在我國目前的副部級國家局中，有一個國家局叫作“國家中醫(yī)藥管理局”（具體由國家衛(wèi)生健康委員會管理），依照法律、法規(guī)和國務(wù)院、國家衛(wèi)生健康委員會授權(quán)，統(tǒng)一管理全國中醫(yī)藥工作。而在國家中醫(yī)藥管理局誕生前，全國范圍內(nèi)沒有獨立的中醫(yī)藥管理機(jī)構(gòu)，中醫(yī)工作也是一直由原衛(wèi)生部管理。但長期以來，衛(wèi)生行政部門卻是用管理西醫(yī)西藥的模式來管理中醫(yī)中藥，且對中醫(yī)工作重視不夠，自覺或不自覺地把中醫(yī)擺在從屬地位，致使中醫(yī)問題沒有得到根本解決，中醫(yī)界反映十分強烈。對此，黨中央、國務(wù)院先后5次討論中醫(yī)問題，原衛(wèi)生部也6次向國務(wù)院打報告反映改革中醫(yī)藥管理體制問題。

從歷史發(fā)展脈絡(luò)來看，最早是在1986年1月4日，國務(wù)院常務(wù)會議決定成立國家中醫(yī)管理局；六個月后的1986年7月20日，國辦印發(fā)了《國務(wù)院關(guān)于成立國家中醫(yī)管理局的通知》（國發(fā)〔1986〕79號），通知中提出：為了進(jìn)一步加強中醫(yī)工作，提高中醫(yī)在我國醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)中的地位，充分發(fā)揮中醫(yī)中藥防病治病的作用，國務(wù)院決定成立國家中醫(yī)管理局。同年10月，國務(wù)院任命時任衛(wèi)生部副部長胡熙明兼任國家中醫(yī)管理局局長，后于1986年12月正式組建成立國家中醫(yī)管理局并由原衛(wèi)生部代管（緊接著，衛(wèi)生部中醫(yī)司被撤銷）。

此外，上述《通知》還明確了國家中醫(yī)管理局的機(jī)構(gòu)性質(zhì)和運行體系，即國家中醫(yī)管理局是國務(wù)院直屬機(jī)構(gòu)，由衛(wèi)生部代管，計劃、財政單列戶頭；其主要任務(wù)是管理中醫(yī)事業(yè)和中醫(yī)人才培養(yǎng)等工作、繼承發(fā)揚中醫(yī)藥學(xué)，為建設(shè)具有我國特色的社會主義衛(wèi)生事業(yè)、提高我國人民的健康水平服務(wù)。當(dāng)時，國家中醫(yī)管理局編制為八十人，下設(shè)必要的副司局級機(jī)構(gòu)，行政后勤工作由衛(wèi)生部統(tǒng)一管理。

1988年5月3日，國務(wù)院決定將國家中醫(yī)管理局更名改建為“國家中醫(yī)藥管理局”，在此過程中將中藥管理職能由國家醫(yī)藥管理局劃歸國家中醫(yī)藥管理局，中國藥材公司也成為國家中醫(yī)藥管理局直屬單位。1989年1月，《中國中醫(yī)藥報》創(chuàng)刊，該報是國家中醫(yī)藥管理局的機(jī)關(guān)報，也是全國中醫(yī)藥戰(zhàn)線的專業(yè)性報紙。2013年3月，國家人口和計劃生育委員會的計劃生育管理和服務(wù)職責(zé)與衛(wèi)生部的職責(zé)進(jìn)行整合，組建國家衛(wèi)生和計劃生育委員會，不再保留衛(wèi)生部，由此國家中醫(yī)藥管理局轉(zhuǎn)由國家衛(wèi)生和計劃生育委員會管理。

在之后的時間里，國家中醫(yī)藥管理局不斷發(fā)展壯大，但其職能任務(wù)也相繼經(jīng)歷了多次的調(diào)整改革，比如根據(jù)《國務(wù)院關(guān)于部委管理的國家局設(shè)置的通知》（國發(fā)〔1998〕6號），將國家中醫(yī)藥管理局負(fù)責(zé)的中藥生產(chǎn)行業(yè)管理職能交給國家經(jīng)濟(jì)貿(mào)易委員會、將國家中醫(yī)藥管理局負(fù)責(zé)的中藥監(jiān)督管理職能交給國家藥品監(jiān)督管理局；同時還要求國家中醫(yī)藥管理局轉(zhuǎn)變職能，即將中醫(yī)醫(yī)院評審、教育質(zhì)量檢查、一般科技成果的鑒定與推廣等事務(wù)性工作授權(quán)直屬單位或委托社會中介組織承辦。

現(xiàn)階段，國家中醫(yī)藥管理局主要職責(zé)為擬訂中醫(yī)藥和民族醫(yī)藥事業(yè)發(fā)展的戰(zhàn)略、規(guī)劃、政策和相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)，承擔(dān)中醫(yī)醫(yī)療、預(yù)防、保健、康復(fù)及臨床用藥等的監(jiān)督管理責(zé)任，負(fù)責(zé)監(jiān)督和協(xié)調(diào)醫(yī)療、研究機(jī)構(gòu)的中西醫(yī)結(jié)合工作（并擬訂有關(guān)管理規(guī)范和技術(shù)標(biāo)準(zhǔn)），負(fù)責(zé)指導(dǎo)民族醫(yī)藥的理論、醫(yī)術(shù)、藥物的發(fā)掘、整理、總結(jié)和提高工作，組織開展中藥資源普查及促進(jìn)中藥資源的保護(hù)、開發(fā)和合理利用，組織擬訂中醫(yī)藥人才發(fā)展規(guī)劃，擬訂和組織實施中醫(yī)藥科學(xué)研究、技術(shù)開發(fā)規(guī)劃，承擔(dān)保護(hù)瀕臨消亡的中醫(yī)診療技術(shù)和中藥生產(chǎn)加工技術(shù)的責(zé)任，組織開展中醫(yī)藥國際推廣、應(yīng)用和傳播工作等等方面。

在領(lǐng)導(dǎo)班子構(gòu)成方面，國家中醫(yī)藥管理局設(shè)有“一正四副”，其中國家中醫(yī)藥管理局局長兼黨組書記一般都是同時入選國家衛(wèi)生健康委員會黨組成員，但現(xiàn)任國家中醫(yī)藥管理局局長、黨組書記由國家衛(wèi)生健康委員會副主任、委黨組成員劉金峰兼任，至于其他四位副局長則是屬于“中管正廳級”干部。

在機(jī)構(gòu)設(shè)置方面，國家中醫(yī)藥管理局內(nèi)設(shè)有綜合司、人事教育司、規(guī)劃財務(wù)司、政策法規(guī)與監(jiān)督司、醫(yī)政司、中西醫(yī)結(jié)合與少數(shù)民族醫(yī)藥司、科技司（中藥創(chuàng)新與發(fā)展司）、國際合作司（港澳臺辦公室）和機(jī)關(guān)黨委，并下轄機(jī)關(guān)服務(wù)中心、監(jiān)測統(tǒng)計中心、中國中醫(yī)科學(xué)院、國家中醫(yī)藥博物館、中華中醫(yī)藥學(xué)會、中醫(yī)師資格認(rèn)證中心（職業(yè)技能鑒定指導(dǎo)中心）、中國中醫(yī)藥科技發(fā)展中心(人才交流中心)、《中國中醫(yī)藥報》社有限公司、中國中醫(yī)藥出版社有限公司等直屬單位。