1853年，楊秀清率領的太平軍抵達了南京城下。3月19日凌晨，儀鳳門城墻被炸開兩丈缺口，林鳳祥率敢死隊沖入城內(nèi)。清軍總兵程三光率部堵截，但被擊斃。與此同時，李開芳趁清軍主力北調(diào)，強攻防守空虛的聚寶門，控制南城。內(nèi)外夾擊下，外城守軍潰散。

兩江總督陸建瀛在外城拼命抵擋未果，失守后試圖退入滿城。他跟江寧將軍祥厚商量，要求帶綠營兵馬退入滿城協(xié)助防守。祥厚拒絕了，表示朝廷規(guī)定漢人禁止進入滿城。并且，他們自己需要“護衛(wèi)滿城”，非旗人不得入內(nèi)。陸建瀛無法，于是被殺。然后，祥厚振臂一呼，裹創(chuàng)復戰(zhàn)，婦孺喋血，視死如歸。直到非旗民的太平軍進入滿城為止……

江寧滿城八旗兵以及他們的家眷并沒全部被屠殺，這種喪心病狂的事也就他們自己能做出來。除了戰(zhàn)死的，一部分從南京東門調(diào)城墻逃了。然后一些婦女害怕被太平軍那啥，主動跳了護城河。楊秀清見狀，派了一批小船去撈她們，然后送出城去。但是旗人婦女們并不相信，因為1644年他們的先祖就從來沒有這么好心過，于是她們邁著大腳片子，又固執(zhí)地跳了第二次護城河。楊秀清無奈了，只好勒令小船去撈了第二次，并且撈完后撤離護城河，這一批婦女就沒能第三次跳河了，從此留在太平軍中。

占領南京后，太平軍搜查滿城，又發(fā)現(xiàn)了一些父母雙亡的八旗孤兒，反正他們也沒地方去，所以也編入到了太平軍中。因此，據(jù)信太平軍中是有旗人士兵及家屬的。

1855年，林鳳祥、李開芳的北伐軍最終在河北連鎮(zhèn)覆滅。僧格林沁居然在俘虜中發(fā)現(xiàn)“內(nèi)有江寧駐防旗人二名”，當時就頭大了，這該如何處理？殺是不太好，不殺似乎說不過去。最后，將這二位旗丁帶去京城“呈送奉命大將軍，發(fā)交該旗，妥為辦理”。后來不知所蹤。

南京城陷，將軍祥厚被殺，但是滿清還是建立了江南大營、江北大營，圍困并欲圖重奪江寧。只是他們沒想到時間有點長，十一年后，滿清才重新進入南京。這個軍鎮(zhèn)還是必須要有的，于是，滿清以四川提督蘇布通阿暫署江寧將軍。蘇布通阿在南京周邊搜集殘存的江寧駐防旗兵逃出來的，最后得到八百多人。蘇布通阿一年后在安徽太平府被石達開的西征軍給擊斃了。滿清沒辦法，又派了一位八旗將軍來擔任江寧將軍。這個新任領導江寧將軍叫富明阿，字治安，乃是漢軍正白旗人，這人可不一般，因為他的六世祖很出名，叫袁崇煥。

富明阿在揚州組建了自己的江寧駐防八旗，而這八百多江寧旗軍也就成了原始股。然后與太平軍搏殺了整整十一年。1864年，天京陷落，太平天國覆滅。八百江寧旗丁返回揚州，一點名僅剩三百來人。富明阿就以這三百能征善戰(zhàn)之輩為基礎，重建正兒八經(jīng)的江寧駐防八旗。

這三百來人的旗丁繼續(xù)在南京滿城內(nèi)繁衍生息，又過了五十年，辛亥革命。

武昌的槍聲傳到南京。江寧將軍鐵良和兩江總督張人駿開始對新軍第九鎮(zhèn)（由徐紹楨統(tǒng)領）高度戒備，將其調(diào)至秣陵關并扣發(fā)彈藥，僅每人發(fā)3-5顆子彈。因第九鎮(zhèn)官兵受革命思想影響，是毫無疑問的“革命黨”。1911年11月8日，官兵們鑒于形勢，倉促起義進攻雨花臺。但因彈藥不足、內(nèi)應失敗，遭張勛江防營火力壓制，傷亡數(shù)百人后撤退至鎮(zhèn)江。

徐紹楨，明初猛將中山王徐達第14世孫。

起義失敗后，徐紹楨赴上海與同盟會中部總會商議。上海方面認為“南京之得失，關乎革命全局”，決定組建江浙聯(lián)軍，推舉徐紹楨為總司令，聯(lián)合蘇、浙、滬、鎮(zhèn)等軍隊共約2萬人，計劃再次攻寧。聯(lián)軍總司令部設于鎮(zhèn)江，并聯(lián)絡海軍艦艇協(xié)同作戰(zhàn)。

聯(lián)軍部署分為三路：鎮(zhèn)軍主攻天堡城，浙軍攻朝陽門、孝陵衛(wèi)，蘇軍攻雨花臺，滬軍與粵軍負責側翼支援及控制長江水道。11月24日，聯(lián)軍發(fā)起總攻，鎮(zhèn)軍黎天才部率先突襲烏龍山炮臺，并借助內(nèi)應官成鯤的策反，未傷一兵一卒奪取幕府山炮臺，隨即調(diào)轉炮口轟擊城內(nèi)清軍指揮部。

南京外圍要塞中，天堡城之戰(zhàn)最為慘烈。這座位于紫金山半山腰的堡壘由清軍重兵把守，配備重炮和機槍，聯(lián)軍敢死隊192人在11月30日發(fā)起多輪沖鋒，犧牲164人后于次日凌晨攻占該地。控制天堡城后，革命軍以繳獲的火炮轟擊朝陽門、太平門等清軍陣地，同時蘇軍攻占雨花臺，形成三面夾擊之勢。張人駿、鐵良見大勢已去，連夜逃往下關，張勛率殘部從漢西門逃往徐州，城內(nèi)殘存清軍仍以冷兵器頑抗，但已無力回天。

12月2日，聯(lián)軍分兵從太平門、儀鳳門、聚寶門進入南京城，民眾夾道歡迎，全城懸掛象征共和的五色旗。南京時隔58年再度宣告光復。

雖然現(xiàn)在南京已經(jīng)不是中國的一線城市，位置早就已經(jīng)讓位給北上廣深。但是在100多年前，南京是江南地區(qū)屈指可數(shù)的一號城市，并且也是象征性城市。因為自從洪武建都南京以來，它一直是大明陪都，也是南明小朝廷的立足點，同時也是整個江南地區(qū)的政權象征。誰占了南京，就有了占據(jù)天下泰半的號召力，并有與中原分庭抗禮的實力。

南京的最終收復，不僅摧毀了清廷在江南的統(tǒng)治核心，更使革命重心從武漢轉向南京，為孫中山建立臨時政府奠定基礎。有學者指出，若無南京光復，清帝退位進程或將大幅延緩。