另一邊銀河隊和獵人J聯(lián)手不斷展開行動，他們不僅得到了最后一個召喚材料赤色鎖，獵人J更是分別抓捕了三只剛剛蘇醒的眾湖之神。但是艾姆利多和由克希的反擊將獵人J的飛艇擊落湖底，獵人J生死不明。

如今銀河隊集齊全部材料準(zhǔn)備召喚傳說中的寶可夢，而首領(lǐng)赤木則是通過赤色鎖操縱了三只眾湖之神。為了阻止銀河隊的邪惡計劃，城奈、小智、小茂甚至是火箭隊都紛紛展開行動。不過當(dāng)大家趕到時銀河隊已經(jīng)完成了召喚儀式。

雖然眾人奮力破壞了赤色鎖讓眾湖之神恢復(fù)神智，可是帝牙盧卡和帕魯奇亞已經(jīng)當(dāng)空出現(xiàn)，并被赤木用赤色圓環(huán)操縱意志。隨即赤木要求兩大神之寶可夢進行世界的毀滅重塑，一時間風(fēng)雷驟起，電光涌動，赤木面前出現(xiàn)了一個世界雛形。千鈞一發(fā)之際眾人指揮寶可夢攻擊赤色圓環(huán)，而恢復(fù)神智的眾湖之神也幫助大家抵御攻擊。

激烈的交鋒之后赤色圓環(huán)終于被成功破壞，因此帝牙盧卡和帕魯奇亞不受操控停止了世界的毀滅和創(chuàng)造。此刻看著行將消散的世界之門，赤木毅然投身其中，這是屬于他的新世界，甚至不愿意讓部下也一同前往。最終赤木和新世界之門一同消失在空間之中，眾湖之神也平復(fù)了帝牙盧卡和帕魯奇亞的憤怒情緒，它們回歸到各自的空間世界再度歸于和平。

到此銀河隊和獵人J的陰謀被成功粉碎，小智繼續(xù)旅程，途中他收服了一只圓陸鯊作為伙伴，而小光也成功集齊五枚緞帶徽章可以參加豪華慶典。

第二天小智遇到另一位訓(xùn)練家阿馴，對方已經(jīng)集齊了八枚徽章準(zhǔn)備參加聯(lián)盟大賽。為了提高彼此的實力兩人進行了一場友情對決，阿馴派出了王牌帝鋼企鵝，小智則是召喚猛火猴。雙方爆發(fā)了激烈的交鋒場面，一時難分伯仲，但是火箭隊卻襲擊而來抓捕了皮卡丘和帝鋼企鵝。

為了拯救同伴猛火猴再度用出猛火技能，雖然這招擊飛了火箭隊，可卻讓自己陷入了癲狂之中。同時火箭隊遺留下來的機器即將砸落地面引發(fā)爆炸，見狀在旁觀戰(zhàn)的真司指揮電擊獸從旁救援，而小智則是再次緊緊抱著猛火猴與它一同承受烈焰的痛苦。

此刻電擊獸已經(jīng)支撐不住，眼看機器就要引發(fā)爆炸，就這樣猛火猴進化成為烈焰猴保護了全部寶可夢，這份掌控猛火的實力也得到了真司的認(rèn)可。他和小智定下約定要在聯(lián)盟大賽中一分勝負(fù)，而小智則是對真司的出手相救心懷感激。

一段時間后大家總算來到了最后一個道館湖濱道館，起初館主因為失去了戰(zhàn)斗的熱情不愿進行對決，好在小智和四天王的奧巴用戰(zhàn)斗的激情感染了館主，因此館主同意與小智進行對決。不過戰(zhàn)斗卻因為火箭的襲擊而中斷，在火箭隊的助攻下小智的樹林龜進化成為地殼龜。

然而由于場館的破壞比賽被迫中斷，在修整道館的時間里小光則參加了華麗大賽的豪華慶典，沒想到初出茅廬的她竟然殺入決賽斬獲亞軍，同時武藏也集齊五枚緞帶，并在豪華慶典中取得了四強的好成績。

另一邊喵喵對一只卷尾貓一見鐘情，為了勾引卷尾貓，它將自己說成是火箭隊的受害者并與武藏和小次郎翻臉，然而卷尾貓卻進化成胖虎貓可愛少女突變?yōu)槊蜐h壯婦，見狀喵喵心態(tài)炸裂含淚舍棄這段剛剛開始的戀情。

胖虎貓請把我的事全部忘掉在戰(zhàn)斗之路上大步前進吧。