光緒二十一年初春，循化廳遭遇連續(xù)干旱，農(nóng)田灌溉水源極度短缺，撒拉族社群中的花寺門宦（老教）與新興的哈比教派（新教），因水利分配、講經(jīng)辯理等問題爆發(fā)爭(zhēng)執(zhí)。雙方從最初的口角相爭(zhēng)，逐步升級(jí)為持械械斗，沖突持續(xù)數(shù)月，雙方傷亡人數(shù)累計(jì)超過一千人。

西寧道官員陳嘉績(jī)接到報(bào)案后，未對(duì)沖突緣由進(jìn)行細(xì)致調(diào)查，也未采取居中調(diào)停、安撫信眾的措施，而是直接率領(lǐng)官兵進(jìn)入循化廳，關(guān)閉城門后，將前來商議事務(wù)的老教頭目十余人捕殺。

光緒二十一年四月，撒拉族首領(lǐng)韓努力聚眾起事，正式圍攻循化廳，河湟事變爆發(fā)。三月中旬，因清廷援軍遲遲未到，循化廳城被起事民眾攻破，官員陳渠珍自殺，城內(nèi)清軍與官吏悉數(shù)遇難，起事民眾焚毀廳署、糧倉(cāng)與監(jiān)獄，釋放囚犯、奪取武器彈藥，勢(shì)力進(jìn)一步壯大。

短短兩個(gè)月內(nèi)，西寧府、河州（今甘肅臨夏）等十余座廳縣相繼出現(xiàn)民眾響應(yīng)，起事隊(duì)伍規(guī)模迅速擴(kuò)大，號(hào)稱有十萬之眾。

西北局勢(shì)的持續(xù)惡化，讓清廷不得不緊急調(diào)遣兵力鎮(zhèn)壓。此時(shí)陜甘總督楊昌浚剿撫均無成效，地方綠營(yíng)軍備廢弛，圍攻河州五月未能解圍。經(jīng)過權(quán)衡，朝廷選定喀什噶爾提督董福祥率軍西征。

董福祥，字星五，甘肅固原（今屬寧夏）人，出身貧寒，早年在西北組織地方團(tuán)練自保，勢(shì)力壯大后曾與清廷對(duì)抗，后歸附左宗棠麾下，隨部將劉松山作戰(zhàn)，逐步成長(zhǎng)為清軍的重要將領(lǐng)。

同治九年（1870年）劉松山率軍攻打?qū)幭慕鸱e堡的馬化龍部，馬化龍?jiān)诒焕Ш蠹僖馔督?，劉松山輕信降意，率少量隨從進(jìn)入受降場(chǎng)地，最終被馬化龍部眾突襲殺害。董福祥親歷了這場(chǎng)變故，目睹恩師慘死，自此形成“起事者反復(fù)難信，需以嚴(yán)厲手段根除后患”的認(rèn)知。

甲午戰(zhàn)敗后，清廷國(guó)庫(kù)空虛，賠付的巨額白銀讓朝廷無力承擔(dān)長(zhǎng)期戰(zhàn)爭(zhēng)的軍費(fèi)開支。光緒二十一年五月初二，慈禧太后下旨，令董福祥即刻率甘軍回援甘肅，要求“剿撫并用，務(wù)期旬月內(nèi)蕩平匪患，不得遷延”，核心訴求為除惡務(wù)盡、速戰(zhàn)速?zèng)Q，只重平定結(jié)果，不限制具體手段。

此時(shí)甘軍因甲午戰(zhàn)爭(zhēng)減員僅剩兩千余人，董福祥星夜從直隸調(diào)兵，沿途招募西北鄉(xiāng)勇，至五月下旬抵達(dá)蘭州時(shí)，兵力已擴(kuò)充至五千人，清廷還調(diào)撥數(shù)萬磅洋火藥支援其部，為強(qiáng)硬鎮(zhèn)壓提供了物資保障。

光緒二十一年八月，董福祥率領(lǐng)甘軍抵達(dá)甘肅前線，并未急于全線進(jìn)攻，而是制定了穩(wěn)扎穩(wěn)打的平叛策略。

河州成為平叛的重要戰(zhàn)場(chǎng)。河州外圍的積石關(guān)、大東鄉(xiāng)等地率先爆發(fā)激戰(zhàn)，起事民眾依托山地地形構(gòu)筑防御工事，與清軍展開拉鋸戰(zhàn)。光緒二十一年五月初一至初三，韓奴勒、馬古錄班率千余人攻入積石關(guān)，擊斃清軍提督李日新、總兵劉潤(rùn)山，給清軍以重創(chuàng)。董福祥部配備了從沿海調(diào)運(yùn)的克虜伯后膛炮、毛瑟步槍等西式先進(jìn)武器，在火力上形成絕對(duì)優(yōu)勢(shì)，面對(duì)僅有刀矛、土槍的起事民眾，清軍的火器打擊產(chǎn)生了極強(qiáng)的壓制效果。

河州西面的雙城是當(dāng)?shù)刂匾姆烙琳?，清軍集中火炮轟擊起事民眾的營(yíng)壘，起事民眾數(shù)次發(fā)起沖鋒，試圖近距離肉搏作戰(zhàn)，但在清軍的密集火力下接連潰敗，戰(zhàn)場(chǎng)傷亡慘重，史料記載戰(zhàn)場(chǎng)“積尸盈壕，河水盡赤”。攻克雙城后，清軍直抵河州城下，河州內(nèi)外聚集的數(shù)萬起事民眾堅(jiān)守陣地，與清軍展開殊死對(duì)抗。

在河州外圍的康家崖，雙方激戰(zhàn)三個(gè)時(shí)辰，起事民眾利用崖壁地形，以滾木礌石阻擊清軍進(jìn)攻。董福祥指揮甘軍分三路包抄，前后夾擊突破防線，戰(zhàn)斗結(jié)束后，清軍奏報(bào)擊斃起事民眾千余人，未留俘虜。河州城被攻破后，清軍展開巷戰(zhàn)與逐戶搜捕，起事首領(lǐng)馬永琳、馬永瑞兄弟被誘捕，董福祥未按常規(guī)將其押解至蘭州審訊，直接下令將二人與一百三十余名大小頭目一并處斬，首級(jí)示眾以震懾民眾。此后，清軍以清查余黨為名，在河州城內(nèi)及周邊村莊大肆搜捕，大量普通民眾被認(rèn)定為“從逆者”遭誅殺，河州一地的傷亡人數(shù)急劇上升。

河州平定后，董福祥率甘軍馬不停蹄奔赴變亂核心區(qū)域西寧。此時(shí)西寧外圍的多處險(xiǎn)要關(guān)隘仍被起事民眾占據(jù)，清軍抵達(dá)后，隨即展開全面清剿。

西寧府南面的南川地區(qū)，數(shù)千名回民因恐懼清軍報(bào)復(fù)，主動(dòng)推舉代表攜帶戶口名冊(cè)出城跪地求降，希望能保全性命。清軍前鋒何得標(biāo)部假意接受降書，隨后將這些手無寸鐵的民眾集中，以槍械實(shí)施集體射殺，事后以“剿匪”為名向董福祥報(bào)功。這種處置方式成為甘軍在平叛中的常見行為，也讓當(dāng)?shù)孛癖姷膫鲞M(jìn)一步擴(kuò)大。

西寧外圍的后子河一帶，清軍與起事民眾主力展開決戰(zhàn)。起事民眾占據(jù)山梁制高點(diǎn)，居高臨下抵御清軍，清軍依托火力優(yōu)勢(shì)反復(fù)發(fā)起沖擊，戰(zhàn)斗場(chǎng)面極為慘烈，山梁與河谷間遍布陣亡者遺體。部分起事民眾彈盡援絕后，被清軍逼至懸崖邊緣，最終選擇縱身跳崖，不愿被俘投降。此役清軍統(tǒng)計(jì)擊殺人數(shù)超過萬人，成為河湟事變中傷亡最慘重的戰(zhàn)斗之一。

董福祥進(jìn)駐西寧后，下達(dá)“一意主剿，毋稍姑息”的命令，清軍在西寧城內(nèi)及周邊鄉(xiāng)村挨家挨戶搜查，凡被認(rèn)定參與起事、藏匿武器或收留起事者的家庭，均遭到無差別處置。清軍在清剿過程中大肆搶掠金銀、糧草等財(cái)物，當(dāng)?shù)乩先鯆D孺也未能幸免，時(shí)任陜甘總督陶模在目睹相關(guān)情形后，亦對(duì)慘狀表示不忍卒讀。

至光緒二十二年（1896年）年初，河湟地區(qū)的起事力量被全部肅清，這場(chǎng)持續(xù)近一年的變亂徹底平息。據(jù)清軍戰(zhàn)后的粗略統(tǒng)計(jì)，在平叛過程中，被擊斃的起事各族民眾超過三萬人，河湟地區(qū)原本繁華的村鎮(zhèn)變得十室九空，大量耕地因無人耕種而荒蕪，饑荒與流離失所成為當(dāng)?shù)孛癖姷纳娉B(tài)。

河湟事變平息后，董福祥因平定有功，得到清廷的重賞，被加封太子少保，賞賜雙眼花翎。

馬安良、馬麒等在平叛中協(xié)助清軍的回族將領(lǐng)，借機(jī)收編起事殘部、擴(kuò)充私人武裝，依托清廷的信任逐步掌握地方軍政權(quán)力，最終形成了割據(jù)青海、寧夏地區(qū)的馬家軍勢(shì)力。

這一勢(shì)力在此后數(shù)十年間掌控西北地方事務(wù)，成為影響近代西北格局的重要力量。

光緒二十六年（1900年），八國(guó)聯(lián)軍入侵北京，董福祥時(shí)任武衛(wèi)后軍統(tǒng)領(lǐng)，率甘軍參與京城防御作戰(zhàn)，其部下?lián)魵⑷毡臼桂^書記生杉山彬。

北京失陷后，董福祥被列強(qiáng)列為“禍?zhǔn)住?，清廷迫于壓力將其革職，永不敘用，并勒令其返回甘肅原籍。最終，董福祥在故鄉(xiāng)郁郁不得志，于1908年病逝。