一、學術創(chuàng)新
（一）提出了循環(huán)經濟增值機理和相關理論觀點
從理論推導和實踐歸納兩方面結合的角度，構建了循環(huán)經濟增值機理。認為以“減量化（Reduce）、再利用（Reuse）、再循環(huán)（Recycle）”為準則的循環(huán)經濟“3R”理論偏重于技術層面的分析，但循環(huán)經濟本質上是一種與自然承載力協調的經濟運行模式，它要求運用生態(tài)環(huán)境學和社會經濟學規(guī)律考量價值增減，而不僅僅是依靠技術性的物質體量增減規(guī)律來指導。生態(tài)循環(huán)增值機理從環(huán)境經濟學層面論述循環(huán)經濟的內在規(guī)律，可以作為深度剖析循環(huán)經濟的理論補充。
循環(huán)經濟增值機理闡明，衡量任何一個循環(huán)經濟模式應該綜合考慮直接經濟價值和外部性正負價值,如果系統(tǒng)內未附在產品上的物質單元都盡可能地循環(huán)增值，才能以較低的資源消耗創(chuàng)造較大的價值。循環(huán)經濟的關鍵法則是系統(tǒng)內的物質單元多次經過生產過程以產生循環(huán)增值，循環(huán)經濟的主要導向是物質單元較少地附在廢棄物上走出系統(tǒng)以減少價值流失，循環(huán)經濟的有效機制是用價值鏈條拉動系統(tǒng)內的物質單元以實現暢通循環(huán)。
該理論觀點認為，通過“靜脈產業(yè)”（廢棄物資源化）與“動脈產業(yè)”（產品生產）的深度融合，可以構建“高盈利靜動脈產業(yè)聯合體”，謀求資源的高效利用和廢棄物的“低排放”甚至“零排放”，充分體現循環(huán)經濟的本質要求，以實現產出價值高增長、資源消耗零增長、污染排放負增長的發(fā)展格局。
（二）創(chuàng)建了“中醫(yī)農業(yè)”生態(tài)體系
“中醫(yī)農業(yè)”按照生命養(yǎng)護的中醫(yī)理念和生態(tài)循環(huán)的農業(yè)理念，以生態(tài)科技為支撐，進行農業(yè)健康種養(yǎng)。也就是說，“中醫(yī)農業(yè)”運用中醫(yī)對待生命體的原理和方法和農業(yè)動植物的生態(tài)法則，采納尊重自然、順應自然、保護自然的生態(tài)觀理順人與農業(yè)的生態(tài)邏輯，集成中國傳統(tǒng)農業(yè)精華與傳統(tǒng)中醫(yī)精華，在現代生態(tài)科技的基礎上創(chuàng)新出的生態(tài)農業(yè)典型模式?！爸嗅t(yī)農業(yè)”找回了中國農耕文明的靈魂和智慧，并賦予了現代農業(yè)以精深的高層次生態(tài)內涵，以生態(tài)之道重塑農業(yè)的綠色未來。
“中醫(yī)農業(yè)”不僅能從產品的角度提升質量和功能，還能從生產的角度深層次轉變農業(yè)發(fā)展方式，促進農業(yè)供給側生態(tài)轉型?！爸嗅t(yī)農業(yè)”的主要機理是基于中草藥配伍原理利用生物源和天然礦物源物質制成農藥及獸藥、飼料及肥料或者相關的天然調理劑和添加劑應用于種植和養(yǎng)殖業(yè)；基于中醫(yī)相生相克機理利用生物群落之間交互作用提升農業(yè)系統(tǒng)功能；基于中醫(yī)健康循環(huán)理論集成生態(tài)循環(huán)種養(yǎng)模式。
為了使“中醫(yī)農業(yè)”生態(tài)體系有效落地實施，朱立志還創(chuàng)立了中醫(yī)農業(yè)理論體系、標準體系、科技體系和產業(yè)體系。
（三）建立了節(jié)約型農業(yè)資源高效利用的定量分析體系
利用洛倫茨曲線創(chuàng)建資源利用洛倫茨系數分析法，研究資源利用布局的合理性；創(chuàng)建資源利用結構偏差分析法，研究資源利用的潛力并給出優(yōu)化配置的方向；創(chuàng)建資源利用綜合指數變化率分析法,分析資源利用的綜合發(fā)展趨勢；創(chuàng)建資源—經濟耦合指數分析法，研究資源利用的可持續(xù)性；采用處理面板數據的固定影響模型結合廣義最小二乘法回歸，分析資源利用的邊際性,研究資源的節(jié)約型配置。
（四）提出并系統(tǒng)闡述了農業(yè)生態(tài)革命
為了化解長期以來化學農業(yè)帶來的問題，朱立志提出了“農業(yè)生態(tài)革命”的口號，并從三個方面對農業(yè)生態(tài)革命進行了闡述：一是農業(yè)生態(tài)革命的總體要求是在現有的綜合資源存載量、環(huán)境容量以及生態(tài)閾值約束下，重新組織和調整生產和生活方式，達到產業(yè)生態(tài)化，生態(tài)產業(yè)化，促使物質能量利用率的提高和投入量的減少，保證在農業(yè)價值不斷增值的基礎上，最大限度地控制污染和對生態(tài)的破壞。二是農業(yè)生態(tài)革命的基本任務是自然稟賦的提升和多維生態(tài)循環(huán)系統(tǒng)的完善，實現高效生態(tài)循環(huán)，保障農業(yè)內部的生態(tài)循環(huán)通道暢通無阻，推進農業(yè)健康可持續(xù)發(fā)展。三是農業(yè)生態(tài)革命的根本原則是消除經濟增長與自然稟賦保護之間的尖銳矛盾，在保護中發(fā)展，在發(fā)展中保護，達到既保護自然稟賦，又促進農業(yè)生產并提高農民生活水平的自然—經濟—社會綜合效果。
（五）創(chuàng)立了“三型農業(yè)”理論
“三型農業(yè)”即資源節(jié)約型農業(yè)、環(huán)境友好型農業(yè)、生態(tài)保育型農業(yè)。從生態(tài)學的觀點看，資源、環(huán)境、生態(tài)是人類生存發(fā)展的三大自然要素。從本質上講它們的區(qū)分不是對特定的自然實體的區(qū)分，只是功能的區(qū)分，這些自然要素對于人類的服務功能是自然界同一實體所兼有的。講資源講的是利用，要考慮資源承載力；講環(huán)境講的是影響，要考慮環(huán)境容量；只有講生態(tài)才是最高層次，因為講的是總體協衡，要考慮生態(tài)閾值。生態(tài)與經濟兩大系統(tǒng)不能割裂研究，生態(tài)決定經濟能走多遠，經濟的發(fā)展又反過來擾動生態(tài)系統(tǒng)內的生命共同體的物質轉換與能量傳遞。人與人之間遵循的是變化的社會發(fā)展規(guī)律，但人與自然之間需要遵循的卻是不變的生態(tài)平衡規(guī)律。
（六）構建了高效生態(tài)農業(yè)科技體系
化學農業(yè)依賴化肥、農藥和激素、抗生素，雖短期內提高產量，但長期導致土壤退化、水體污染和生物多樣性下降。為突破這些困境，需構建以生物農業(yè)和物理農業(yè)為核心的高效生態(tài)農業(yè)體系，逐步替代化學農業(yè)，實現農業(yè)高質量發(fā)展，在生產高產優(yōu)質農產品的同時，保護農產品產地生態(tài)環(huán)境。
朱立志認為高效生態(tài)農業(yè)科技體系由生物農業(yè)科技和物理農業(yè)科技構成，能有效解決常規(guī)化學農業(yè)發(fā)展過程中出現的問題，促進現代生態(tài)農業(yè)發(fā)展，滿足人們對優(yōu)質農產品不斷增長的需求。高效生態(tài)農業(yè)科技體系是基于生態(tài)理念基礎上建立起來的現代農業(yè)科技創(chuàng)新體系，不僅能為農業(yè)帶來更高的經濟效益，增加農產品供給，還能產生巨大的生態(tài)效益和社會效益。該理論還對生物農業(yè)科技和物理農業(yè)科技進行了系統(tǒng)性闡述。
二、主要著作
農業(yè)節(jié)能減排方略. 中國農業(yè)科學技術出版社，2007年10月，獨著
中國農村能源消費問題研究。中國農業(yè)科技出版社，2011.08，第一作者
立體污染綜合防治——農業(yè)篇?！笆晃濉眹抑攸c圖書、當代農業(yè)學術專著系列叢書，中國農業(yè)科學技術出版社，2010年10月，副主編
農業(yè)生態(tài)環(huán)境保護與技術體系。中國農業(yè)科技出版社，2012.12，第三作者
糧食主產區(qū)農民收入動態(tài)監(jiān)測。中國鐵道出版社，2006年6月，第三作者
中國農業(yè)政策分析與決策支持研究.科學出版社，2007年12月，編輯委員會委員
農業(yè)經濟計量模型分析與應用.中國農業(yè)出版社，2008年11月，編輯委員會委員
China Ecosystem Services for Poverty Alleviation——Situation Analysis and Research Strategy. 中國農業(yè)科技出版社，2010年，編委會委員、參與著作
國外居民食物消費研究.2010年10月，中國農業(yè)出版社，撰寫德國部分
包容性發(fā)展與減貧。社會科學文獻出版社，2013.5，撰寫第七章“支持包容性發(fā)展的生態(tài)環(huán)境政策”
綠色發(fā)展——全球視野與中國決策.人民郵電出版社，2014年3月，撰寫“生態(tài)農業(yè)與生態(tài)文明”
中國現代生態(tài)農業(yè)建設方略.中國農業(yè)出版社，2015年7月，編委，撰寫主要章節(jié)