同治十年（1871年）俄國以 “代收伊犁” 為名，派兵侵占了伊犁九城，到光緒元年（1875年）三月正式照會(huì)清政府聲稱 “伊犁為俄國暫時(shí)管理，若清廷無力收復(fù)新疆，俄國將永久占據(jù)”。

整個(gè)新疆除了哈密、巴里坤等地還在清軍手中，其他地區(qū)都被沙俄和阿古柏占據(jù)，阿古柏甚至建立了所謂的 “哲德沙爾汗國”，還得到了英國的暗中支持，從印度運(yùn)來大批軍火，揚(yáng)言要 “統(tǒng)一新疆”。事實(shí)上這時(shí)的新疆已基本從清朝分裂出去。

更為憂心忡忡的是此時(shí)的大清內(nèi)部的 “海防” 與 “塞防” 之爭愈演愈烈，有人主張 “放棄新疆，專注海防”，甚至說 “新疆不復(fù)，于肢體之元?dú)鉄o傷”。若不盡快定下主意，新疆恐怕就真的保不住了。

左宗棠知道當(dāng)時(shí)日本吞并琉球，下個(gè)目標(biāo)直指朝鮮，大清的海防壓力巨大，國家難以拿出錢來同時(shí)支撐海防和塞防。但他更清楚，新疆丟失，陜甘就成了前線，蒙古、直隸也將暴露在列強(qiáng)兵鋒之下，所謂 “心腹之患”，終將從海疆蔓延到西北內(nèi)陸。

左宗棠寫了一個(gè)奏折《復(fù)陳海防塞防及關(guān)外剿撫糧運(yùn)情形折》強(qiáng)調(diào)新疆的重要性，他有三點(diǎn)主張，第一，新疆是西北屏障，“重新疆者，所以保蒙古；保蒙古者，所以衛(wèi)京師”，若新疆丟失，蒙古、直隸將無險(xiǎn)可守；第二，海防與塞防并非對立，可 “分緩急，別主次”，當(dāng)前可先集中力量收復(fù)新疆，同時(shí)在沿海修建炮臺(tái)、訓(xùn)練水師，待新疆平定后，再全力加強(qiáng)海防；第三，陜甘已具備支撐塞防的基礎(chǔ)，屯墾糧食可供應(yīng)西征軍，稅銀可補(bǔ)充軍餉，無需完全依賴朝廷撥款。

左宗棠收復(fù)新疆的決心很堅(jiān)定，不過奏折遞到京城后，立刻引發(fā)了更大的爭論。李鴻章在朝堂上反駁說：“當(dāng)前日本虎視東南，沙俄覬覦東北，若不加強(qiáng)海防，恐遭列強(qiáng)從海上入侵。而新疆地處偏遠(yuǎn)，氣候惡劣，收復(fù)難度極大，即使收復(fù)，也需耗費(fèi)大量軍餉駐守，得不償失?！?/p>

李鴻章的觀點(diǎn)得到了不少大臣的認(rèn)同，有些人認(rèn)為“新疆土地貧瘠，不如東南富庶”，有些人認(rèn)為 “西征軍已耗費(fèi)軍餉數(shù)百萬兩，若繼續(xù)進(jìn)軍，恐拖垮朝廷財(cái)政”。

軍機(jī)大臣兼總理衙門大臣文祥站了出來，拿著左宗棠的奏折說：“左大人在陜甘經(jīng)營多年，熟悉西北局勢，他說陜甘能支撐塞防，就一定有把握。而且新疆若丟，列強(qiáng)必將得寸進(jìn)尺，到時(shí)候不僅西北危急，東南海疆也將孤立無援，所謂‘海防’，也將成為空談?！蔽南樽鳛檎邔樱脑捠怯蟹至康?，隨后，他又列舉了左宗棠在陜甘的功績：平定陜甘之亂、推行屯墾水利、整頓吏治稅收，每一件都做得有聲有色，證明左宗棠不僅會(huì)打仗，更會(huì)治理地方，由他負(fù)責(zé)收復(fù)新疆，確實(shí)讓人放心。

經(jīng)過反復(fù)的爭論，慈禧太后終于認(rèn)識(shí)到新疆的重要性。她反復(fù)閱讀左宗棠的奏折，又詢問了陜甘的財(cái)政和糧食狀況，最終決定支持左宗棠的 “海防塞防并重” 主張，下旨任命左宗棠為欽差大臣，督辦新疆軍務(wù)，全權(quán)負(fù)責(zé)收復(fù)新疆事宜，同時(shí)從國庫撥款兩百萬兩白銀，作為西征軍軍餉，還允許左宗棠向外國銀行借款，以補(bǔ)充軍餉不足。

消息傳到蘭州，左宗棠終于松了口氣。哈密是新疆的門戶，收復(fù)它對于收復(fù)整個(gè)新疆意義重大。他立刻讓人將朝廷的旨意傳達(dá)給正在玉門關(guān)待命的劉錦棠，讓他率軍繼續(xù)西進(jìn)，火速馳援哈密；同時(shí)讓人加快糧草、軍火的籌備，從陜甘各地調(diào)運(yùn)糧食、槍支、火炮，經(jīng)河西走廊運(yùn)往前線。

光緒元年五月，劉錦棠率領(lǐng)的西征軍抵達(dá)哈密，成功解除了白彥虎對哈密的圍攻。捷報(bào)傳到京城，朝廷上下一片歡騰，這是一次久違的勝利。自鴉片戰(zhàn)爭以來清廷對外作戰(zhàn)是屢戰(zhàn)屢敗，清廷的自信心大受打擊，這次的勝利讓朝廷信心增強(qiáng)。不少原本支持 “海防” 派的大臣，也開始轉(zhuǎn)變態(tài)度，認(rèn)為收復(fù)新疆有望。慈禧太后再次下旨，加撥三百萬兩白銀軍餉，并下令沿海各省協(xié)助左宗棠籌集糧草、軍火，支援新疆戰(zhàn)事。

身處前線的左宗棠冷靜的分析局勢，沙俄強(qiáng)大阿古柏相對弱小，制定了先打軟柿子再啃硬骨頭的方針。六月初，左宗棠抵達(dá)肅州。此時(shí)，劉錦棠已率領(lǐng)西征軍主力從哈密北上，向?yàn)豸斈君R進(jìn)發(fā)；高連升在肅州籌備的糧草、軍械，正通過駱駝隊(duì)源源不斷地運(yùn)往前線；劉典在蘭州調(diào)度的民夫，也陸續(xù)抵達(dá)河西走廊，加入糧道運(yùn)輸?shù)年?duì)伍。

從光緒二年（1876 年）攻克古牧地、收復(fù)烏魯木齊，到光緒三年（1877 年）南下攻克達(dá)坂城、吐魯番，再到年末收復(fù)喀什噶爾、葉爾羌、和田，兩年時(shí)間里，西征軍用馬蹄和火槍，一點(diǎn)點(diǎn)將叛亂勢力趕出了新疆，除了沙俄占據(jù)的伊犁，新疆全境已重新回到大清的版圖。

擺在大清面前的最大問題就是從沙俄手里收回伊犁。