另一邊N也在四處救援被等離子隊(duì)抓捕的寶可夢(mèng)，在與小智等人再次相遇后他們還一同展開(kāi)行動(dòng)，同時(shí)小智讓大木博士召回了噴火龍并進(jìn)行遠(yuǎn)程傳輸。接著小智的噴火龍還與艾莉絲的快龍展開(kāi)了一場(chǎng)巔峰對(duì)決，就這樣噴火龍?jiān)俣然貧w小智身邊。

之后大家遇到了N先生的同伴巴貝娜與荷蓮娜，原來(lái)三人曾被等離子隊(duì)的首領(lǐng)魁奇思收養(yǎng)利用，不過(guò)他們發(fā)現(xiàn)了魁奇思的陰謀后就脫離了等離子隊(duì)。

接著大家來(lái)到了此行目的地龍螺旋之塔，這里有著一顆光明石傳聞是萊希拉姆的另一種形態(tài)。就在這時(shí)等離子隊(duì)襲擊而來(lái)，他們想要復(fù)活操控萊希拉姆以此獲得神之力量，隨即兩方爆發(fā)了激烈的交鋒。過(guò)程中皮卡丘被電波操控失去意識(shí)，無(wú)奈之下N交出了光明石以此為條件讓等離子隊(duì)中斷電波。

此刻獲得光明石的等離子隊(duì)開(kāi)始復(fù)活儀式，在漫天的烈焰中萊希拉姆從光明石中現(xiàn)出身形，見(jiàn)狀魁奇思通過(guò)電波機(jī)器操控了萊希拉姆，同時(shí)他還不守諾言的再度用電波控制了皮卡丘等寶可夢(mèng)。千鈞一發(fā)之際皮卡丘靠著與小智的羈絆恢復(fù)神智，火箭隊(duì)也幫助皮卡丘攔下了其他被操控的寶可夢(mèng)。

隨即皮卡丘用強(qiáng)力的電勁破壞了電波發(fā)射裝置，因此等離子隊(duì)的陰謀被成功瓦解國(guó)際刑警將其逮捕。就此風(fēng)波告一段落萊希拉姆也返回云層，而N先生則是選擇與兩位女伴再次展開(kāi)旅行。

一段時(shí)間后小智決定通過(guò)水路返回關(guān)東地區(qū)，這個(gè)航線會(huì)經(jīng)過(guò)杰可羅拉群島，艾莉絲和天桐也繼續(xù)陪同小智進(jìn)行最后的冒險(xiǎn)。在杰可羅拉群島中大家見(jiàn)到了許多新奇的寶可夢(mèng)領(lǐng)略了無(wú)數(shù)美麗的風(fēng)光，也留下了數(shù)不盡的歡聲笑語(yǔ)。小智甚至又培育出了一只巴大蝶并且與對(duì)方揮淚作別，同時(shí)眾人還結(jié)識(shí)了來(lái)自卡洛斯地區(qū)的新朋友三色堇。

不過(guò)天下沒(méi)有不散的宴席，再長(zhǎng)的航行也終有靠岸的一天。不知不覺(jué)間大家來(lái)到了枯葉市彼此也到了分別之時(shí)，一路的相伴他們都互相從對(duì)方身上學(xué)到許多。今天艾莉絲將前往煙墨道館進(jìn)行修行，天桐也會(huì)在關(guān)東地區(qū)獨(dú)自歷練，于是眾人選擇在動(dòng)車(chē)站分手。

當(dāng)車(chē)門(mén)關(guān)上的一刻也意味著新旅途的開(kāi)啟，之后小智與三色堇一同返回真新鎮(zhèn)，再一次見(jiàn)到母親，再一次見(jiàn)到曾經(jīng)的寶可夢(mèng)同伴。小智的心間涌起了對(duì)未來(lái)的無(wú)限熱情，他的夢(mèng)想沒(méi)有改變，他要成為世界第一的寶可夢(mèng)大師。

下一站將會(huì)是三色堇的故鄉(xiāng)卡洛斯地區(qū)，小智立志要在那里的聯(lián)盟大賽中獲得冠軍。對(duì)此母親雖然不舍，但也同樣希望能夠早日聽(tīng)到兒子奪冠的歡呼。她為小智做好了新的衣服與新的帽子，這份守護(hù)將會(huì)永遠(yuǎn)陪伴小智。

就此神奇寶貝第四部超級(jí)愿望落下尾聲，即將揭開(kāi)的會(huì)是卡洛斯地區(qū)的冒險(xiǎn)以及甲賀忍蛙。后續(xù)的故事更加精彩，我們不見(jiàn)不散。謝謝大家，拜拜！