第二天小智正式向宇康先生提出挑戰(zhàn)，比賽場地為遠古叢林，規(guī)則為3V3。第一個對手是狡猾天狗蜥蜴王，輕松擊敗對方。第二個對手為妙蛙花，強大的實力下小智的赫拉克羅斯當即不敵。見狀小智派出大王燕，利用影分身和燕返戰(zhàn)勝妙蛙花。隨即宇康派出王牌寶可夢念力土偶，它可以引動各種自然之力并用破壞死光擊敗了大王燕。

這時在旁觀戰(zhàn)的亞希達表示念力土偶的實力非同小可，對此小智再度派出蜥蜴王進行最后決戰(zhàn)。突然烏云蔽日，天降驟雨，這是叢林專屬的氣候。由于失去陽光的能量，蜥蜴王的實力打了對折。得此空隙念力土偶殺招跌出水氣，狂風猛攻不休。連環(huán)的進攻讓蜥蜴王傷痕累累，但是它的戰(zhàn)意仍舊高昂，小智也決不放棄。

就此在蜥蜴王的陽光烈焰之下念力土偶被徹底擊敗，于是小智成功獲得第五枚徽章精神徽章。一番旅途后大家來到第六個對戰(zhàn)設施對戰(zhàn)塔開啟挑戰(zhàn)，此處的首領(lǐng)名為莉拉，比賽規(guī)則為3V3。莉拉與寶可夢之間通過精神進行交流，第一個上場的胡地就先后擊敗了龍蝦小兵和肯泰羅，而作為壓軸的皮卡丘則是被第二只寶可夢巨金怪擊敗。

不過這樣的失敗沒有讓小智氣餒，經(jīng)過修整和治療，他開始與寶可夢進行心靈交流的特訓。接著與寶可夢心意相通的小智再度挑戰(zhàn)莉拉，這次龍蝦小兵被胡地精神控制陷入混亂，但是小智通過讓龍蝦小兵進出精靈球從而解除混亂，隨之而來的泡沫光線一舉擊敗了胡地。

之后莉拉派出巨金怪收割殘血的龍蝦小兵，見狀小智召喚肯泰羅迎戰(zhàn)。只見肯泰羅的猛撞對決巨金怪的流星拳，氣場激蕩之下兩只寶可夢同時倒地失去戰(zhàn)力。隨即比賽進入決戰(zhàn)，皮卡丘面對太陽伊布，這只伊布的氣勢十分驚人，亞希達看見后趕忙夸贊莉拉一定能夠取勝。

聞言皮卡丘施展電光一閃和十萬伏特與伊布死斗不休，戰(zhàn)斗過程極為激烈，賽場被電氣磁場沖擊得燈光全滅，最終皮卡丘用出高壓電擊徹底戰(zhàn)勝了太陽伊布。借此小智收獲了第六枚徽章能力徽章，總算他完成了第一階段任務，可以挑戰(zhàn)最終的對戰(zhàn)金字塔。通過這段時間的相處莉拉還對小智芳心暗許，然而一根筋的小智對此全然沒有反應。

隨后大家繼續(xù)旅途，過程中小遙集齊五枚緞帶徽章可以挑戰(zhàn)豪華慶典。與此同時火箭隊經(jīng)歷了一場內(nèi)訌，他們?yōu)閷掖蔚氖』ハ嘭煿治洳睾瓦鬟鞲菤獾秒x開隊伍，可是長久以來的羈絆絕非輕易可以斬斷?？粗种械氖澄镞鬟飨氲搅嗽?jīng)三人彼此依偎的畫面，最終在喵喵的撮合下武藏和小次郎重歸于好，三者互相道歉并決定攜手走過未來的風風雨雨。

另一邊小智等人總算找到了對戰(zhàn)金字塔并遇見首領(lǐng)神代，金字塔所在之地乃是波特蘭蒂斯的遺跡，這個國家曾經(jīng)想要利用鳳王的力量統(tǒng)治世界，然而由于激怒了鳳王整個國家慘遭覆滅，意外之下小智在遺跡中被波特蘭蒂斯國王的靈魂操縱。

這么多年過去國王仍舊想要稱霸世界，因此為了阻止國王神代要求進行寶可夢對決，雙方分別派出了雷吉洛克和蜥蜴王。戰(zhàn)斗中小智被寶可夢的叫聲喚醒神志，他在意識中讓皮卡丘對自己施展十萬伏特，強烈的電氣沖擊讓國王的邪惡靈魂離體而出，見狀神代用遺跡的精靈球吸收了國王的靈魂危機解除。

接著神代要求小智鍛煉自己的靈魂以免被邪惡侵蝕，而他則是駕駛著對戰(zhàn)金字塔去往下一個被發(fā)現(xiàn)的遺跡，故而小智還需要旅途的磨練才能再次挑戰(zhàn)對戰(zhàn)金字塔。路上小遙來到石英高原參加了華麗大賽的豪華慶典，這次她的成績更進一步取得四強，不過從小遙傷心的淚水中可以看出她的夢想遠遠不止于此。

之后經(jīng)過一路的磨練小智收服了一只長尾怪手，接著他就再次找到對戰(zhàn)金字塔和正在調(diào)查遺跡的神代先生。由于另有要事在身神代決定先和小智進行1V1比試，這場戰(zhàn)斗神代派出了雷吉斯奇魯，而小智則是專門取回了煤炭龜屬性克制對方，但是神代憑借與雷吉斯奇魯?shù)哪跖浜铣晒魯∶禾魁敗?/p>

在神代的教導下小智首次知曉要培養(yǎng)出自己的戰(zhàn)斗風格，而這需要訓練家與寶可夢同心協(xié)力方能完成。當夜神代連夜出發(fā)抓捕遺跡中指示的寶可夢。