1864年4月起，曾國藩麾下的3萬湘軍在其弟曾國荃的帶領下，死死地圍住了太平天國的首都——天京（南京）。猶如巨蟹鉗住了小魚，大蟒纏住了白兔。整個天京再也動彈不得。他從1862年二月二十四日從安慶出兵，到四月二十日就打到了長江邊上，五月初四就打到了南京雨花臺。

曾國荃采用“結硬寨、打呆仗”的戰(zhàn)術，每到一地必先挖壕筑墻，將太平軍擅長的流動作戰(zhàn)拖入陣地戰(zhàn)泥潭。天京城外，也是如此。湘軍引入大量“抬槍”、“劈山炮”，又裝備了西式步槍，水師配備“長龍艦”、“舢板船”，形成冷熱兵器結合的立體作戰(zhàn)體系。天京城內，僅剩四千可戰(zhàn)之兵，已經快頂不住了。到了1864年6月，湘軍動用地道爆破戰(zhàn)術，先后開挖了30多處地道攻向南京城。太平軍則在瞭望兵的引導下，向同一方向開挖對抗地道，一旦與對方地道打通，太平軍就會向坑道內灌入污水或是毒煙，對湘軍坑道兵進行直接殺傷。連續(xù)數月下來，湘軍光坑道兵就陣亡了4000多人。

截至到7月3日，經過輪番血戰(zhàn)，湘軍成功的拿下了南京城外最為重要的軍事要塞——地保城，這也是太平軍在南京城外最后的要塞，距離南京城墻已經非常接近。湘軍在地保城山坡上架設了一百多門大炮，晝夜不停的向城內轟擊。迫于炮擊的壓力，城墻上的瞭望兵不敢輕易露頭，這就給了湘軍坑道兵最好的機會，他們趁機向城內開挖最后的坑道。這條坑道從距離城墻七十多米的地方開挖，一直挖到距離城墻大約十五米的位置，7月15日深夜，忠王李秀成率領數百名騎兵從太平門殺出，希望能破壞湘軍的地道，不幸失敗。三天后，湘軍開始向城墻下方埋設了二十噸火藥。7月19日正午，四百多名湘軍敢死隊蹲伏在城墻旁邊，準備最后的沖鋒。一切準備完畢，湘軍點燃了導火索，一瞬間，南京城墻被炸開數丈寬的缺口，連敢死隊都炸死一大批。

一陣吶喊聲之后，早已準備好的湘軍趁機沖入城內，與守城的太平軍將士展開了最后的肉搏。與此同時，圍城已久的各路湘軍也向南京城其他城門發(fā)起了最后的攻擊。在被圍困一年多之后，城內的太平軍守軍早已身心疲憊，盡管他們拼盡全力，也無法阻止湘軍的進攻。

湘軍從四面八方發(fā)瘋一般地沖向天王府及城內的各大王府。在一片混亂之中，李秀成帶領一小批部隊，穿著湘軍的衣服，帶著幼天王突破了湘軍的防線，向東沖出了南京城。李秀成最終還是沒能逃脫湘軍的追捕，因為將自己的好馬讓給了幼天王，李秀成在南京城外被抓，他的被捕實質上已經宣告了太平天國運動已經走向失敗。

南京陷落后，湘軍如同土匪強盜一般，對這座古城進行了慘無人道的搶劫與屠戮?！胺课葙\俱未毀，金銀衣物之富不可勝計?！痹鴩醯能婈犜跉埧釟⒑?zhàn)俘的同時，展開大規(guī)模搶劫。“兵士有一人得金七百兩者。城中可取之物掃地以盡，不可取者皆毀之，至剖棺以求財物?！背窍莺?，湘軍焚掠屠殺，大火七天不熄，一直到7月26日，下了一場大雨，火才熄滅。

湘軍南京屠城期間，曾國荃及其部下進行了大規(guī)模的屠殺和掠奪行為。據記載，無辜的平民和太平軍士兵都成為了他們的目標，估計有數萬人喪生。城市遭受了嚴重的破壞，許多建筑物被焚毀，財產被搶劫一空。

曾國藩的首席幕僚趙烈文進城后，描述，“破城后，精壯長毛除抗拒時被斬殺外，其余死者寥寥，大半為兵勇扛抬什物，或引各勇挖窖，得后即行縱放。城中四面縋下老廣賊匪不知若干，其老弱本地人民不能挑擔，又無窖可挖，盡情殺死。沿街死尸十之九皆老者，其幼孩未滿二三歲者亦斫戮以為戲，匍匐道上。婦女四十歲以下者，一人俱無，老者無不負傷，或十余刀，數十刀，哀嚎之聲達于四遠，其亂如此，可為發(fā)指。”

曾國藩上報說：“曾國荃率所部在南京城內分段搜殺，三日之斃賊十余萬人”。這實際上就是三天里殺了十余萬名老百姓。清人記載：“金陵之役，伏尸百萬，秦淮盡赤，號哭之聲，震動四野?！闭媸牵笆陦邀愄焱醺?，化作荒莊野鴿飛”。當時整個南京城到處都是大火，諸如天王府之類建筑被燒的精光?！俺莾茸詡螌m逆府以及民房悉付一炷”，“萬室焚燒，百物蕩盡，而貢院幸存”， “自五代以來，生靈涂炭，殆無愈于今日?！?/p>

太平天國強盛時，南京最多有100萬人，可屠城之后10多年，到光緒登基時，南京只剩不到50萬人。湘軍將近屠戮了二三十萬人。有專家保守估計二十萬至三十萬人遇難，還有五十上百萬的說法。當年湘軍圍著南京，外面二十萬太平軍圍著湘軍，持續(xù)2年，如此拉鋸戰(zhàn)，精神高壓估計湘軍瘋了。長期圍城死傷大，糧食和醫(yī)藥不夠，很多人死于非戰(zhàn)爭。從日記看，多有老者被殺，不知躲藏，行動不便，被大軍開道或踩踏多有可能，少半被刀砍殺。

曾經的南京城，是一個人口70萬的大城市。經歷了太平天國的反復戰(zhàn)爭，被湘軍合圍以后，李秀成無法解決糧食問題，2年內被迫放十三四萬人出城逃命。到了城破的時候，南京仍有二三十萬人。湘軍官兵很明白：南京攻陷以后，湘軍就很有可能被解散，這也許是他們最后一次搶劫。長期的戰(zhàn)爭早已讓軍士疲憊不堪，他們在殺戮與劫掠中將長期的壓抑全部釋放。另一方面，湘軍長期拖欠軍餉，底層軍士甚至是軍官早就指望在拿下南京后可以順便發(fā)財。因而他們無視上級的命令，肆無忌憚的搶奪民財，殺戮百姓。

年輕的男性要么被迫幫助湘軍運送戰(zhàn)利品，要么也是被殺。湘軍的戰(zhàn)利品也是琳瑯滿目，包括他們在各個王府中搶劫的金銀珠寶，各種玉器與字畫古玩。除此之外，湘軍士兵最為感興趣的就是傳說中王府里的絕色女眷。最先進入南京城的湘軍毫無疑問是最“幸運”的，他們上至軍官，下至軍士，多多少少都得到了一定數量的“戰(zhàn)利品”。隨后進入的湘軍搶不到東西，只能逼迫城中的百姓交代哪里還有殘存的財寶，哪里埋著王爺們的寶藏。對老百姓嚴刑拷打，甚至是刀斧相加，恨不能挖地三尺，也要找到財寶。

搶劫超過十萬兩白銀財物的湘軍將領，就有上百人。曾國荃用數百艘船運送財寶回湖南老家。士兵劫掠的金銀、綢緞、珠寶等，部分被當場瓜分，部分被私藏（如縫入衣物、埋入地下）。高級將領如曾國荃、李臣典等則通過“收繳”士兵戰(zhàn)利品的方式，截留大量財富。曾國藩后來向朝廷奏報，僅“圣庫”中繳獲的黃金即達2萬余兩，白銀10余萬兩，但這顯然遠低于實際數量（因大部分已被私吞）。

湘軍的最高統(tǒng)帥曾國藩從安徽省城安慶趕到了南京。進城之后的第一件事情就是親自提審了李秀成。逼迫李秀成寫下了口供，刪掉了不利于清朝的部分，最后下令處死了李秀成，將口供上奏給慈禧太后。處決李秀成，顯然不會是害怕他逃脫再次起兵造反，唯一的原因只會是殺人滅口。他死了，南京城破時有多少財寶，就成為了無頭公案。

曾國藩在一個黃姓宮女引導下，湘軍在天王府的寶殿下挖出了洪秀全的尸身。其尸在外沒有棺槨，尸身上包裹了幾十層繡緞，湘軍費了九牛二虎之力才得以剝開，接著龍袍露了出來。透過龍袍，人們看到了骨肉模糊的尸身。這具尸身皮包骨頭，頭發(fā)花白，完全一副饑民模樣，很難想象這就是高高在上的天王。要知道，洪秀全死時才50歲，而且他平素深居簡出，錦衣玉食，怎會落得這樣的下場？對于曾國藩來說，洪秀全是怎么死的并不那么重要，重要的是怎么處置。曾國藩命湘軍將洪秀全剁碎，把肉渣骨頭摻入火藥轉入之中炮筒?！稗Z”的一聲，洪秀全的肉身和他的天國就徹底灰飛煙滅了。

三十二年后，1896年，譚嗣同游歷南京，仍聽當地人說：“湘軍一破城，見人即殺，見屋即燒，子女玉帛掃數入于湘軍，而金陵遂永窮矣。至今，父老言之，猶深憤恨。

南京自六朝以來，曾多次成為戰(zhàn)爭的犧牲品，經歷了七到八次的屠城事件，其中包括南朝梁時期的侯景之亂（今南京）以及湘軍南京屠城，規(guī)模較大。在太平天國強盛時期，南京人口曾多達100萬人，但到1875年光緒帝登基時，南京的人口僅不到50萬，城市幾乎毀于一旦，甚至連一棵完整的樹都難以找到。據稱，曾國荃可能掠奪了大量財寶，被稱為"曾老饕"，此外還殺害了無數百姓。他和他的兄弟曾國藩被人們戲稱為"曾剃頭"和"曾屠戶"。