上期說到小智稱霸了對戰(zhàn)開拓區(qū)，由于在對決中輸給了小茂，他見識到了世界的廣大，因此小智決定乘船前往北方的神奧地區(qū)進(jìn)行冒險。陪同著小智的除了皮卡丘和長尾怪手，還有同樣來到神奧地區(qū)的小剛。

另一邊在真砂鎮(zhèn)里女孩小光正在山梨博士的研究所中，山梨博士是大木博士的前輩，并會為新手提供初始寶可夢，分別是小火猴、圓企鵝以及嫩苗龜。

今天正好是小光成為訓(xùn)練家的第一天，她和小遙一樣夢想著成為頂尖的寶可夢協(xié)調(diào)訓(xùn)練大師。在選擇圓企鵝作為搭檔后小光還偶遇了小智和小剛，在小光的幫助下火箭隊的抓捕計劃被成功瓦解，而小智則在路上收服了第一只神奧地區(qū)寶可夢姆克兒。

隨后他還見到一位寶可夢訓(xùn)練家真司，真司對寶可夢秉持著功利之心，只想要收服強大的寶可夢，而對于弱小的寶可夢他會毫不猶豫的放生。見狀小智表示即便是弱小的寶可夢，經(jīng)過訓(xùn)練家的悉心訓(xùn)練也能有變強的一天。不過對于小智的言辭真司卻不以為然。

由于彼此的理念不同，小智和真司進(jìn)行了一場BO3對決。第一回合真司的姆克兒擊敗了小智的姆克兒，第二回合小智的長尾怪手戰(zhàn)勝了真司的小火猴。可是在最終的對決中皮卡丘卻和電擊怪打成平手，因此兩人結(jié)下了梁子，真司將會是小智在神奧地區(qū)的一大勁敵。

之后小智帶著小光和小剛一同開啟神奧地區(qū)的冒險之旅。如今小光想要集齊5枚緞帶參加華麗大賽的豪華慶典，而小智的目標(biāo)則是參加神奧地區(qū)的聯(lián)盟大賽，參賽資格同樣需要獲得8枚道館挑戰(zhàn)的徽章。于是小智在完成聯(lián)盟大賽的報名后動身前往第一個道館，途中他結(jié)識了一只嫩苗龜，一番相處嫩苗龜對小智十分喜愛，主動加入團(tuán)隊。

第二天大家再次遇到了真司，對方嘲諷嫩苗龜?shù)膶嵙Σ贿^爾爾，并在和小智的對決中用小火猴擊敗了嫩苗龜。這樣的結(jié)果讓真司愈發(fā)輕視嫩苗龜和小智，不過小智卻安慰了傷心的嫩苗龜，他會陪同嫩苗龜一起成長直到彼此都變得更加強大。

接著又是一番旅途，小光還首次參加了寶可夢華麗大賽，同時小智也帶著長尾怪手參加比賽。過程中小智發(fā)現(xiàn)長尾怪手對華麗大賽特別喜愛，不過這次的比賽結(jié)果并不如意，小智和小光被選手小望先后淘汰，對方還在決賽中擊敗了武藏和小次郎的寶可夢捕蟲怪，因此小光將小望視為目標(biāo)，立志要超越對方。

第二天火箭隊襲擊而來，為了保護(hù)被抓捕的寶可夢姆克兒進(jìn)化成姆克鳥化解危機。隨后大家總算抵達(dá)第一個道館鋼鐵道館，在小智之前真司先行挑戰(zhàn)了館主成功取得勝利，見狀小智等待館主修整完后提出挑戰(zhàn)。比賽規(guī)則為3V3，但是館主僅僅派出了頭蓋龍和大巖蛇就擊敗了小智的長尾怪手嫩苗龜以及皮卡丘，沒想到神奧地區(qū)的道館實力竟然會如此強大。

為了戰(zhàn)勝館主，小智與寶可夢開始艱苦的修行，多日后小智的實力提升再次登門挑戰(zhàn)。第一場對決皮卡丘艱難戰(zhàn)勝了大巖蛇，第二場較量長尾怪手擊敗了小拳石，于是館主派出了王牌頭蓋龍，后者已經(jīng)進(jìn)化成為戰(zhàn)槌龍。由于皮卡丘和長尾怪手都是帶傷之身，數(shù)個回合后它們就被戰(zhàn)槌龍擊敗。

隨之比賽進(jìn)入最終對決，嫩苗龜VS戰(zhàn)槌龍。方一開場嫩苗龜利用靈活的優(yōu)勢與對手纏斗，然而戰(zhàn)槌龍卻用雙刃頭槌重重?fù)麸w嫩苗龜，但是嫩苗龜憑借堅強的意志再次起身，而小智也在一瞬間想到了破敵良策，就此嫩苗龜戰(zhàn)勝了戰(zhàn)槌龍。小智成功取得第一枚徽章石炭徽章，經(jīng)過這次歷練，他與寶可夢間的羈絆加深彼此，更加信任。