1905年春，西藏巴塘土司與丁林寺僧侶煽動(dòng)民眾，以“抗糧抗稅”為名發(fā)動(dòng)叛亂，將駐藏幫辦大臣鳳全及其隨員百余人圍困于巴塘城郊的鸚哥嘴。鳳全率部頑強(qiáng)抵抗，終因寡不敵眾，于3月1日被叛軍殺害，史稱“巴塘事變”。

事件迅速發(fā)酵，叛亂浪潮由巴塘蔓延至里塘、鄉(xiāng)城等地，川邊局勢(shì)驟然失控。西藏地方政府中的激進(jìn)勢(shì)力，誤判形勢(shì)，以為清廷已無(wú)力西顧，在英國(guó)的暗中鼓勵(lì)下，態(tài)度更趨強(qiáng)硬，甚至派兵東向，占據(jù)昌都、恩達(dá)（今西藏昌都市類烏齊縣）等地，意圖擴(kuò)大叛亂范圍，切斷川藏交通，徹底脫離中央管轄。

鳳全之死及隨之而來(lái)的川邊大亂，對(duì)風(fēng)雨飄搖的清王朝不啻為一記警鐘。盡管此時(shí)的王朝已處于末世，國(guó)庫(kù)空虛，新政舉步維艱，革命黨人的起義浪潮此起彼伏，但涉及國(guó)家領(lǐng)土與主權(quán)完整這一根本利益，清政府內(nèi)部的清醒之士認(rèn)識(shí)到，絕不能坐視西藏分離。一旦西藏徹底脫離中國(guó)版圖，不僅意味著失去一片遼闊疆域，西南門戶洞開，英俄勢(shì)力可長(zhǎng)驅(qū)直入，更將引發(fā)新疆、蒙古等邊疆地區(qū)的連鎖反應(yīng)，動(dòng)搖國(guó)本。因此，迅速、果斷地平定叛亂，重新確立中央在藏的權(quán)威，震懾英俄覬覦之心，成為清廷高層為數(shù)不多的共識(shí)之一。

在此背景下，素有“干吏”之名的趙爾豐進(jìn)入了決策者的視野。趙爾豐，字季和，祖籍遼寧鐵嶺，出身官宦世家，早年以捐官入仕，歷任山西靜樂、永濟(jì)知縣，因辦事果決、不畏強(qiáng)權(quán)，深得上司賞識(shí)。1903年，趙爾豐調(diào)任四川建昌道，負(fù)責(zé)治理川南與川西藏區(qū)，期間他深入了解當(dāng)?shù)孛袂?，處理多起棘手的民族糾紛，積累了豐富的邊疆治理經(jīng)驗(yàn)。尤其是他在永寧道任內(nèi)處理教案、穩(wěn)定地方的表現(xiàn)，給清廷留下了深刻印象。

1905年夏，清廷正式任命趙爾豐為川滇邊務(wù)大臣，加侍郎銜，實(shí)際肩負(fù)起平定川邊藏區(qū)叛亂、并相機(jī)處理藏事的重任。為了讓趙爾豐能夠順利開展工作，清廷賦予他相當(dāng)大的自主權(quán)：節(jié)制川邊駐軍，統(tǒng)籌錢糧調(diào)度，擁有“剿撫全權(quán)”，可以便宜行事。其核心使命清晰而艱巨：以軍事手段迅速撲滅叛亂，恢復(fù)川邊秩序；推行行政改革，強(qiáng)化中央對(duì)川邊的管轄；進(jìn)而西進(jìn)西藏，遏制英俄勢(shì)力滲透，捍衛(wèi)國(guó)家領(lǐng)土完整。

臨危受命的趙爾豐，深知任務(wù)之艱險(xiǎn)。他所面對(duì)的，不僅是裝備簡(jiǎn)陋但熟悉高原地形的叛亂土司武裝和受煽動(dòng)的僧兵，更有復(fù)雜的高原地理環(huán)境、惡劣的氣候條件、薄弱的后勤補(bǔ)給線，以及背后若隱若現(xiàn)的英俄干涉陰影。久經(jīng)邊疆事務(wù)的趙爾豐，也洞悉叛軍外強(qiáng)中干的本質(zhì)：其組織松散，各股勢(shì)力之間矛盾重重，且所謂英俄支持多停留在口頭許諾與外交聲援層面，難以在短期內(nèi)轉(zhuǎn)化為有效的軍事干預(yù)。更重要的是，趙爾豐認(rèn)識(shí)到，西藏廣大底層民眾與部分愛國(guó)上層人士，深受宗教束縛與土司壓迫，內(nèi)心仍懷有對(duì)中央政府的認(rèn)同，并非鐵板一塊地支持分裂。

基于此，趙爾豐確立了“剿撫結(jié)合，以剿促撫；速戰(zhàn)速?zèng)Q，震懾遠(yuǎn)邇”的戰(zhàn)略方針。他提出“先平巴塘，次定里塘，再圖西藏”的作戰(zhàn)計(jì)劃，主張集中優(yōu)勢(shì)兵力，逐個(gè)擊破叛亂據(jù)點(diǎn)，避免陷入多線作戰(zhàn)的泥潭；同時(shí)強(qiáng)調(diào)軍事打擊與政治安撫并行，對(duì)頑固抵抗的首惡分子嚴(yán)懲不貸，對(duì)被迫參與叛亂的普通民眾與僧侶則寬大處理，分化瓦解叛軍陣營(yíng)。

為了保障軍事行動(dòng)的順利進(jìn)行，趙爾豐積極整頓軍備。他從四川腹地調(diào)集精銳新軍，補(bǔ)充川邊駐軍，并加強(qiáng)部隊(duì)的山地作戰(zhàn)訓(xùn)練；改善后勤補(bǔ)給，修建從四川雅安至巴塘的驛道，設(shè)立糧站與兵站，解決軍隊(duì)的糧草與彈藥運(yùn)輸問題；此外，他還積極爭(zhēng)取川邊各族民眾的支持，招募熟悉地形的藏族向?qū)?，為清軍的軍事行?dòng)提供便利。

1905年秋，趙爾豐率領(lǐng)清軍主力從四川雅安出發(fā)，沿茶馬古道西進(jìn)，直撲叛亂核心地區(qū)巴塘。此時(shí)的巴塘叛軍，憑借險(xiǎn)要地形與堅(jiān)固碉堡，負(fù)隅頑抗。趙爾豐采取“圍點(diǎn)打援”的戰(zhàn)術(shù)，先以炮火轟擊叛軍據(jù)點(diǎn)，摧毀其防御工事，再派突擊隊(duì)發(fā)起沖鋒。清軍將士冒著高原嚴(yán)寒與叛軍的槍林彈雨，奮勇作戰(zhàn)，先后攻克巴塘外圍的多個(gè)據(jù)點(diǎn)，于1905年11月兵臨巴塘城下。

面對(duì)清軍的強(qiáng)大攻勢(shì)，巴塘叛軍內(nèi)部發(fā)生動(dòng)搖，部分土司與僧侶主動(dòng)投降。趙爾豐嚴(yán)令清軍不得濫殺無(wú)辜，只追究叛亂首惡的責(zé)任。攻克巴塘后，他下令處決了殺害鳳全的兇手及叛亂頭目，將其首級(jí)懸掛示眾，以儆效尤。同時(shí)，他張貼安民告示，宣布免除當(dāng)?shù)匕傩杖曩x稅，發(fā)放糧食救濟(jì)災(zāi)民，迅速穩(wěn)定了巴塘局勢(shì)。

平定巴塘后，趙爾豐馬不停蹄，率軍揮師北上，進(jìn)攻里塘。里塘叛軍聽聞巴塘失守，早已軍心渙散，清軍幾乎未遇激烈抵抗，便收復(fù)里塘。隨后，趙爾豐分兵進(jìn)擊，相繼平定鄉(xiāng)城、稻城（今四川甘孜藏族自治州稻城縣）、鹽井（今西藏昌都市芒康縣鹽井鄉(xiāng)）等地的叛亂。至1906年春，川邊南部的叛亂已基本肅清，清軍兵鋒直指西藏東部的昌都地區(qū)。

趙爾豐在川邊地區(qū)大力推行“改土歸流”政策。廢除當(dāng)?shù)匮永m(xù)數(shù)百年的世襲土司制度，改設(shè)由中央政府直接委派的流官進(jìn)行管理。1906年，清廷正式批準(zhǔn)趙爾豐的改革方案，將川邊地區(qū)升格為川滇邊特別行政區(qū)，設(shè)立府、廳、州、縣四級(jí)行政機(jī)構(gòu)，巴塘設(shè)巴安府，里塘設(shè)理化府，鄉(xiāng)城設(shè)鄉(xiāng)城縣，直接隸屬于川滇邊務(wù)大臣管轄。

1908年，清廷為進(jìn)一步加強(qiáng)對(duì)西藏的管轄，任命趙爾豐為駐藏大臣兼川滇邊務(wù)大臣，賦予他節(jié)制入藏清軍的權(quán)力。此時(shí)的西藏地方當(dāng)局，在清軍的軍事壓力下，內(nèi)部發(fā)生分化，部分噶廈官員主張與清廷和談，而激進(jìn)勢(shì)力則繼續(xù)負(fù)隅頑抗。

趙爾豐抓住時(shí)機(jī)，指揮清軍繼續(xù)西進(jìn)，一路攻克江卡（今西藏昌都市芒康縣）、貢覺（今西藏昌都市貢覺縣）、桑昂曲宗（今西藏林芝市察隅縣）等地，于1909年底兵臨昌都。昌都是西藏東部的門戶，戰(zhàn)略地位至關(guān)重要，叛軍在此布下重兵防守。趙爾豐親臨前線指揮作戰(zhàn)，清軍將士浴血奮戰(zhàn)，最終攻克昌都，打開了通往拉薩的大門。

清廷從四川調(diào)派新軍鐘穎部，取道昌都向拉薩進(jìn)軍。在清軍強(qiáng)大的軍事壓力和政治攻勢(shì)下，西藏噶廈政府的抵抗意志徹底瓦解。

1910年2月，鐘穎率領(lǐng)的川軍進(jìn)入拉薩，受到部分藏族民眾的歡迎。此前態(tài)度強(qiáng)硬的十三世達(dá)賴?yán)锿恋羌未?，深感大?shì)已去，又恐遭清廷嚴(yán)懲，遂攜帶親信倉(cāng)皇出逃，經(jīng)亞東進(jìn)入英屬印度，尋求英國(guó)的庇護(hù)。