之后眾人繼續(xù)上路，過程中小智的黏黏寶先是進化成為黏美兒，再是進化成為黏美龍實現了變強的目標。與此同時落單的武藏和果然翁被一只臭臭花意外襲擊掉入湖中，當她醒來后身邊一位英俊的醫(yī)生正在救治著她，而果然翁則是和醫(yī)生飼養(yǎng)的雌性果然翁相處愉快。

這位醫(yī)生心地善良并得到了村民的一致好評，對此武藏心中不禁產生了歸隱的想法，讓自己和果然翁留在這里過上平凡幸福的生活。

此刻藏于草叢中的小次郎攔下了想要呼喚武藏的喵喵，通過觀察他也發(fā)現了武藏的想法，也許這個時候就是應該想位男人一樣默默離開。但是離開的途中一位寶可夢盜獵者卻突然出現，對方抓捕了喵喵、烏賊以及南瓜怪，就連小次郎也被其打傷艱難逃離。他不想告訴武藏這個消息而是讓小智幫忙對付盜獵者，然而對手的強大實力小智等人也無法抵御。

另一邊武藏從醫(yī)生和村民口中獲知了這個消息，盡管心中有著薄田茶屋的念想但她還是做出了決定。就這樣盜獵者被眾人合力擊敗，武藏也在月色下離開了這個寧靜的村落，也許那漫天飄飛的花瓣就是她逝去的美好愛情，不過有著同伴的陪伴她未來的旅途也將充滿光彩。

一段時間后小智來到了希特隆所在的密阿雷道館進行挑戰(zhàn)，戰(zhàn)斗過程中皮卡丘擊敗了掘掘兔，摔角鷹人打倒了電傘查特，而黏美龍則是艱難戰(zhàn)勝了倫琴貓，因此小智得到了第五枚徽章電壓徽章。

之后大家路過了黏美龍的故鄉(xiāng)，通過黏美龍的祈雨技能眾人協力恢復了故鄉(xiāng)濕地的生態(tài)，此后為了更好的守護濕地與同伴，小智將黏美龍留在家鄉(xiāng)雙方揮淚作別。數日的相處雖然短暫但卻有著刻骨銘心的回憶，希望未來他們都能向著夢想不斷前進。

接著小智來到了第六座道館鄉(xiāng)村道館提出挑戰(zhàn)，靠著火箭雀擊敗仙子伊布以及摔角鷹人打倒粉香香，小智贏得勝利收獲了第六枚徽章妖精徽章。

第二天大家動身前往下一個道館，途中摔角鷹人撿到了一顆寶可夢蛋，從中孵化出了一只嗡蝠并加入小智的團隊。同時莎莉娜也再次參加了一場三冠衛(wèi)星賽，功夫不負有心人憑借與寶可夢的完美配合，她總算贏得了首場表演賽冠軍以及一枚公主鑰匙。

三冠衛(wèi)星賽分為新人級和大師級，集齊新人級的三枚公主鑰匙就能參加大師級賽事角逐女王稱號。隨后大家在旅途中見到了一只火焰鳥，在與對方的交手中火箭雀成功進化為烈箭鷹實力大進。

在此之后眾人抵達了第七個道館百刻道館，館主是一位有著預知能力的女士，并且預言呱頭蛙未來會擁有新的力量甚至可以登頂巔峰。接著館主接受了小智的挑戰(zhàn)請求比賽規(guī)則為混合雙打，此戰(zhàn)館主派出了兩只超能妙喵，小智則是選擇用呱頭蛙和烈箭鷹迎戰(zhàn)。

最終小智指揮兩只寶可夢打出完美的配合贏得勝利，于是他成功得到了第七枚徽章精神徽章。戰(zhàn)后館主還向布拉塔諾博士說出了自己的另一個預言。