1959年，總后勤部換將，邱會作被任命為總后勤部長，在此之前他已經(jīng)離開總后，在高等軍事學(xué)院學(xué)習(xí)。

為何把他調(diào)回總后，或許有幾點原因。第一土地革命和抗戰(zhàn)之初，在后勤系統(tǒng)工作過。第二，解放后調(diào)任總后擔(dān)任過副部長兼副政委，對總后各方面工作比較了解；第三年輕有干勁；第四出身紅1軍團。

以上四條或許是他接替總后部長不可或缺的因素，因為干后勤工作的將領(lǐng)不少，有資歷，有能力的也大有人在，但綜合起來相比就不一樣了。比如張令彬老后勤，可年齡五十出頭，而邱會作在四十出頭，身體和精力更好。

1959年，在新一屆軍委下成立的軍委辦公會議，成員分別是羅瑞卿、譚政、肖華、楊成武、邱會作、肖向榮等。他們分別是總參、總政、總后以及軍委辦公廳負責(zé)人，還有一點就是出身紅1方面軍紅1軍團，被稱為“雙一”，這是巧合，還是用什么，這里就不多說了。

邱會作當(dāng)時總后部長，也是軍委辦公會議成員，參與軍委日常工作處理。在他沒有到任前，以及到任后的一段時間，總后日常工作以及黨委工作由政委李聚奎負責(zé)。

李聚奎是老資格，曾經(jīng)擔(dān)任紅1軍團1師師長，邱會作過去也在1軍團任職，土地革命最高職務(wù)是團職。倆人那時候的交集不多，解放戰(zhàn)爭時雖然都在東北，李聚奎在機關(guān)和后勤方面，邱會作到前線當(dāng)政工。

從資歷和過去之前，以及軍銜來說，李聚奎都是上級。按照不少單位慣例，職務(wù)和資歷高，而且政工干部擔(dān)任黨委書記比例更大一些，因為政工除業(yè)務(wù)之外，其他都管。但也不是完全都有政委主持黨委工作，也有軍事干部負責(zé)。

在誰當(dāng)黨委書記，他們內(nèi)部是選舉過的，當(dāng)然也是不合規(guī)的。按照規(guī)定，他們這樣一級的黨委是上級任命的，而不是選舉出來的。那么，誰當(dāng)合適呢？有人站隊政委，也有人站隊部長，最終弄得不了了之。在邱的回憶中，上級是支持他擔(dān)任黨委書記，說不能論資排輩，至于是不是這樣不得而知，但最終結(jié)果是邱擔(dān)任了。

邱來主持黨委工作，或許考慮一點就是他是軍委辦公會議成員，在參加軍委日常工作以及上級召開會議時，能第一時間了解上級的決定和貫徹執(zhí)行，如果政委是書記，他作為辦公會議成員之一，在處理一些問題時可能不是很順手。

在邱看來，自己當(dāng)上黨委負責(zé)人后，政委是不高興的，經(jīng)常故意找茬兒，多次給總政等首長反映他的情況。一開始肖華找邱談話，讓他尊重老干部，團結(jié)一起。邱很不高興，反嗆對方，認為是對方故意找茬，自己從來是尊重的。具體是誰的問題，從邱的回憶當(dāng)中也都誰一家之言，因為沒有說起哪些事，即便舉一些例子，也可能是有利自己的一方讓人做判斷。

在政委的回憶中，沒有提到倆人的關(guān)系如何緊張，如何不睦，甚至都沒有提到這位部長。

其實，軍政關(guān)系有分歧，有意見是常有的事情，也存在于其他干部身上，每個人的出發(fā)點和性格不同，考慮的問題也不一樣。像蘭州軍區(qū)冼恒漢與韓先楚矛盾也很激烈，但像南京軍區(qū)許世友與杜平很融洽，杜平作為政委把對方視為兄長，上級，在工作上配合對方多一些，名義上是同級，實際上有些上下級之分，對抗的情緒就少，矛盾自然也不多。

在1966年，上級考慮他們的矛盾問題，將政委調(diào)去干軍事教育工作，讓副部長改任政委。這位副部長是四野出身政工干部，1955年擔(dān)任總后參謀長、后勤學(xué)院院長、總后副部長。

為何把政委調(diào)走，留下部長呢？

第一，在當(dāng)時上級要總后把后勤工作提升到一定位置上，過去大家對干后勤工作是排斥的，都愿意到前線打仗，不愿留在后方。也至于戰(zhàn)爭年代負責(zé)后勤工作的都是老弱病殘等干部。如今經(jīng)歷過現(xiàn)代化作戰(zhàn)后，后勤的重要程度不言而喻，要在業(yè)務(wù)方面提升效率，就要用到精力旺盛的干部，他還年輕，而政委已經(jīng)六十多歲。

第二，他是軍委辦公會議成員之一，他就代表后勤系統(tǒng)。上級對他在當(dāng)時的工作也是認可的，這一點很重要，并不是我們相信的靠能力之外的關(guān)系來維系。

第三，高等軍事學(xué)院主要負責(zé)人身體不好，而政委過去在后勤學(xué)院工作過，有這方面經(jīng)歷等。把倆人調(diào)開是為更好的工作，他們可以在不同位置上繼續(xù)發(fā)揮作用，減少不必要的內(nèi)耗。