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Mol Cell背靠背?|?多梳結(jié)構(gòu)域動(dòng)態(tài)調(diào)控的雙重機(jī)制

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撰文 | 格格

多梳 抑制系統(tǒng)通過(guò)PRC2的“讀-寫(xiě)”機(jī)制在染色質(zhì)上沉積和擴(kuò)散H3K27me3修飾,從而形成大范圍的 多梳 結(jié)構(gòu)域以維持基因沉默。然而,這一正反饋循環(huán)面臨著兩個(gè)根本性的未解之謎:一方面,盡管CBX-PRC1復(fù)合物能通過(guò)相分離形成凝聚體,但其核心低豐度蛋白CBX2如何驅(qū)動(dòng)這一過(guò)程以及該凝聚體如何反饋調(diào)控PRC2的分布尚不清楚;另一方面,H3K27me3的別構(gòu)激活機(jī)制若無(wú)約束將導(dǎo)致抑制標(biāo)記無(wú)限蔓延,但此前發(fā)現(xiàn)的JARID2/PALI1等輔助亞基通過(guò)模擬H3K27me3來(lái)啟動(dòng)PRC2的機(jī)制,反而加劇了“究竟如何防止擴(kuò)散失控”這一悖論,且該機(jī)制從未在體內(nèi)得到驗(yàn)證。因此,領(lǐng)域內(nèi)亟需從“空間組裝”與“邊界限制”兩個(gè)維度,深入探究 多梳 系統(tǒng)如何精確啟動(dòng)沉默區(qū)域的建立并同時(shí)防止其過(guò)度擴(kuò)散。

近 日 , 來(lái)自美國(guó) 北卡羅來(lái)納大學(xué)夏洛特分校生物科學(xué)系 的Xiaojun Ren研究團(tuán)隊(duì)和 澳大利亞莫納什大學(xué)生物醫(yī)學(xué)發(fā)現(xiàn)研究所 的Chen Davidovich研究團(tuán)隊(duì)分別在Molecular Cell雜志發(fā)表題為Self-clustering of three CBX2 molecules drives PRC2 to promote facultative heterochromatinization of Polycomb target genesAccessory subunits of PRC2 mimic H3K27me3 to restrict the spread of Polycomb domains的研究論文,兩項(xiàng)研究共同探索了多梳系統(tǒng)精確調(diào)控H3K27me3修飾擴(kuò)散的分子機(jī)制。北卡羅來(lái)納大學(xué)團(tuán)隊(duì)主要發(fā)現(xiàn)了低豐度蛋白CBX2通過(guò)自我聚集驅(qū)動(dòng)相分離凝聚體形成,從而啟動(dòng)多梳結(jié)構(gòu)域的組裝并調(diào)控PRC2的空間分布;莫納什大學(xué)團(tuán)隊(duì)則 發(fā)現(xiàn)JARID2和PALI1通過(guò)H3K27me3模擬機(jī)制作為“分子剎車(chē)”,競(jìng)爭(zhēng)性抑制PRC2的正反饋循環(huán),從而在體內(nèi)限制多梳結(jié)構(gòu)域的過(guò)度擴(kuò)散。



北卡羅來(lái)納大學(xué) 研究團(tuán)隊(duì)的這項(xiàng)研究 通過(guò)單分子成像與追蹤技術(shù),系統(tǒng)解析了CBX2蛋白在染色質(zhì)緊縮體(CBX-PRC1凝聚體)形成及其調(diào)控PRC2功能中的核心作用。研究首先定量發(fā)現(xiàn),每個(gè)染色質(zhì)緊縮體中平均僅包含約3個(gè)CBX2分子,但其在神經(jīng)前體細(xì)胞中的濃度是胚胎干細(xì)胞的3倍,且CBX2可在生理濃度下通過(guò)自聚類(lèi)驅(qū)動(dòng)凝聚體形成,染色質(zhì)的存在可進(jìn)一步增強(qiáng)這一過(guò)程。進(jìn)一步研究表明,CBX2能夠驅(qū)動(dòng)PRC2蛋白的聚集,其缺失會(huì)導(dǎo)致PRC2在核內(nèi)分布更均勻、凝聚體數(shù)量和尺寸減小,同時(shí)H3K27me3在染色質(zhì)上的分布也趨于彌散,尤其是凝聚體起始位點(diǎn)的H3K27me3沉積顯著減少。通過(guò)構(gòu)建自聚類(lèi)缺陷的CBX2 PSM突變體,研究證實(shí)CBX2的功能?chē)?yán)格依賴(lài)于其自聚類(lèi)能力,該突變破壞了H3K27me3的正常分布并影響細(xì)胞分化。此外,CBX2在胚胎干細(xì)胞與神經(jīng)前體細(xì)胞中的功能差異提示染色質(zhì)緊縮體的形成具有細(xì)胞類(lèi)型特異性。基于此,研究提出“核化和橋連誘導(dǎo)的相分離(NBiPS)”模型:CBX2首先在染色質(zhì)核化位點(diǎn)自聚類(lèi),繼而通過(guò)CBX7及CBX7-PRC1的橋連作用促進(jìn)染色質(zhì)-染色質(zhì)相分離,最終招募PRC2并穩(wěn)定H3K27me3的沉積。


圖一 CBX2 的自我聚集驅(qū)動(dòng) PRC2 相分離,調(diào)控基因沉默與細(xì)胞分化

澳大利亞莫納什大學(xué)研究團(tuán)隊(duì)的這項(xiàng)研究通過(guò)構(gòu)建JARID2 K116R、PALI1 K1241R及雙突變小鼠模型,揭示了PRC2輔助亞基通過(guò)H3K27me3模擬機(jī)制限制 多梳 結(jié)構(gòu)域過(guò)度擴(kuò)散的關(guān)鍵功能。研究首先證實(shí)JARID2和PALI1通過(guò)其效應(yīng)賴(lài)氨酸(K116/K1241)模擬H3K27me3,與PRC2核心亞基EED結(jié)合并別構(gòu)激活PRC2的甲基轉(zhuǎn)移酶活性。令人意外的是,將這些位點(diǎn)突變?yōu)榫彼幔≧)后,小鼠并未出現(xiàn)PRC2功能喪失的表型,反而表現(xiàn)出 多梳 功能增強(qiáng):Hox基因激活延遲、腰椎向胸椎轉(zhuǎn)化的骨骼同源轉(zhuǎn)換異常。機(jī)制研究發(fā)現(xiàn),在JARID2 K116R或PALI1 K1241R突變的胚胎干細(xì)胞中,H3K27me3水平顯著升高,不僅富集于PRC2靶基因,還異常擴(kuò)散至非目標(biāo)基因和基因間區(qū)域,導(dǎo)致 多梳 結(jié)構(gòu)域邊界失控;而雙突變則進(jìn)一步加劇H3K27me3的擴(kuò)散范圍和骨骼表型嚴(yán)重程度。通過(guò)ChIP-seq和超分辨率顯微鏡分析,研究證實(shí)突變導(dǎo)致PRC2在非靶標(biāo)區(qū)域的異常駐留和H3K27me3的過(guò)度沉積。基于此,研究提出一個(gè)顛覆傳統(tǒng)認(rèn)知的模型:多梳結(jié)構(gòu)域建立初期,JARID2和PALI1的H3K27me3模擬功能確實(shí)協(xié)助PRC2啟動(dòng)修飾沉積;但當(dāng)結(jié)構(gòu)域形成后,這一模擬機(jī)制轉(zhuǎn)而與內(nèi)源性H3K27me3競(jìng)爭(zhēng)結(jié)合EED的別構(gòu)中心,從而作為“分子剎車(chē)”抑制PRC2的正反饋循環(huán),防止抑制標(biāo)記無(wú)限蔓延。該研究首次在體內(nèi)證實(shí)了H3K27me3模擬機(jī)制的生理功能是限制而非促進(jìn)PRC2活性,為理解多梳系統(tǒng)如何維持抑制狀態(tài)與防止異常沉默之間的平衡提供了全新視角。


圖二 PRC2輔助亞基通過(guò)模擬H3K27me3限制多梳結(jié)構(gòu)域擴(kuò)散

兩項(xiàng)研究分別揭示了多梳系統(tǒng)通過(guò)CBX2相分離啟動(dòng)沉默結(jié)構(gòu)域組裝以及通過(guò)JARID2/PALI1的H3K27me3模擬機(jī)制作為“分子剎車(chē)”限制其過(guò)度擴(kuò)散的雙重調(diào)控機(jī)制,共同闡明了表觀遺傳系統(tǒng)如何精確平衡抑制狀態(tài)的建立與邊界維持,為理解發(fā)育調(diào)控及多梳相關(guān)疾病的分子基礎(chǔ)提供了全新視角。

https://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(26)00104-8

https://www.cell.com/molecular-cell/fulltext/S1097-2765(26)00125-5

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