這個(gè)問題，關(guān)鍵看補(bǔ)充合同如何約定。

補(bǔ)充合同通常會(huì)有條款適用和爭(zhēng)議解決方式的相關(guān)約定，不同約定會(huì)導(dǎo)致不同處理結(jié)果，具體有以下可能：

應(yīng)仲裁的約定

例如：“補(bǔ)充合同與本合同約定不一致的，以本合同約定為準(zhǔn)”。如果僅有這樣的約定或沒有該約定，且沒有約定新的爭(zhēng)議解決條款的話，則視為補(bǔ)充合同沒有對(duì)主合同的爭(zhēng)議解決條款進(jìn)行明確的排除或修改，仍應(yīng)該以主合同的約定為準(zhǔn)，即通過仲裁解決糾紛。

參考人民法院案例庫案例，惠州某農(nóng)業(yè)開發(fā)有限公司申請(qǐng)撤銷仲裁裁決案（編號(hào)：2024-10-2-445-003）。其裁判要旨：
“主債務(wù)合同約定了仲裁條款，其后針對(duì)主債務(wù)合同達(dá)成的補(bǔ)充協(xié)議與主債務(wù)密切相關(guān)，不可分割，亦不能獨(dú)立存在。主債務(wù)合同中約定的仲裁條款適用于補(bǔ)充協(xié)議，除非該補(bǔ)充協(xié)議對(duì)主債務(wù)合同的仲裁條款進(jìn)行了明確的變更或者排除適用?！?/p>

應(yīng)訴訟的約定

例如：“如因雙方發(fā)生爭(zhēng)議的，則任意一方有權(quán)向甲方所在地法院提起訴訟”。類似的條款，已經(jīng)對(duì)雙方的爭(zhēng)議解決重新進(jìn)行了約定，而且是采用訴訟的方式，排除了原先的仲裁條款，所以，應(yīng)尊重當(dāng)事人的意思自治，只能通過訴訟來解決。

可能存在的爭(zhēng)議：

如果該爭(zhēng)議條款有范圍限制，例如約定“如因本補(bǔ)充合同發(fā)生爭(zhēng)議”，那該爭(zhēng)議解決條款是否只針對(duì)補(bǔ)充合同項(xiàng)下的相關(guān)內(nèi)容呢？如果爭(zhēng)議內(nèi)容只涉及主合同，不涉及補(bǔ)充合同的內(nèi)容，是否仍可以主張采用仲裁來解決？

個(gè)人認(rèn)為，仍應(yīng)以補(bǔ)充合同的約定為主，采用訴訟的方式解決。

因?yàn)檠a(bǔ)充合同不同于從合同，作為主合同的補(bǔ)充，實(shí)質(zhì)上是主合同的不可分割部分，具有同等法律效力，“本補(bǔ)充合同發(fā)生的爭(zhēng)議”和“雙方發(fā)生合同爭(zhēng)議”不應(yīng)有實(shí)質(zhì)上的區(qū)別。

但是，如果補(bǔ)充合同的內(nèi)容確實(shí)與主合同的內(nèi)容關(guān)系不大，可以獨(dú)立存在的話，則主合同發(fā)生爭(zhēng)議時(shí)，仍有可能依據(jù)原主合同的約定申請(qǐng)仲裁。因?yàn)榇藭r(shí)的補(bǔ)充合同，名為“補(bǔ)充”，但從實(shí)質(zhì)內(nèi)容和關(guān)系來看，是獨(dú)立存在和可獨(dú)立適用爭(zhēng)議解決的新合同。

換句話說，如果出現(xiàn)類似上述爭(zhēng)議解決條款有限制的情形時(shí)，還需要從補(bǔ)充合同的實(shí)質(zhì)性質(zhì)來判斷（其實(shí)，無論是否有限制的情形，都應(yīng)先對(duì)補(bǔ)充合同進(jìn)行實(shí)質(zhì)判斷，不能僅憑名稱叫“補(bǔ)充合同”就下定論，前述案例庫的案例也一樣先分析兩份合同的實(shí)質(zhì)關(guān)系）。

值得關(guān)注的延伸問題：補(bǔ)充合同不等于從合同

如果所謂的補(bǔ)充合同，從實(shí)質(zhì)內(nèi)容和關(guān)系來看，效力具有依附性，應(yīng)屬于從合同的話，則處理方式有可能不一樣。

例如，如果補(bǔ)充合同和主合同都約定了仲裁條款，但補(bǔ)充合同變更了仲裁機(jī)構(gòu)，那應(yīng)當(dāng)以補(bǔ)充合同為準(zhǔn)，因?yàn)榇伺e可以看作對(duì)原主合同仲裁條款的修改。但是，從合同和主合同之間的雙方當(dāng)事人有可能不一致，例如擔(dān)保合同和借款合同，并不能以新意思取代舊意思的方式來簡(jiǎn)單判斷。

我國《仲裁法》正在修訂，其修訂意見稿第二十四條規(guī)定：“糾紛涉及主從合同，主合同與從合同的仲裁協(xié)議約定不一致的，以主合同的約定為準(zhǔn)。從合同沒有約定仲裁協(xié)議的，主合同的仲裁協(xié)議對(duì)從合同當(dāng)事人有效?！?/p>

以上觀點(diǎn)，僅供參考。