崇禎二年六月初一，袁崇煥以十二大罪，私自斬毛文龍于雙島。事后明廷和皇帝非但沒有責難降罪，反而下旨寬慰。這到底是忌憚督師之權，還是明廷默認甚至期望此結果呢？

天啟元年五月在遼東巡撫王化貞的授命下，毛文龍率197名官兵深入遼東淪陷區(qū)并取得“鎮(zhèn)江大捷”。但在獻俘京師、皇帝告廟的歡慶時刻，遼東經(jīng)略熊廷弼第一個站出來責難和彈劾毛文龍。

三方兵力未集，而文龍發(fā)之太早，致使奴恨遼人，焚戮幾盡。灰東山之心，厚南衛(wèi)之毒；寒朝鮮之膽，奪西河之氣 … 目為奇捷，乃奇禍耳。
《明熹宗實錄·卷十四》

熊廷弼認為毛文龍貪圖小功，而破壞了平遼大計。如果說這是無辜受到“經(jīng)撫不和”的波及，后面毛文龍就開始自己制造敵人了。

天啟二年東江設鎮(zhèn)后，為快速增強東江鎮(zhèn)實力，毛文龍不斷報功向朝廷施壓以求增餉增糧，同時也私自開展貿易并把目光瞄向朝鮮。不僅強逼朝鮮讓地和助糧，還動輒以奸細之名直接處死朝鮮邊民，以致朝鮮官員控訴“文龍與禽獸無異”。

這些挾功索賞、逼迫藩屬的行為，不僅朝廷針對東江的輿論發(fā)生偏移，毛文龍也迎來了他的第一波彈劾潮，如桀驁跋扈、糜餉冒功、傷殘屬國等等。但毛文龍并未在意，還和朝廷激化出新的矛盾。

東江設鎮(zhèn)以及毛文龍不斷索餉，明廷自然要依常規(guī)將東江鎮(zhèn)納入封疆管理體系，即在東江設巡撫（或劃歸山東巡撫），便于朝廷監(jiān)管東江兵員和糧餉。但毛文龍各種理由反對為東江設置撫署，也不同意勘合東江兵員。

注：毛文龍反對設撫署的理由主要是，孤懸海外難以和朝廷及時溝通、文官掣肘會貽誤戰(zhàn)機；和朝廷官員（主要是山東）有矛盾，會被他們謀害 …… 不同意勘合的理由是，分散于千里海疆海島再加上不斷有遼民來投兵員也會持續(xù)擴充（最高時報兵二十萬）。

朝廷不能直接管你，也不能掌握你的兵馬數(shù)量，還得按你要求供給錢糧并容忍你私自貿易獲取財稅，那東江和藩鎮(zhèn)有啥區(qū)別？這不可能不讓明廷加深對毛文龍猜忌。所以一些毛文龍和女真接觸、交易的消息傳至關內，朝廷官員們懷疑毛有異心是很自然的事情。

面對朝廷的質疑和攻擊，毛文龍起初還可以用軍功和東江鎮(zhèn)牽制后金的戰(zhàn)略作用來讓明廷投鼠忌器。但沒多久，毛文龍就和朝廷兩位大佬“聯(lián)手”，擊破了這層保護。

而文龍來請餉，每以直搗奴穴為巳任，牽制奴不東為巳功。中朝惑其言，以為即未能搗奴而奴之不來，實文龍之力。不知文龍實不能制奴也。
《督師紀略》

督師輔臣孫承宗接手遼事后，對于毛文龍的評價是，靠吹牛忽悠朝廷。孫承宗的表態(tài)，間接逆轉了明廷對毛文龍的態(tài)度，此后針對他的彈劾不僅變多，還變得更嚴重。

比如山海關副總兵何可綱，“生文龍，國不幸。用文龍，朝廷不幸”。山東總兵楊國棟詳細列出毛文龍的“十大罪”（袁崇煥斬毛的十二罪來源于此）。工科給事中潘士聞彈劾他，克扣軍餉、坑騙殘殺客商、謊報軍功、未復遼東寸土等等。

不知毛文龍是未能知覺朝廷態(tài)度，還是無意和朝廷改善關系，他回以朝廷一道晴天霹靂。以回報王化貞當年的提攜之恩奏請朝廷，“愿將海外歷受官階，一一歸還朝廷，以贖化貞之死”。

一個被朝廷視為藩鎮(zhèn)的武將，說出這樣的話。朝廷是會覺得他功成不忘舊主，還是認為他這是挾重示威，甚至于逼迫朝廷，大家就各抒己見吧。

功罪原分兩途，信賞必罰，系朝廷操柄。毛文龍即使有功，豈得代人贖罪？況奴酋入犯，文龍全不知覺，牽制安在？輒敢言功，乃為失陷封疆之人求宥，藐視朝廷，是何法紀？
《明熹宗實錄·卷八十八》

天啟不僅嚴詞申斥，還公開責罵毛文龍和東江鎮(zhèn)毫無作用。天啟的這道批復，可以說是毛文龍命運的標志點。此后明廷和毛文龍的關系，快速惡化并再無回轉之機。

為控制毛文龍和東江鎮(zhèn)，天啟七年三月，兵部王永光和內閣黃立極提議將東江鎮(zhèn)由皮島移至旅順或蓋州，先交由遼東巡撫管轄。

由于時任遼東巡撫的袁崇煥行事過于操切，在朝廷還未制定出明確方案時，就派趙佑和徐敷奏至東江鎮(zhèn)著手接收事宜。毛文龍抓住機會，以趙佑和徐敷奏“招誘軍民叛逃”，捉拿了趙佑（徐逃回寧遠）并奏報朝廷將其斬于石城島。

措手不及的明廷不得不緩議移鎮(zhèn)之事，但對毛文龍的不滿和猜忌也進一步加深。崇禎登基處理完閹黨后，立刻就將矛頭對準毛文龍。命兵部重議東江移鎮(zhèn)事宜、以及要求戶部和登萊撫院勘合東江兵員。

崇禎元年四月和七月，戶部郎中黃中色、登州海防道王廷試分別至皮島核兵。最終定東江鎮(zhèn)兵籍2.8萬，年餉銀23.52萬兩、米16.8萬石（原額年餉銀30萬兩、米20萬石）。

崇禎遂傳旨照此撥付東江糧餉，并要求東江退還天啟七年和崇禎元年多領的糧餉，計米15.4949萬石。這個時候的袁崇煥，還在老家待業(yè)中。

毛文龍不愿意也拿不出這么多糧餉，崇禎就要求登萊撫院從當年應發(fā)糧餉里直接扣減，即“東江停餉”。皇帝和朝廷能不知道，一個軍鎮(zhèn)一年不發(fā)糧餉的結果么？可以說此時的毛文龍和東江，在明廷和崇禎眼里更像是必須處理的威脅。

毛文龍的回應，在崇禎和明廷看來就是在“肯定”自己的判斷。當年閏四月和八月，毛文龍兩次率兵渡海至登州鬧餉并放狠話，如取南京易如反掌 …… 崇禎雖然沒有直接表態(tài)，但從他其后十七年對于官員將領的態(tài)度可知，他心里必定想殺毛文龍。

理解崇禎的這個心理后，就能明白平臺召對（七月十四日）以及賜袁崇煥尚方寶劍時（七月二十四日，閣臣錢龍錫在場），崇禎為何兩次都提到調查毛文龍通敵一事。也能明白，袁崇煥離京前與錢龍錫談及毛文龍時說到“入其軍，斬其帥，如古人作手”時，錢龍錫不攔阻也不報告崇禎的原因了。

其實袁崇煥也沒一些朋友認為的那么想殺毛文龍。崇禎二年五月，毛文龍親赴寧遠，袁只是勸其放權，沒有動手。六月在雙島再次見面，袁也沒有直接動手，繼續(xù)嘗試勸其放權回家養(yǎng)老 ……

袁崇煥斬殺毛文龍后，就向朝廷匯報請罪。而崇禎的明旨答復是，毛文龍本就該死：

毛文龍懸踞海上，糜餉冒功，朝命頻違，節(jié)制不受，近復提兵進登，索餉要挾，跋扈叵測，且通夷有跡，犄角無資，掣肘貧礙。卿能周慮猝圖，聲罪正法，事關封疆安危，閫外原不中制，不必引罪 ……
《明清史料·甲編冊8》

既便有安撫督師、穩(wěn)定封疆和平遼大業(yè)的目的，但能說崇禎沒有給毛定罪么？所以己已之變中處理袁崇煥時，就只能說“謀款斬帥”。換句話說“帥”不是被冤殺，而是袁在借“斬帥”行“謀款”。

附錄：右都督山東總兵楊國棟劾毛文龍十大罪

專閫海外八年，糜費錢糧無算，今日言“恢復”，明日言“搗巢”，試問所“恢”者何地？所“搗”者誰巢？鳳凰城、湯跕等處，若有一人守侯，不致鐵山陷失之慘，罪一；

設文龍于海外，原為牽制不敢西向也，數(shù)次過河，屢犯寧錦，全不知覺，牽制安在？罪二；

東偏接境朝鮮，輔車相依，乃日以采參、掘金大肆擾害，鮮寔不堪，致生擕貳，罪三；

鐵山既失，鮮半入敵，傷殘屬國，失律殞師，罪四；

難民來歸，冐充兵數(shù)，或任填溝壑，或仍罹鋒鏑，掩敗為功，罪五；

皮島孤懸海中，非用武之地，去歲與內臣合謀，請餉百萬，竭民膏血，以填苦海，罪六；

零星收降，捏報獻俘，假造謾書，欺誑朝廷，罪七；

私通粟帛，易敵參貂，藉是苞苴，為安身之窟，罪八；

通敵接濟，事出權宜，坑貨至百余萬，怨聲載道，死亡相繼，罪九；

島中遼民，總湊應點，不滿三萬，欲冐皇賞，冊開十五萬，從前侵克錢糧，不計其數(shù)，罪十；

《崇禎長編·卷十二》