前言
隨著醫(yī)療器械國產(chǎn)化政策的穩(wěn)步推進，采用先進DNBSEQ?核心技術(shù)的華大智造推出了多款不同規(guī)格的測序儀和自動化解決方案以滿足不同用戶的需求。其中，MGISEQ-2000測序平臺具有全面、靈活、高效等特點，涵蓋了科學(xué)研究、臨床醫(yī)學(xué)、疾病防控、環(huán)境、農(nóng)業(yè)等多種應(yīng)用領(lǐng)域，助力醫(yī)療和科研領(lǐng)域高通量測序系統(tǒng)的全面普及。

安智因生物人類全外顯子項目在MGISEQ-2000平臺上的表現(xiàn)到底如何呢？本期由安智因生物生物技術(shù)有限公司（以下簡稱安智因生物）生信團隊通過性能驗證和臨床應(yīng)用驗證，帶來了新鮮出爐的用戶測評。

材料和方法

建庫試劑盒：安智因生物獨立自主的建庫試劑盒（基因測序用文庫試劑盒[DNA打斷連接法]）

捕獲試劑盒：人類全外顯子捕獲試劑盒（ANNGEEN?雜交捕獲試劑盒）

捕獲試劑盒：詳情——人類全外顯子捕獲試劑盒包含423,885條探針，覆蓋43.6 Mb基因組區(qū)域，這些區(qū)域包括19,423個蛋白編碼基因的外顯子區(qū)及臨近10-30bp的內(nèi)含子區(qū)域，同時包含9,110個用來計算CNV的人群多態(tài)性位點。

測序平臺：MGISEQ-2000平臺

1、性能驗證

本性能試驗在安智因生物旗下蘇州安智因醫(yī)學(xué)檢驗所（以下簡稱 ：蘇州安智因醫(yī)檢所）進行。

1.1 試驗方案

性能驗證包括三個部分：符合性、重復(fù)性和檢測限。其中符合性試驗和重復(fù)性試驗選取7例來自全外、血液病項目的臨床樣品，兩次重復(fù)。把樣本中基于MGISEQ-2000和在醫(yī)學(xué)檢測領(lǐng)域廣泛應(yīng)用的某測序平臺（以下簡稱：某測序平臺）檢測的11個變異位點的結(jié)果進行比較。1個檢測限樣品來自5個BRCA1/2基因突變國家參考品的混合，配制成10%突變頻率的位點。

安智因生物采用Sentieon軟件包進行變異位點鑒定，該軟件包具有國際認可的數(shù)據(jù)處理的效率，準確度和可靠性。

1.2 質(zhì)控結(jié)果

對15個樣品的質(zhì)控結(jié)果統(tǒng)計顯示（圖1），各統(tǒng)計指標的中位數(shù)為Q30：88%，重復(fù)率：5.0，均一性：99%，比對率：99%，平均覆蓋深度：133，目標區(qū)>20X覆蓋范圍：99%。同時，這些質(zhì)控指標在15例樣本中的變異系數(shù)也非常低（圖2）。這說明MGISEQ-2000測序質(zhì)量優(yōu)異，且測序穩(wěn)定性較好。

注：本文中文庫構(gòu)建并非官方推薦的PCR-free模式，故重復(fù)率比官方宣稱（5%）的略高一點，但遠優(yōu)于其他平臺（~25%）。

圖 1 性能驗證試驗質(zhì)控結(jié)果

包括Q30、重復(fù)率、均一性、比對率、平均覆蓋深度和目標區(qū)>20X覆蓋范圍

圖 2 性能驗證數(shù)據(jù)質(zhì)控指標-變異系數(shù)

質(zhì)控指標包括重復(fù)率、GC含量比對率、Q30、目標區(qū)>20X覆蓋范圍和均一性

1.3 結(jié)果描述

1.3.1 符合性和重復(fù)性

表1. 符合性和重復(fù)性驗證結(jié)果統(tǒng)計

從上表結(jié)果可知，基于MGISEQ-2000平臺的高質(zhì)量測序數(shù)據(jù)，性能試驗中 11個核苷酸變異位點的陽性符合率和重復(fù)性均達到100%�？梢奙GISEQ-2000平臺具有和某測序平臺一致的突變位點檢測準確度，完全檢測出了基于某測序平臺所報告的致病位點。

1.3.2 檢測限

表2. 檢測限統(tǒng)計結(jié)果

從上述分析結(jié)果可以看出，MGISEQ-2000平臺具有檢測低頻突變的能力，完全檢測出了10%突變比例的國家參考品。

2、室間質(zhì)評

高通量測序技術(shù)在臨床和科學(xué)研究領(lǐng)域應(yīng)用廣泛，目前覆蓋范圍更廣的全外顯子測序（Whole Exome Sequencing, WES）已被應(yīng)用于遺傳性疾病、罕見疾病和復(fù)雜疾病的分子診斷以及腫瘤的免疫治療指導(dǎo)和組學(xué)研究等方面。安智因生物參加了2021年全國臨床和科研實驗室全外顯子測序室間質(zhì)評，對12例樣本進行全外顯子測序，測序平臺為MGISEQ-2000。從圖3和圖4可以看出，Q30、重復(fù)率、均一性、比對率、20X覆蓋度等多個指標表現(xiàn)優(yōu)異。

圖 3 室間質(zhì)評質(zhì)控結(jié)果

包括Q30、重復(fù)率、均一性、比對率、平均覆蓋深度和目標區(qū)>20X覆蓋范圍

圖 4 室間質(zhì)評數(shù)據(jù)質(zhì)控指標變異系數(shù)。

質(zhì)控指標包括重復(fù)率、GC含量比對率、Q30、目標區(qū)>20X覆蓋范圍和均一性。

此外，蘇州安智因醫(yī)檢所還參加了NCCL 2021年全國實體腫瘤測序檢測室間質(zhì)評和NCCL 2021年全國腫瘤體細胞突變NGS室間質(zhì)評，所用測序平臺也為MGISEQ-2000，均滿分通過。

喜訊丨蘇州安智因醫(yī)學(xué)檢驗所滿分通過NCCL 2021年全國腫瘤體細胞突變NGS室間質(zhì)評

【喜訊】蘇州安智因醫(yī)學(xué)檢驗所滿分通過NCCL 2021年全國實體腫瘤測序檢測室間質(zhì)評

3. 臨床應(yīng)用

基于覆蓋全面的WES捕獲試劑和強大的生物信息分析能力，和華大智造MGISEQ-2000的優(yōu)異表現(xiàn)，配合獨立運行的生物信息服務(wù)器，安智因生物支持合作客戶在院內(nèi)建立從樣本到數(shù)據(jù)分析和報告自動化的全流程。接下來展示的是在某三甲醫(yī)院進行的性能驗證和臨床應(yīng)用結(jié)果。

3.1性能驗證

性能驗證包括四個部分，精密度、準確性、靈敏度和干擾性。

3.1.1 質(zhì)量控制

對覆蓋深度>90X的97個樣品進行統(tǒng)計（圖5），各質(zhì)控統(tǒng)計指標的中位數(shù)為Q30:86%，重復(fù)率：4%，均一性：98%，比對率：99%，平均覆蓋深度：125，目標區(qū)>20X覆蓋范圍：99%。可以看出MGISEQ-2000平臺在真實臨床樣本中的測序表現(xiàn)依然優(yōu)異。

圖 5 臨床性能驗證質(zhì)控結(jié)果

包括Q30，重復(fù)率，均一性，比對率，平均覆蓋深度，和目標區(qū)>20X覆蓋范圍

3.1.2 驗證結(jié)果

1）在25%、50%和100%突變頻率水平上的陽性符合率均達到100%（點突變和<22 bp的缺失）。說明本檢測對于點突變和小片段插入缺失的報告范圍為25%-100%。

2）本實驗對于所有突變類型在準確性、精密度和抗干擾性方面的準確度性能驗證均達到100%。而靈敏度方面，對于SNV和單堿基indel均達到100%。

3）在不同的覆蓋深度下，本檢測的陽性突變檢出能力表現(xiàn)優(yōu)異，分析敏感性均達到了100%。

3.2 臨床應(yīng)用結(jié)果展示

該臨床應(yīng)用以心血管疾病為主，同時也有其他遺傳性疾病，比如精神類疾病、癌癥等。對測序深度在90X以上的111個樣本統(tǒng)計，質(zhì)控結(jié)果如圖6所示�？梢园l(fā)現(xiàn)，所有樣本的>20X覆蓋區(qū)域均在97%以上，大部分樣本的Duplication rate在5%以內(nèi)，數(shù)據(jù)使用率較高。同時，這些質(zhì)控指標在111例樣本中的變異系數(shù)也非常低，說明MGISEQ-2000測序平臺的性能十分穩(wěn)定（圖7）。

圖 6 臨床樣品WES數(shù)據(jù)質(zhì)控結(jié)果

包括Q30、重復(fù)率、均一性、比對率、平均覆蓋深度和目標區(qū)>20X覆蓋范圍

圖 7 臨床樣品數(shù)據(jù)質(zhì)控指標變異系數(shù)
質(zhì)控指標包括重復(fù)率、GC含量比對率、Q30、目標區(qū)>20X覆蓋范圍和均一性

對檢測到的臨床陽性致病位點進行一代驗證，驗證結(jié)果表明準確性為100%。證明了MGISEQ-2000的超高準確性。

4、總結(jié)

從以上測評結(jié)果可以看出，MGISEQ-2000測序平臺在遺傳性心血管疾病的臨床實踐中展現(xiàn)出了穩(wěn)定且優(yōu)異的性能。

基于華大智造MGISEQ-2000測序平臺，結(jié)合安智因生物獨特的WES捕獲試劑盒和獨立運行的生物信息服務(wù)器，安智因生物可為廣大醫(yī)院客戶和科研用戶提供精準的遺傳病檢測服務(wù)。未來，安智因生物與華大智造將進一步合作，在MGISEQ-2000測序平臺開發(fā)更多優(yōu)秀的臨床檢測服務(wù)，推動臨檢服務(wù)的本地化應(yīng)用，讓更多患者從中獲益。

編輯：彭鑫蕊

審校：趙燕檬