3日，記者從中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所獲悉，該所研究員李付廣、楊召恩團(tuán)隊(duì)繪制了陸地棉進(jìn)化路線圖，揭示了染色體大片段變異調(diào)控種群遺傳多樣性、環(huán)境適應(yīng)性的遺傳機(jī)制，破解了纖維品質(zhì)性狀形成的遺傳架構(gòu)，開(kāi)辟了棉花優(yōu)異種質(zhì)創(chuàng)制的新路徑。相關(guān)成果發(fā)表在國(guó)際學(xué)術(shù)期刊《自然·遺傳學(xué)》上。

種質(zhì)是指將遺傳信息傳遞給后代的遺傳物質(zhì)或材料。當(dāng)前，區(qū)域化集中種植帶來(lái)了棉花品種遺傳多樣性銳減、同質(zhì)化明顯等挑戰(zhàn)。探尋陸地棉進(jìn)化的分子軌跡、發(fā)掘棉花種質(zhì)中尚未被育種利用的優(yōu)異基因、創(chuàng)制新種質(zhì)是破解上述難題的重要途徑。

研究團(tuán)隊(duì)利用107份陸地棉代表性種質(zhì)，構(gòu)建了超級(jí)泛基因組，即包含陸地棉野生種和栽培種基因組信息的總和；首次發(fā)現(xiàn)陸地棉種內(nèi)A03-A09存在的染色體易位事件，顯著影響了其種群分化和區(qū)域適應(yīng)性。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，在栽培陸地棉形成之前，野生陸地棉、半野生陸地棉曾經(jīng)歷三個(gè)階段的結(jié)構(gòu)變異，以這些結(jié)構(gòu)變異為標(biāo)記可將陸地棉細(xì)分為32種單倍型，但現(xiàn)代栽培種僅源于其中一個(gè)單倍型，遺傳基礎(chǔ)狹窄。

該研究揭示了陸地棉泛基因組中廣泛存在與抗病密切相關(guān)的結(jié)構(gòu)變異。其中，通過(guò)對(duì)抗病免疫受體編碼基因NLR家族的分析，鑒定出了抗黃萎病新位點(diǎn)，揭示了NLR基因家族演化規(guī)律。同時(shí)，標(biāo)記鑒定出了69個(gè)與纖維品質(zhì)相關(guān)的位點(diǎn)，其中62個(gè)為以前未檢測(cè)到的新位點(diǎn)，還發(fā)現(xiàn)了調(diào)控纖維強(qiáng)度與種子大小的多效基因等。

該研究還系統(tǒng)繪制了陸地棉中127個(gè)大尺度倒位的全基因組分布圖譜，揭示其在抗蟲(chóng)性與纖維色澤等重要性狀中的關(guān)鍵作用。比如在A06染色體上，一個(gè)3.9Mb的倒位顯著提升葉片表皮毛密度，并與抗蟲(chóng)性相關(guān)；在A07染色體，Lc1位點(diǎn)所決定的棕色纖維表型由兩種不同的倒位單倍型控制。上述功能倒位均與區(qū)域內(nèi)數(shù)百個(gè)基因緊密連鎖，因此，在選擇高抗蟲(chóng)性或理想纖維色澤時(shí)，可能會(huì)在無(wú)意中引入大量非目標(biāo)性狀的基因，即“連鎖累贅”。這一發(fā)現(xiàn)揭示了傳統(tǒng)育種中性狀改良所面臨的潛在代價(jià)，提出了“打破不利連鎖、實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)編輯”的新育種策略。

對(duì)此，中國(guó)工程院院士、華中農(nóng)業(yè)大學(xué)教授張獻(xiàn)龍表示，李付廣、楊召恩團(tuán)隊(duì)從3600多份種質(zhì)中篩選出107份代表性材料，構(gòu)建了全球規(guī)模最大、遺傳多樣性最廣泛的陸地棉圖形泛基因組圖譜，首次揭示核糖體DNA（rDNA）在群體中的演化規(guī)律，為厘清陸地棉遺傳多樣性和表型變異提供了新的科學(xué)依據(jù)。該研究還重構(gòu)了陸地棉在美洲的起源與擴(kuò)散規(guī)律，發(fā)現(xiàn)大尺度結(jié)構(gòu)變異是其環(huán)境適應(yīng)性分化的核心驅(qū)動(dòng)力；繪制了首個(gè)陸地棉全基因組倒位全景圖譜，為高效分子設(shè)計(jì)育種提供了理論基礎(chǔ)、精準(zhǔn)靶點(diǎn)和設(shè)計(jì)工具。（記者李禾）

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