東漢的尚書臺(tái)機(jī)構(gòu)更加完備。雖然仍屬于少府寺之下，但在該寺下轄的十幾個(gè)長官稱“令”的二級(jí)機(jī)構(gòu)中，唯有尚書令品秩千石，其余令均為六百石。光武帝、明帝明顯加重了尚書臺(tái)的工作職責(zé)，摒棄了“領(lǐng)尚書事”這樣的輔臣的位置，使得尚書臺(tái)的工作性質(zhì)回到了霍光之前的狀態(tài)，即為皇帝服務(wù)，不再為權(quán)臣服務(wù)。皇帝本人親總吏職，尚書臺(tái)是其辦事機(jī)構(gòu)，皇帝相當(dāng)于“兼任”錄尚書事。東漢末年的仲長統(tǒng)《昌言·法誡篇》是這樣說的：

光武皇帝慍數(shù)世之失權(quán)，忿強(qiáng)臣之竊命（注：數(shù)世謂元、成、哀、平；強(qiáng)臣謂王莽），矯枉過直，政不任下，雖置三公，事歸臺(tái)閣。自此以來，三公之職，備員而已。

從《后漢書》志26《百官志三》到《晉書》卷24《職官志》的敘事中，我們可以看到一個(gè)明顯的事實(shí)，丞相府、三公府的記載非常簡略，而尚書令及其以下機(jī)構(gòu)越來越龐大、治事越來越具體。從漢成帝分尚書為四曹，到東漢光武帝分為六曹，增置吏員，尚書臺(tái)置令、仆射各一人，下設(shè)尚書六人，分管六曹事務(wù)，合稱“八座”。下統(tǒng)三十六郎即三十六個(gè)科室分工蒞職，尚書臺(tái)的機(jī)構(gòu)逐漸完善。至于三公，名義上很尊崇，卻無實(shí)權(quán)，事歸臺(tái)閣，三公備員而已。勤政強(qiáng)勢(shì)的皇帝，不愿意有一位權(quán)力很大的宰輔。

章帝即位時(shí)18歲，以太傅趙憙、太尉牟融并錄尚書事?！吧袝袖浢w自憙、融始，亦西京領(lǐng)尚書之任，猶唐虞大麓之職也。”身為三公的趙憙、牟融，在章帝即位時(shí)擔(dān)任“錄尚書事”，這樣就開啟了一個(gè)新的制度，即三公“錄尚書事”。而不是像西漢那樣，大司馬大將軍（中朝官）領(lǐng)尚書事。這一變化的意義有二：第一是三公自身的職權(quán)繼續(xù)萎縮，因?yàn)橹挥屑恿恕颁浬袝隆敝?，才能有?zhí)政之權(quán)；第二是尚書臺(tái)工作的外朝化傾向，過去大司馬大將軍如霍光等是在內(nèi)朝處理尚書奏報(bào)，現(xiàn)在尚書奏報(bào)交由三公處理，主要是因?yàn)榛蕶?quán)本身的衰落或異化。如果三公兼尚書令，尚書令的品秩就升為二千石，更顯示了尚書臺(tái)向行政官轉(zhuǎn)化的趨向。

漢章帝駕崩之后，和帝幼年即位，開啟了東漢一朝皇帝皆童稚登基的先河，也開啟了錄尚書事由外戚、三公兼任的時(shí)代。“和帝時(shí)，太尉鄧彪為太傅，錄尚書事，位上公（太傅號(hào)上公），在三公上，漢制遂以為常。每少帝立則置太傅錄尚書事，猶古冢宰總己之義，薨輒罷之。自魏晉以后，亦公卿權(quán)重者為之?！边@一段是什么意思呢？這就是把章帝時(shí)候的做法制度化、傳統(tǒng)化，幼君在位，概由三公或者上公（太傅）錄尚書事。

關(guān)于東漢時(shí)期尚書臺(tái)的重要職能，順帝陽嘉二年（133）李固應(yīng)舉對(duì)策云：

今陛下之有尚書，猶天之有北斗也。斗為天喉舌，尚書亦為陛下喉舌。斗斟酌元?dú)?，運(yùn)平四時(shí)。尚書出納王命，賦政四海，權(quán)尊勢(shì)重，責(zé)之所歸。若不平心，災(zāi)眚必至。誠宜審擇其人，以毗圣政。今與陛下共理天下者，外則公卿尚書，內(nèi)則常侍黃門，譬猶一門之內(nèi)，一家之事，安則共其福慶，危則通其禍敗。刺史、二千石，外統(tǒng)職事，內(nèi)受法則。

不言而明，李固的對(duì)策，顯示出尚書臺(tái)處于禁中決策的核心地位。所謂“出納王命，賦政四?！?，在唐朝，前者是中書門下，“出納王命”；后者是尚書省，“賦政四?！薄ｄ浬袝?，“公卿權(quán)重者為之”。公卿加上“錄尚書事”或者“平尚書奏事”，才是真宰相。這一點(diǎn)被制度坐實(shí)，而不再是因?yàn)榛实坌湃巍?/p>

東漢的錄尚書事通常并非一人，而是數(shù)人，也包括外戚在內(nèi)。于是，在內(nèi)朝是太后與父兄（加錄尚書事）專權(quán)，竇憲、鄧騭、梁冀等皆以大將軍府掌控朝政。他們才是首輔大臣。茲以梁冀為例說明之。

建康元年（144）八月，漢順帝死，沖帝以襁褓即位，梁太后臨朝聽政，詔梁冀與太傅趙峻、太尉李固參錄尚書事?！凹诫m辭不肯當(dāng)，而侈暴滋甚。”太后讓娘家哥哥梁冀錄尚書事，《后漢書》所記這件大事，在《資治通鑒》卷52沒有提，大約司馬光經(jīng)過考證，認(rèn)為梁冀“辭不肯當(dāng)”是真有其事。但是，梁冀的大將軍府無疑依然是權(quán)力中心。東漢時(shí)期，大將軍與三公合作的模式更多被采用。外朝三公錄尚書事處理日常政務(wù)，內(nèi)朝大將軍才是決策者（通過太后垂簾模式）。

梁冀倒臺(tái)后，出現(xiàn)了宦官擅權(quán)的時(shí)代。梁冀之前宦官與外戚的對(duì)立，只有安帝死后閻氏家族被19位宦官所除那一段，宦官雖然被封侯，卻并未到專政的程度?；鹿倥c外戚在分割內(nèi)廷決策權(quán)時(shí)的嚴(yán)重對(duì)立，發(fā)生在梁冀被除之后的桓靈時(shí)期。桓帝死后，外戚先是竇武，后是何進(jìn)，宦官則是張讓、段珪等為代表的十常侍。

漢靈帝為竇太后所提攜，即位之后自然是竇家外戚掌權(quán)，故以城門校尉竇武為大將軍，“以前太尉陳蕃為太傅，與竇武及司徒胡廣參錄尚書事”。陳蕃是當(dāng)年支持竇妙為桓帝皇后的功臣，胡廣是五朝元老。此三人分別以大將軍、三公或太傅（上公）參錄尚書事，就外戚主政而言，比梁冀要進(jìn)了一步。只是這一情況非常短暫，“武既輔朝政，常有誅翦宦官之意，太傅陳蕃亦素有謀”。竇武輔政不過半年多時(shí)間，就被宦官所殺。何進(jìn)是東漢最后一個(gè)掌權(quán)的外戚，他以大將軍與三公袁隗同錄尚書事輔政。

歸納起來說，東漢時(shí)期的尚書臺(tái)是這樣一個(gè)機(jī)構(gòu)：權(quán)力廣泛，但是，它上面需要一個(gè)主管者，早期有皇帝親自主持，嗣后外戚與三公兼領(lǐng)之，稱為“錄尚書事”。這個(gè)主管者才是宰輔角色，往往由外戚以大將軍之職務(wù)兼領(lǐng)，還有幾位三公同領(lǐng)。這適應(yīng)了東漢皇權(quán)較弱、外戚專權(quán)的政治生態(tài)，而尚書臺(tái)本身，仍然處于辦事機(jī)構(gòu)的位置上，體制上歸屬于少府，并沒有改變。

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