上期說(shuō)到小智結(jié)束神奧地區(qū)的冒險(xiǎn)，在告別了小光和小剛后他來(lái)到了合眾地區(qū)，同時(shí)武藏等人也根據(jù)老板的要求前往合眾地區(qū)執(zhí)行任務(wù)。這次老板的目標(biāo)就是要統(tǒng)治合眾地區(qū)，對(duì)此任務(wù)武藏等人全都一反常態(tài)變得嚴(yán)肅而專(zhuān)業(yè)。

小智這邊遇到了紅豆杉博士，對(duì)方會(huì)為新手提供寶可夢(mèng)，分別是火系暖暖豬、水系小球獺以及草系葉藤蛇。而小智還意外見(jiàn)到了一個(gè)傳說(shuō)中的寶可夢(mèng)捷克羅姆，對(duì)方的雷電一度使皮卡丘失去了放電的能力，因而小智在與修帝選手的對(duì)決中落敗。

好在捷克羅姆很快就再次出現(xiàn)吸收了皮卡丘超負(fù)荷的雷電，因此皮卡丘恢復(fù)健康，小智也決定要在此進(jìn)行歷練。合眾地區(qū)的聯(lián)盟大賽同樣需要集齊8枚道館挑戰(zhàn)的徽章，就這樣小智帶著皮卡丘開(kāi)始了新地區(qū)的冒險(xiǎn)之旅。很快他就遇到了第一只合眾寶可夢(mèng)并開(kāi)啟收服之路。

就此小智結(jié)識(shí)了立志成為龍系大師的艾莉絲，兩人一同上路，途中小智先是收服了一只咕咕鴿，再是收服了從研究所中一直跟隨自己的小球獺。之后他們還遇到了一只佩戴墨鏡的黑眼鱷，對(duì)方因?yàn)橄牒推たㄇ疬M(jìn)行戰(zhàn)斗開(kāi)始跟蹤小智的行動(dòng)。

接著小智來(lái)到了合眾地區(qū)的對(duì)戰(zhàn)俱樂(lè)部，這里可以為寶可夢(mèng)訓(xùn)練家提供場(chǎng)地進(jìn)行對(duì)戰(zhàn)練習(xí)。在這里小智救助了一只被主人拋棄的暖暖豬，受此感動(dòng)暖暖豬加入了小智的隊(duì)伍。

第二天眾人抵達(dá)了第一座道館三曜道館，小智選擇向三位館主進(jìn)行BO3的挑戰(zhàn)。第一場(chǎng)戰(zhàn)斗暖暖豬擊敗了炎爆猴，第二場(chǎng)對(duì)決遇弱則弱的皮卡丘輸給了冷水猴。好在最終的決賽中小球獺擊敗了椰菜猴，于是小智順利收獲第一枚徽章挑戰(zhàn)徽章。

同時(shí)三曜道館的館主天桐決定和小智一起冒險(xiǎn)，他想要成為頂尖的寶可夢(mèng)侍酒師，因而頭頂一片綠的天桐希望通過(guò)冒險(xiǎn)不斷磨礪自己。隨即合眾地區(qū)三人組宣告成立開(kāi)始旅行。

另一邊火箭隊(duì)四處開(kāi)展邪惡的行動(dòng)，他們?cè)谟心康牡膶ふ夷承〇|西意圖借此稱(chēng)霸合眾。小智這邊通過(guò)戰(zhàn)斗收服了一只葉藤蛇，不過(guò)他的寶可夢(mèng)都還有待提升實(shí)力，因?yàn)樵谂c修帝的第二次5V5對(duì)決中，小智只擊敗了對(duì)手的兩只寶可夢(mèng)落敗收?qǐng)觥?/p>

接著大家繼續(xù)上路，途中他們幫助清理了一所幼兒園中破袋怪收藏的雜物，因此幼兒園老師贈(zèng)予了小智一枚寶可夢(mèng)蛋作為謝禮。之后眾人來(lái)到了第二座道館七寶道館進(jìn)行挑戰(zhàn)，第一次挑戰(zhàn)小球獺和暖暖豬先后被守望鼠和約克犬擊敗，不過(guò)小智沒(méi)有氣餒而是在對(duì)戰(zhàn)俱樂(lè)部中進(jìn)行特訓(xùn)，多日后他再次登門(mén)挑戰(zhàn)。

這次約克犬已經(jīng)進(jìn)化成為哈蒂犬實(shí)力更上一層，好在受訓(xùn)后的小球獺和暖暖豬學(xué)會(huì)了新的技能，小球獺用水流噴射戰(zhàn)勝了守望鼠，暖暖豬用硝焰沖鋒正面碰撞擊潰哈蒂犬，于是小智收獲了第二枚徽章基礎(chǔ)徽章，戰(zhàn)后小智的寶可夢(mèng)蛋孵化出了一只滑滑小子。

第二天大家繼續(xù)上路，小智先是通過(guò)感化收服了一只蟲(chóng)寶包，再是遇到了先前跟蹤自己的黑眼鱷，這只黑眼鱷十分特別，原本冷酷的它竟會(huì)因?yàn)槭ツR而變得膽小，一番波折后它向皮卡丘提出了對(duì)決的要求，戰(zhàn)斗中黑眼鱷進(jìn)化為混混鱷，不過(guò)小智指揮皮卡丘仍舊將混混鱷擊飛天際。

當(dāng)然這樣的遭遇不會(huì)讓混混鱷氣餒，小智和皮卡丘也做好了再次面對(duì)混混鱷挑戰(zhàn)的準(zhǔn)備。