上期說到小智結(jié)束合眾地區(qū)的冒險，他與三色堇女士一同來到了卡洛斯地區(qū)，在此他結(jié)識了希特隆和柚麗嘉兄妹。經(jīng)過一番友好問候，小智與希特隆準備進行寶可夢對決，但是火箭隊的突然襲擊中斷了兩人的比試。依靠果然翁的鏡面反射，皮卡丘還被自己的電擊重創(chuàng)，不過它沒有投降，而是再度對著火箭隊用出電球猛攻。

然而回應皮卡丘的仍舊是鏡面反射炸裂電球回擊而來，這是小智與呱呱泡蛙的首次邂逅，在呱呱泡蛙的幫助下眾人瓦解了火箭隊的襲擊。之后小智找到了為新手提供寶可夢的布拉塔諾博士，對方會提供焰耳狐、針栗鼠和呱呱泡蛙作為選擇。通過博士的治療，受傷的呱呱泡蛙恢復了健康，同時小智一直陪伴在呱呱泡蛙身旁悉心照料。

接著博士告訴大家關(guān)于寶可夢的新階段進化，這種進化名為mega進化，需要特殊的石頭和與訓練家間的深刻羈絆，這是進化之上的進化，也有一定的持續(xù)時間。突然火箭隊再度襲擊而來，妄圖搶奪寶可夢，過程中小智和呱呱泡蛙再度聯(lián)手趕走了火箭隊。

第二天小智告別了布拉塔諾博士，準備開啟冒險，這時充滿正義感的呱呱泡蛙卻出現(xiàn)在小智面前，原來它認可了小智的實力，并想與其一同上路。就這樣小智收獲了卡洛斯地區(qū)的第一只寶可夢，這只呱呱泡蛙將會是他今后最強的搭檔。

隨后希特隆和柚麗嘉也決定跟隨小智旅行，其實希特隆乃是密阿雷道館的館主，他在與小智的接觸過程中獲得了勇氣，因此他制造了一個機器人代為行使館主職責，從而他能帶著妹妹跟隨小智一同領(lǐng)略卡洛斯的風光。

小智這邊三人在路上遇到了一只小箭雀，通過呱呱泡蛙戰(zhàn)勝對方，小智成功收服了它。接著大家就來到第一個道館白檀道館，戰(zhàn)斗過程中皮卡丘竟然敗給了溜溜糖球，小箭雀輸給了碧粉蝶，因此小智的首次挑戰(zhàn)慣例性落敗收場。

于是小智離開了道館，準備為寶可夢進行特訓，這時他在路邊遇到了一位少女訓練家，對方名為莎莉娜，擁有焰耳狐作為初始寶可夢。原來莎莉娜小時候曾在夏令營中被小智救助過，從那時起她就對小智戀戀不忘，而今再次的命運相遇她決定要和小智一同冒險。

莎莉娜夢想成為一名卡洛斯表演女王，并計劃參加寶可夢表演大賽的三冠衛(wèi)星賽，多日后小智完成特訓再次挑戰(zhàn)白檀道館。這次皮卡丘爆發(fā)了驚人的戰(zhàn)力，先是單打獨斗擊敗了溜溜糖球，再是通過小箭雀的消耗戰(zhàn)勝了碧粉蝶，隨即小智成功獲得第一枚徽章昆蟲徽章。

在告別了白檀道館后大家前往下一個目的地，途中眾人遇到了一只烏賊王，對方催眠操縱了君莎小姐的意識并從事著抓捕寶可夢的勾當。雖然小智等人成功解救了君莎小姐，不過烏賊王卻逃離無蹤，這一切似乎蘊含著一個可怕的陰謀，同時小次郎也在這次風波中得到了一只栗烏賊。

接著大家總算來到了第二個道館遙香道館進行挑戰(zhàn)，第一場戰(zhàn)斗呱呱泡蛙擊敗了大巖蛇，第二輪交鋒皮卡丘戰(zhàn)勝了寶寶暴龍，于是小智順利獲得第二枚徽章巖壁徽章。之后眾人繼續(xù)上路并結(jié)識了卡洛斯地區(qū)的冠軍領(lǐng)袖卡露乃，對方還向小智展示了沙奈朵的mege進化，這個進化的條件需要寶可夢攜帶超級石訓練家攜帶鍵石，當兩者的心意相通石頭共鳴時寶可夢就能mega進化，不過這個mega進化在一段時間后就會恢復原狀。