一段時(shí)間后眾人來到飛云道館進(jìn)行挑戰(zhàn)。第一輪對(duì)決寄巖蟹擊敗了暖暖豬但卻不敵蟲寶包，而蟲寶包還進(jìn)化成為寶包繭并將后續(xù)對(duì)手滾輪繭一舉擊潰。見狀館主派出王牌保姆蟲，好在皮卡丘穩(wěn)定發(fā)揮用鋼鐵之尾疊加電球戰(zhàn)勝對(duì)手，因此小智再下一城獲得第三枚徽章甲蟲徽章。

戰(zhàn)后小智等人繼續(xù)上路，途中修帝再次和小智進(jìn)行了一輪BO3對(duì)戰(zhàn)，這次雙方打成平手不分勝負(fù)。在告別了修帝后小智先后收服了一只藍(lán)蟾蜍和石丸子。隨后大家來到了一個(gè)寶可夢對(duì)戰(zhàn)大賽東·喬治對(duì)戰(zhàn)，在此小智等人與各路高手全都報(bào)名參賽。

經(jīng)過多輪廝殺小智和艾莉絲會(huì)師決賽，兩人分別派出了鋼鉆鼴鼠和皮卡丘進(jìn)行對(duì)決，只見激烈的交鋒爆發(fā)而出皮卡丘和鋼鉆鼴鼠各施絕招，最終艾莉絲成功擊敗小智奪得東·喬治對(duì)戰(zhàn)的冠軍，相信這份美好的經(jīng)歷會(huì)是彼此最難忘的回憶。

大賽之后小智等人繼續(xù)旅程，他們意外遇到了落單的喵喵，喵喵表示由于執(zhí)行任務(wù)失敗它被火箭隊(duì)解雇開除，于是眾人決定帶著孤單的喵喵一同上路，而艾莉絲還屢次對(duì)著喵喵丟出精靈球意圖收服未果。

之后在喵喵的幫助下大家化解了許多寶可夢事件，在一次與欺詐貓的相遇中喵喵和小球獺同時(shí)一見傾心，他們幫助欺詐貓尋找到了自己的主人，那位主人還由衷地感謝喵喵的幫助。

在又一次的失戀后大家來到雷文市遭遇了寶可夢盜竊風(fēng)波，在此喵喵顯露本性恢復(fù)了火箭隊(duì)的身份，原來先前的故事只是它的偽裝，其真實(shí)目的是要利用小智的掩護(hù)潛入雷文市盜取寶可夢。

此刻火箭隊(duì)搶奪了大量寶可夢并想利用地鐵實(shí)施逃離，危難之際小智等人展開反擊總算化解危機(jī)，隨之見勢不妙的喵喵和武藏小次郎使用飛行裝置逃離，這時(shí)看著喵喵遠(yuǎn)去的身影小智卻無法生出恨意。其實(shí)大家與喵喵的這段旅程雖然短暫，但也會(huì)是眾人心中一段珍貴快樂的回憶。

第二天小智來到了雷文道館進(jìn)行挑戰(zhàn)，由于館主使用的是雷電屬性寶可夢，小智認(rèn)為皮卡丘的電擊沒有很好的效果不肯讓其出戰(zhàn)，隨即第一場對(duì)決小智用藍(lán)蟾蜍擊敗了雷電斑馬，不過館主的電飛鼠卻先后戰(zhàn)勝了小智的藍(lán)蟾蜍和葉藤蛇。接連的失敗讓小智陷入迷茫不知如何決斷。

在皮卡丘的苦言相勸下小智想起與皮卡丘攜手作戰(zhàn)的信念，最終依靠自己的指揮和皮卡丘的出色發(fā)揮，他們先后擊敗了館主的電飛鼠和麻麻小魚，于是小智順利獲得第四枚徽章伏特徽章。接著大家還結(jié)識(shí)了合眾地區(qū)的冠軍聯(lián)盟領(lǐng)袖赤楠先生。

一段時(shí)間后眾人來到了米洛斯島，這里流傳著關(guān)于三神云的傳說分別是：雷之神雷電云風(fēng)之神龍卷云地之神土地云。其中雷電云和龍卷云喜好戰(zhàn)斗時(shí)常大肆破壞，而土地云則是作為守護(hù)神阻止對(duì)方戰(zhàn)斗保護(hù)島上和平。