努爾哈赤統(tǒng)一滿洲五部之后，下一個目標就是長白山女真。長白山女真生活在長白山、鴨綠江一帶，主要有鴨綠江、訥殷、朱舍里三部，他們和滿洲五部同屬于建州女真。建州女真最早生活在松花江和牡丹江交匯的五國城一帶，元末明初南遷到了圖們江流域和興凱湖一帶。明初，由于朝鮮向北擴張，不斷擠壓建州女真的生存空間，許多建州女真被迫內遷到了蘇子河一帶，依附于明朝。但還有許多未遷走的建州女真被朝鮮吞并。還有部分女真長期生活在中朝邊界，他們就是長白山女真。

1591年，努爾哈赤吞并了鴨綠江部，開始了統(tǒng)一長白山女真的進程。然而訥殷部和朱舍里部不想坐以待斃，于是聯(lián)絡葉赫部，洗劫了建州的洞寨。1593年，葉赫部又集結海西四部的兵力進攻滿洲的戶布察寨，努爾哈赤聽聞后帶領前往救援，雙方在富爾佳遭遇。努爾哈赤讓步騎前行，自己墊后，以引誘敵軍進入埋伏圈。這時候，海西四騎兵舉刀追殺到努爾哈赤跟前，努爾哈赤扣弦射箭，射中馬腹，此騎逃去；另外三人正舉刀追殺努爾哈赤，努爾哈赤的坐騎被驚得高高躍起，努爾哈赤也幾乎倒地。危急時刻，安費揚古殺出，將三人斬殺。努爾哈赤騎穩(wěn)后，引弓射箭，哈達部首領孟格布祿的坐騎中箭倒地，被迫下令撤退。這場小小的戰(zhàn)斗是努爾哈赤生涯中最危險的戰(zhàn)斗之一。

1593年六月，海西女真又聯(lián)絡了長白山女真的訥殷部和朱舍里部，能用的科爾沁部、錫伯部、瓜爾察部，加上海西四部，一共九個部落，軍隊3萬人，兵分三路，對滿洲發(fā)動了決戰(zhàn)。

面對九部的瘋狂進攻，努爾哈赤臨危不懼，從容面對。他在對方必經之地設伏兵，在高山之上安置滾石，在河流峽谷上設橫木障礙。他采取了據(jù)險誘敵，集中兵力攻敵首的戰(zhàn)略方針。九部聯(lián)軍進入滿洲后，連續(xù)進攻扎喀城、黑濟格城都遭到了失敗，到達古勒山時已經疲憊不堪，陣形混亂。

隨后，九部聯(lián)軍對古勒山發(fā)動圍攻，努爾哈赤則讓額亦都帶領精銳對葉赫部發(fā)動全力進攻，葉赫部兩大貝勒一死一傷。見首領戰(zhàn)死，葉赫部的軍隊見狀，趕緊抬著貝勒的尸體逃走。其他部落見到葉赫部潰散，也都軍心潰散，一觸就散。努爾哈赤見狀，立即發(fā)動總攻，九部聯(lián)軍兵敗如山倒，尸橫遍野，慘不忍睹。此戰(zhàn)，滿洲軍殺敵4000人，獲戰(zhàn)馬3000匹。

古勒山之戰(zhàn)，是努爾哈赤軍事生涯中第一場大規(guī)模的戰(zhàn)役，也是最不應該被忽視的戰(zhàn)役之一。如果古勒山之戰(zhàn)失敗了，那努爾哈赤就只能是歷史上一個毫不起眼的滿洲軍事貴族，就如同之前的王杲一樣，只是過眼云煙罷了。古勒山之戰(zhàn)的勝利，徹底改變了滿洲和海西的力量對比，使得滿洲“軍威大震，遠邇懾服”。

古勒山之戰(zhàn)后，海西女真再也沒有能力干涉努爾哈赤的統(tǒng)一戰(zhàn)爭了。當年11月，努爾哈赤派遣額亦都進攻訥殷部，經過108天的激戰(zhàn)，最終將訥殷部消滅。同一年，朱舍里部也被努爾哈赤消滅。自此，努爾哈赤徹底實現(xiàn)了建州女真的統(tǒng)一。

1593年的古勒山之戰(zhàn)，是女真族歷史的一個分水嶺。戰(zhàn)爭之后，建州女真得以實現(xiàn)統(tǒng)一，并形成了對海西女真的絕對優(yōu)勢。此后的幾年，努爾哈赤就利用自己的杰出的軍事才華，以及外交技巧在東北縱橫捭闔，不斷推動女真的統(tǒng)一。但歷史的發(fā)展注定是曲折的，努爾哈赤的崛起，必然會破壞明朝的利益，明朝對努爾哈赤的政策必然也從扶持轉為制約。這些，都為后來的薩爾滸之戰(zhàn)埋下了伏筆。