十余城，殺親王、隳省會。中國援兵環(huán)合，未嘗少挫也。

屠殺過后，山東本富裕之省，盡數(shù)成為廢墟。崇禎十二年（1639年）六月，新任山東右布政使侯安國到山東赴任，沿黃河直達(dá)濟(jì)南，數(shù)百公里只見“村落寂寥”、“遙聞率多號泣之聲”、“臭尸遍野”、“所遺零星殘黎，盡髡發(fā)壞面，損股折肱”（偶爾看見幾個(gè)活人，不是被清兵強(qiáng)迫踢了頭的，就是臉有傷，腿斷，腳殘）。

當(dāng)時(shí)擔(dān)任安廬池太巡撫的史可法，從南方率兵馳援，沒有趕上。逡巡于山東滕縣、鄒縣一帶。他給家人寄信說：“北邊破了五七十州縣，不知?dú)⒘硕嗌偃?。昨山東濟(jì)南滿城官員家眷都?xì)⒔^了，真是可憐。”

滿清“濟(jì)南之屠”幾乎將濟(jì)南徹底鏟平，所以濟(jì)南能恢復(fù)到今天這樣一個(gè)“二線城市”，其實(shí)很難了。離濟(jì)南170公里的濟(jì)寧也遭到滿清圍攻，因?yàn)闇?zhǔn)備充分，選練了精銳鄉(xiāng)兵5萬人，所以沒被清兵攻克。在這次“戊寅虜變”中，濟(jì)寧的守兵們還打死了一個(gè)滿清的重要人物：清兵佐領(lǐng)、祖大壽的親弟弟祖大春，這家伙搶先登城頭時(shí)被自己的前同事們一炮給轟到城下，當(dāng)場摔死。

身在盛京的皇太極，聽聞多爾袞這次戰(zhàn)果輝煌，大喜，下旨評價(jià)此役：“取燕京如伐大樹，須從旁砍之，則樹自仆”。戰(zhàn)后，明軍河北山東地區(qū)的精銳盡失，財(cái)政枯竭，松錦大戰(zhàn)后僅存吳三桂部3萬殘兵，李自成、張獻(xiàn)忠趁機(jī)壯大。一方面，滿清到內(nèi)地能搶到錢和奴隸，明朝自己卻收不上來錢，但后金軍證明了明朝腹地不缺錢，這些錢幫助后金解決了困擾多年的財(cái)政問題。每次劫掠結(jié)束后，沈陽方面的后金高層搞大規(guī)模賞賜，皇太極出手極為闊綽，對個(gè)人能一次賞萬兩白銀，女真蒙古貴族人人有份，有錢能聚人，入關(guān)的架子就搭了起來。

1644年入關(guān)后，滿清看重山東地區(qū)，專設(shè)青州八旗兵。駐防山東青州，滿清在此設(shè)有青州將軍，其目的是為了控制山東地區(qū)，青州八旗曾參與鴉片戰(zhàn)爭鎮(zhèn)江之戰(zhàn)，恩格斯曾對其作過點(diǎn)評?，F(xiàn)在青州的滿族有2600多人，是山東滿族最重要的聚居地。也是辛亥革命后保留下來的為數(shù)不多的滿城，一直到1929年初青州八旗兵還成建制存在。

蒲松齡的記錄如下：

此外，蒲松齡同鄉(xiāng)、清代淄川學(xué)者王培荀（1783-1859年）所著《鄉(xiāng)園憶舊錄》也對府城濟(jì)南所經(jīng)歷的滿清大屠殺有記述。